New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 158 (1.030) | 13 (0.100) | 10/232 | 15.9 | 8.9% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 131 (0.990) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GGTTATAATATTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTA > USA300TCH1516_ALE/1878458‑1878737 | ggtTATAATATTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATaaaa < 3:52712/141‑1 (MQ=255) ttATAATATTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAAt > 1:1031022/1‑141 (MQ=255) tataATATTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATg > 2:867968/1‑141 (MQ=255) taataTTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTTGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGAc > 3:120841/1‑141 (MQ=255) taataTTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGAc > 1:1120352/1‑141 (MQ=255) taataTTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGAc > 3:406780/1‑141 (MQ=255) atatTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCt > 4:41212/1‑141 (MQ=255) atatTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCt > 3:465668/1‑141 (MQ=255) tatTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCtt < 1:1312722/141‑1 (MQ=255) aCAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAata < 1:274937/141‑1 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3:312992/1‑141 (MQ=255) cTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGt < 4:140826/141‑1 (MQ=255) cTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATAAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTATTTAGTAGATGAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGt < 2:1330385/141‑1 (MQ=255) cGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCa > 3:154168/1‑141 (MQ=255) aCAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTaa < 4:554335/141‑1 (MQ=255) aCAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTaa > 4:525284/1‑141 (MQ=255) ggACAGGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTaaaaa < 3:59863/141‑1 (MQ=255) gACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGTAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAg < 2:219509/141‑1 (MQ=255) gACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAg > 2:13289/1‑141 (MQ=255) cATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAgtg > 2:1144689/1‑141 (MQ=255) tGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTc < 3:107123/141‑1 (MQ=255) tCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGcgtcgt > 1:1329787/1‑141 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3:245726/1‑141 (MQ=255) gACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTTTTTCTTATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTTACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCg > 2:563235/1‑141 (MQ=255) gACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCg > 1:918068/1‑141 (MQ=255) cATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCNTTTCGtt > 2:1041412/1‑141 (MQ=255) cATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGtt < 1:584927/141‑1 (MQ=255) aaTTACTAACATGCATTAATGGAATAATAGTATAAAATTCGGTTCGATTCACTTTAGTAAATCTAGTTTTTCTTTCGAATATAAATGAACTGAATATAACGGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGtg < 4:397293/140‑2 (MQ=255) aTTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTa > 1:208033/1‑141 (MQ=255) cTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTa > 1:1336909/1‑141 (MQ=255) tCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTAt > 1:141390/1‑141 (MQ=255) cacaTGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATg < 3:41212/141‑1 (MQ=255) acaTGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGa > 1:1258035/1‑141 (MQ=255) acaTGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGa < 2:550934/141‑1 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agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTg > 2:324233/1‑141 (MQ=255) agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTg > 3:286205/1‑141 (MQ=255) agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTg > 3:218256/1‑141 (MQ=255) gATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAAt > 3:501129/1‑141 (MQ=255) cAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAg > 1:289358/1‑141 (MQ=255) aaCTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGt > 1:805090/1‑141 (MQ=255) tttttCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACg < 1:69912/104‑1 (MQ=255) tttCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCaaa < 1:213987/141‑1 (MQ=255) tttCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCaaa > 1:1081513/1‑141 (MQ=255) cattcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTc > 3:565232/1‑141 (MQ=255) cattcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTc > 1:179655/1‑141 (MQ=255) caAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTc < 2:984639/141‑1 (MQ=255) aaTAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCaa < 4:218256/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATgg < 2:289358/141‑1 (MQ=255) aaaaTGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCTTCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGt > 2:880362/1‑141 (MQ=255) aaaTGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTa < 1:472122/141‑1 (MQ=255) | GGTTATAATATTACAAGTGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTA > USA300TCH1516_ALE/1878458‑1878737 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |