| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 147 (1.300) | 98 (1.240) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
64/188 | 0.1 | 48.8% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512760 | tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 2:959922‑M1/2‑1 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa < 2:569692‑M1/3‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGACAGCCTGAATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa < 1:732076/141‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa < 4:419299/141‑1 (MQ=255) cacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtattcgaacttacgtgacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaataaacaagataaaaaaa > 2:655152‑M1/137‑141 (MQ=255) cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa < 2:339659/141‑1 (MQ=255) acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑g < 4:367527‑M1/6‑1 (MQ=255) ctgtttccatgccgaacacaggagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagcttcttcaccaaattttggttaaaaaataacatcgacaagataaAAAAA‑Gtt < 4:375451‑M1/8‑1 (MQ=255) gttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTAt > 4:304205‑M1/132‑141 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTAtt < 4:61816/141‑1 (MQ=255) tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAAGTTAtt < 2:326222‑M1/12‑1 (MQ=255) tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAAGTTAtt < 2:613591‑M1/12‑1 (MQ=255) cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGAc < 1:490463/141‑1 (MQ=255) cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAAAAAAAATAAAAA‑GTTATTGAc < 4:215351/141‑1 (MQ=255) catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACt < 1:129510‑M1/15‑1 (MQ=255) gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACtt < 2:123720/141‑1 (MQ=255) tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTa > 2:397773‑M1/125‑141 (MQ=255) tGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTATGAAAACCTGTATAGTATTTATATGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAATAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGAccaaa < 2:995317/141‑5 (MQ=255) ccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTaaa < 3:407084‑M1/19‑1 (MQ=255) cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATg > 2:30040/1‑141 (MQ=255) aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGt > 1:542552‑M1/120‑141 (MQ=255) acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGtt < 2:824815‑M1/23‑1 (MQ=255) ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTtaa < 2:443513/141‑1 (MQ=255) gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTtgataa > 1:416657‑M1/114‑141 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt > 2:846647/1‑141 (MQ=255) ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg > 2:534432‑M1/110‑141 (MQ=255) ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg > 1:108083‑M1/110‑141 (MQ=255) taagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt > 1:480408‑M1/109‑141 (MQ=255) agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat > 4:330359‑M1/107‑141 (MQ=255) gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata < 3:304912‑M1/36‑1 (MQ=255) ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaaaaaaaaaaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa > 4:322674‑M1/105‑141 (MQ=255) aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa < 2:701255/141‑1 (MQ=255) gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta > 3:154765/1‑141 (MQ=255) gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta < 2:1007424/141‑1 (MQ=255) cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTCTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta < 2:226917‑M1/40‑1 (MQ=255) cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta > 1:881387‑M1/102‑141 (MQ=255) ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa > 2:98517/1‑141 (MQ=255) tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGt > 1:443056/1‑118 (MQ=255) tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt < 1:1010988/141‑1 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt < 3:317143‑M1/45‑1 (MQ=255) tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg < 3:207626‑M1/47‑1 (MQ=255) atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 1:766601‑M1/92‑141 (MQ=255) ttGAAAGCCTGTATATTTTGTTTTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 1:55368/141‑1 (MQ=255) tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacggtgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa > 2:889141‑M1/88‑141 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:158411‑M1/87‑141 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:371198‑M1/87‑141 (MQ=255) aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑a > 1:218085/1‑141 (MQ=255) aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑a > 2:424655/1‑141 (MQ=255) aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aa > 3:267861/1‑141 (MQ=255) ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aaaaa < 1:6696/141‑1 (MQ=255) acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAt > 1:569692‑M1/81‑141 (MQ=255) acttacgtacctctagagtagaacgttgcccaacatttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAt > 1:981752‑M1/81‑141 (MQ=255) tGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATg < 1:395792/141‑1 (MQ=255) tacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGaa > 2:170591‑M1/78‑141 (MQ=255) ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAAc > 3:263479/1‑141 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGt > 3:437113‑M1/74‑95 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat < 4:297762‑M1/35‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAtt > 2:510761‑M1/74‑141 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg > 1:42728‑M1/73‑141 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg < 2:482984‑M1/69‑1 (MQ=255) tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg < 1:526140/141‑1 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATGACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGa > 4:246141/1‑141 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACt > 2:4194/1‑86 (MQ=255) tttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGaa > 1:617120/1‑141 (MQ=255) ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTg < 1:351512/141‑1 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTg < 3:180339/139‑1 (MQ=255) ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAAt > 1:707129/1‑141 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 3:375688/1‑141 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg < 1:250578/141‑1 (MQ=255) caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt > 2:744726/1‑141 (MQ=255) caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt < 1:1007048/141‑1 (MQ=255) ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa > 2:10411‑M1/50‑141 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGtt > 4:196463/1‑69 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGtt < 3:196463/69‑1 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt > 1:320575/1‑141 (MQ=255) actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa > 1:911110/1‑82 (MQ=255) tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa > 3:172054/1‑141 (MQ=255) ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 2:18643‑M1/99‑1 (MQ=255) ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGACAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc < 2:710738‑M1/101‑1 (MQ=255) actTAAGAAATAACTGGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATGAATTGTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAAAAGTGAAAACTGCATGGCAATATGTCAAAGTTAATTc > 4:103724/1‑141 (MQ=255) atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 1:468933‑M1/38‑141 (MQ=255) atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:719268‑M1/38‑141 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGa > 2:168624/1‑113 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGa < 1:168667/113‑1 (MQ=255) caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa < 4:436404‑M1/106‑1 (MQ=255) aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa > 1:515834/1‑141 (MQ=255) aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc > 1:846022/1‑141 (MQ=255) ttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg > 3:356675‑M1/32‑141 (MQ=255) ggttaacaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAAATAATTCTTCTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAaaacgcaaa < 4:325623‑M1/114‑5 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 1:549451‑M1/114‑1 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 2:790886‑M1/114‑1 (MQ=255) ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTAAAAAAAGTAAGAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 2:85293/141‑1 (MQ=25) gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa > 1:195284/1‑65 (MQ=255) gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat > 2:915635/1‑141 (MQ=255) gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat < 2:289515/141‑1 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc > 4:179019/1‑141 (MQ=255) aCGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa > 2:747258/1‑141 (MQ=255) aatggaaaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 2:493746‑M1/15‑141 (MQ=255) aaaggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAATATGTCAACATTAATACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 1:644650‑M1/15‑141 (MQ=255) ttttAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 4:154765/141‑1 (MQ=255) | GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |