| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1205383 = | 147 (0.960) | 125 (1.000) +TTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCG |
10/218 | 15.1 | 57.7% | intergenic (‑264/‑305) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2478476 = | 79 (0.510) | intergenic (+363/‑212) | USA300HOU_RS12760/USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AGACAGTAGTAAGATATTTTCTAATTAAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1205467‑1205383‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTT > USA300TCH1516_ALE/2478476‑2478555 ||||||||||||||||||||||||| gaACAGCAGTAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTC > 1:955198/3‑141gaACAGCAGTAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTC > 4:251666/3‑141 agcAGTAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTC < 4:491490/127‑1 agcAGTAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTC > 3:491490/4‑130 cagcAAGATATTTTCTAATTGAAAATCATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTTGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCA > 1:926001/5‑141 gcAAGATATTTTCTAATTGAAAATCATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTTGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATT > 1:577269/3‑141 GTAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGTCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATT > 2:1375654/1‑141 cAAGATATTTTCTAATTGAAAATCATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTTGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTA > 2:295652/2‑141 TAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTA > 3:166352/1‑141 AGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAAT > 3:395800/1‑141 AGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTAGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAAT > 1:347575/1‑141 GATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATA > 4:63455/1‑141 TATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACT > 2:692536/1‑141 atgTTCTAATTGAAAATTATCTTGCTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGCATGGCTTCGCTTTCCTAGCGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCCGGAGTCTCGCCATTAATACTA > 2:637097/4‑141 ATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGTCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGCCTCGCCATTAATACTA > 2:958864/1‑141 TTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTAC > 2:704848/1‑141 TAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATT > 2:1317872/1‑141 TAATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCCCAGGAGTCTCGCCATTACTACTTCGTATT > 2:85478/1‑141 AATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAGTACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCC > 2:1382346/1‑67 AATTGAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCC < 1:1382346/67‑1 gAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACAT > 1:42800/2‑141 gAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACAT > 1:42795/2‑141 ATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAA > 1:792619/1‑141 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT < 1:820592/141‑1 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT > 1:872984/1‑141 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT < 2:559562/141‑1 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT < 2:467625/141‑1 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT < 2:473290/141‑1 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT > 3:362083/1‑141 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT < 4:395800/141‑1 TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT < 1:1122553/141‑1 ATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTT > 2:315034/1‑141 ATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTT < 2:1172227/141‑1 ATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTT < 2:1012808/141‑1 TCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTT < 4:164997/141‑1 CTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATAGTACGTATTAACATGTAATTTTA > 3:499566/1‑141 CTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTC > 2:641637/1‑78 CTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTC < 1:641637/78‑1 CTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCG > 1:849925/1‑75 TTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTAC > 3:68011/1‑141 TTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAA > 2:203513/1‑135 TTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAA < 1:203513/135‑1 TACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACT > 2:548896/1‑141 TACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACT > 2:730459/1‑141 TACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCCTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACT > 4:576306/1‑141 TACTGCTGGTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACT < 4:547008/141‑1 ACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTT < 1:530156/141‑1 ACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTT > 1:1167312/1‑141 CTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTT > 2:211403/1‑141 CTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTT < 1:211403/141‑1 CTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTT < 3:342254/141‑1 CTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTT < 1:153383/141‑1 CTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTT < 2:1206067/141‑1 CTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTT < 4:181293/141‑1 TGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTAAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTT < 2:1027068/141‑1 GCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTA < 2:872987/141‑1 GCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTA > 1:876940/1‑141 CTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAA < 1:1188472/141‑1 TGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAA < 1:536686/141‑1 GTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAT < 3:272054/141‑1 GTTCTCTATTTATACAATACGTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAT < 4:566554/141‑1 TTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGACTCAATCATCGACTGGAACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAaa < 4:464595/141‑3 cgTCTAATTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCATAGGGTGCCGTCTAAGCCACGGTCTGCGACTGGCAATGCTCCCTCTGGAGTCTCCCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAaaa < 2:313611/139‑4 CTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACT < 3:565631/141‑1 TCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAaaaaa < 2:862962/141‑6 TCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATT < 2:367442/101‑1 CTATTTATACTATACTTTGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGTGTGCTGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCATGAGTCTCGCCAGTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAaaataa < 2:988677/141‑7 TATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCG > 3:5475/1‑94 TATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCG < 4:5475/94‑1 TATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTC > 2:1129773/1‑51 TATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTC < 1:1129773/51‑1 TATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACT > 4:347534/1‑101 TATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCT > 2:35396/1‑60 TATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCT < 1:35396/60‑1 ACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTC > 1:1307915/1‑44 ACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCT > 4:431468/1‑80 TTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACgta < 1:348645/93‑4 TTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTG < 1:1356268/63‑1 TTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTG > 2:1356268/1‑63 TCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAA < 3:317865/86‑1 TCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAA > 4:317865/1‑86 TCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATT < 1:307486/84‑1 TCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCG < 2:199162/45‑1 TCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCG > 1:199162/1‑45 CGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTT > 1:666914/1‑124 GTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACG < 2:625775/91‑1 GTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCCCGCCATTAATACTACG > 1:625775/1‑91 GTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTT < 1:1365797/48‑1 TTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCC < 2:320172/37‑1 TTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCC > 2:1026898/1‑53 TTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCC < 1:1026898/53‑1 TCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTAC < 1:557737/97‑1 GCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTA < 1:248043/74‑1 GCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTA > 2:248043/1‑74 GCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGT < 4:104028/58‑1 GCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGT > 3:104028/1‑58 GCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCT < 3:81135/47‑1 GCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCT > 4:81135/1‑47 CTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACAT > 3:560616/1‑79 CTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACAT < 4:560616/79‑1 ||||||||||||||||||||||||| AGACAGTAGTAAGATATTTTCTAATTAAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1205467‑1205383‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTT > USA300TCH1516_ALE/2478476‑2478555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |