| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1217678 = | 99 (0.870) | 8 (0.080) | 7/236 | 13.5 | 8.1% | intergenic (+7/‑430) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1217746 = | 94 (0.940) | intergenic (+75/‑362) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAATT > USA300TCH1516_ALE/1217607‑1217886 | taGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTttat > 1:423344/1‑141 (MQ=255) aTCATTATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTtattat < 1:1006597/141‑1 (MQ=255) cATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatat < 1:923071/141‑1 (MQ=255) cATAATGATGATTTATTTAAAAATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatat < 4:419483/141‑1 (MQ=255) atcatgatgATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatata < 1:901842/138‑1 (MQ=255) aTAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatata > 2:208086/1‑141 (MQ=255) tAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaa < 2:315823/141‑1 (MQ=255) gatgatTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaaa < 2:573123/141‑1 (MQ=255) gatgatTTATTTAAACATGTAAAGAATATATTACGTAAACAAGAACAAAATTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaaa < 2:522523/141‑1 (MQ=255) gatgaaTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAAATTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTTCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaat < 2:598634/141‑2 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1:804784/1‑141 (MQ=255) aaaCACTATAGCTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaattt > 2:153956/1‑141 (MQ=255) aaCACTATAGCTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGGCCCTCCTTTAACttaatttt < 2:59410/141‑1 (MQ=255) tataGCTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTg < 1:987889/141‑1 (MQ=255) taGCTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTa > 1:424507/1‑141 (MQ=255) cTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATc > 1:404283/1‑141 (MQ=255) cTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGCAATc > 3:380405/1‑141 (MQ=255) tttATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTATATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCaa > 1:734537/1‑141 (MQ=255) tattatATAAAAAA‑TTTATTCACCGATAATTAACTTTTTTAAAATGCAATCAATTAAGAATACGAGTAATATGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAt > 4:346735/1‑141 (MQ=255) attatATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAtt < 3:231557/141‑1 (MQ=255) attatATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAtt < 3:175761/141‑1 (MQ=255) attatATAAAAAA‑TGTATTAGCGGATAATTAACTTTATAAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAAGACTAATAATGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTATAATTTAATTTTAATTGTAATCAAAtg < 2:656912/141‑2 (MQ=255) | TAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAA‑TTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAATT > USA300TCH1516_ALE/1217607‑1217886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |