| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 643,640 | A→G | 21.3% | intergenic (‑288/+261) | yjjP_1 ← / ← USA300HOU_RS03070 | Inner membrane protein YjjP/Putative heme‑dependent peroxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 643,640 | 0 | A | G | 21.3% | 49.2 / 9.5 | 28 | intergenic (‑288/+261) | yjjP_1/USA300HOU_RS03070 | Inner membrane protein YjjP/Putative heme‑dependent peroxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/9); new base G (3/3); total (16/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
TCTCTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGA > USA300TCH1516_ALE/643507‑643778 | tctcTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGt < 1:61685/141‑1 (MQ=255) gAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCGAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGt > 1:2216/1‑141 (MQ=255) ataAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTtata > 1:169905/1‑141 (MQ=255) ataAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATAAGTAAACGATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTtata > 2:213802/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGa < 1:207919/141‑1 (MQ=255) | TCTCTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGA > USA300TCH1516_ALE/643507‑643778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |