| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,697:1 | +T | 16.0% | coding (79/1335 nt) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,697 | 1 | . | T | 16.0% | 220.7 / 45.4 | 75 | coding (79/1335 nt) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (35/28); new base T (6/6); total (41/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAAC > USA300TCH1516_ALE/2373559‑2373835 | tGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAACTATAGGCCATAGA‑t > 1:70748/1‑140 (MQ=255)tGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑t < 1:468524/140‑1 (MQ=255) tAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACCTGCGGGTTAACTGCTAAACTATAGCCCACAGA‑Caata > 2:355114/1‑138 (MQ=255) cGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAg > 2:384004/1‑140 (MQ=255) cGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTAGCAACACAAATGACACTTATAACCATTTTCATATCTTCCGATCCGCCTTTAACAACTGATCACCATAGAGCTTGCCGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAg > 1:715815/1‑140 (MQ=255) gcgCCTACCAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAGATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGt < 1:386949/138‑1 (MQ=255) cttacgcaTGCTGCTCATTCAGTCGCTTCAACAATCGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTCACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTtgt < 2:456638/133‑1 (MQ=255) cTACAAGTGCTGCTAATGCAGTCGCCAAAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTtgtg < 2:494480/140‑1 (MQ=255) aCAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGAt > 1:260588/1‑140 (MQ=255) cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGC‑TAAGAAAGTTGTGATa > 2:112781/1‑140 (MQ=255) cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATa > 2:454765/1‑140 (MQ=255) cAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATACA‑TAAGAAAGTTGTGATa > 1:658381/1‑140 (MQ=255) tgccgcTAAGGCAGTCGCTACAAAAATGGAACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCg < 2:557679/140‑1 (MQ=255) ctgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCt < 1:39290/140‑1 (MQ=255) ctgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACGTAAACCTTGCGGGTGAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCt < 1:342277/140‑1 (MQ=255) gctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTaa < 2:371105/140‑1 (MQ=255) ctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTaa > 2:768804/1‑140 (MQ=255) tAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAgg > 1:237921/1‑139 (MQ=255) aaTGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGAt < 1:23982/140‑1 (MQ=255) cAAAAACGGCACCTTGGTCCAAGTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaaa < 1:712946/140‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAg < 1:477358/140‑1 (MQ=255) aTGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGACAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTg > 2:397423/1‑140 (MQ=255) cACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTCACTGTCTGTACAGACGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCa > 1:798021/1‑140 (MQ=255) cACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCa > 1:103547/1‑140 (MQ=255) tGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATAttt < 1:740689/140‑1 (MQ=255) tGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATAAAGGCAAAACG‑AAAGAAAGTTGTGATACTGCCTAAGATTTCTCTTTTAACATTTGATACCTAttt > 2:321403/1‑140 (MQ=255) tCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCGCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCTAACTgg > 2:382112/1‑140 (MQ=255) atatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGa > 2:433891/1‑140 (MQ=255) tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaaa < 2:70748/140‑1 (MQ=255) cGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGGTAACTGCTAAAATATAGGCCATTGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGATCTGGATATAGTTTTTCTCg > 1:563050/1‑140 (MQ=255) gCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACCTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGACCTGGAAATAGTTTTTCACGa > 1:521699/1‑140 (MQ=255) ccTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATCTTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGaa > 2:522834/1‑140 (MQ=255) ccTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGat > 2:471956/1‑139 (MQ=255) ttaaagccTGCTAAACTTAAAACTTCCGGGTTACCTGCTAAAATATACGCCATAGA‑CAAGACAGTTGTGCTACCGCCTAAGCTTTCCCTTTTCAAGCTTGTTCCATATTTAACGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATga < 2:347803/134‑2 (MQ=255) ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGTGTTAACTGCTCAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATgg < 1:460226/140‑1 (MQ=255) ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATgg < 2:344877/140‑1 (MQ=255) tAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGa < 1:316752/140‑1 (MQ=255) tAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATACATTCCATGGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGa < 1:258579/140‑1 (MQ=255) acacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTGAAGTTTGTTCGATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAGTGGAtc > 1:51435/1‑139 (MQ=255) cacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGc < 2:804163/140‑1 (MQ=255) cacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGc > 2:179639/1‑140 (MQ=255) cacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGc > 1:591989/1‑140 (MQ=255) cacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGATAAAATATAGGACATAGATTAAGAACGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCAATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAAGGGATg > 1:8246/1‑140 (MQ=255) acccgggaaaCTTAAGACTGGCGGGTCAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCt < 1:355114/133‑1 (MQ=255) acCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGCATGGATGCt > 2:517064/1‑140 (MQ=255) ccTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTc < 2:232352/140‑1 (MQ=255) cTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTc < 2:436821/140‑1 (MQ=255) cTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGCAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGACTTGATgtttc > 2:706484/1‑136 (MQ=255) tGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGTTACGGCCTAAGATTTCGCTTCTAAAGTTTGTGCCATATTTATCAAACTGGACATAGTTTTGCACGCATGGATGCTCCt > 2:438846/1‑140 (MQ=255) tGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCt > 1:435950/1‑140 (MQ=255) gcgagaCTTACAACTTGCGGGTTCACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtt < 1:235162/135‑1 (MQ=255) gCTAAACTGAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtt < 1:235168/140‑1 (MQ=255) tAAACTTAAAACGTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttt > 1:773679/1‑140 (MQ=255) aaCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttttt < 2:138808/140‑1 (MQ=255) aaCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttttt > 2:120755/1‑140 (MQ=255) aCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCttttttt > 2:613876/1‑140 (MQ=255) cTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGTCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATGTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTa < 2:148055/140‑1 (MQ=255) cTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTa < 1:577652/140‑1 (MQ=255) aaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt > 1:533798/1‑140 (MQ=255) aaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGCTGCGCCTGTTTTTAAAAt > 2:22044/1‑140 (MQ=255) ttGCGACTTAACTGCTAACATATAGGCCATCGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCt < 1:453874/140‑1 (MQ=255) gtGCGGGTTAACTTCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCt < 2:473428/139‑1 (MQ=255) tGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAACTACCtt > 1:571253/1‑140 (MQ=255) gCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCtt > 1:99846/1‑140 (MQ=255) gCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGAGGCGGCTTATTTTAGAATatatta > 2:256814/1‑135 (MQ=255) gggTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTaa < 1:433891/140‑1 (MQ=255) gTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAg > 1:287737/1‑140 (MQ=255) ttAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGt > 2:408261/1‑140 (MQ=255) tAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGtt < 1:45542/140‑1 (MQ=255) aCTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTa < 1:84501/140‑1 (MQ=255) cTGCTAAAATATAGGTCATAGT‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGATCTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTaa < 2:317123/140‑1 (MQ=255) cTAAAATATAGGCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAata < 2:238684/140‑1 (MQ=255) aaaTATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCAt > 2:412641/1‑140 (MQ=255) ccATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaata > 2:28821/1‑140 (MQ=255) aTAGT‑TAACAAATTTATCATAACGCCTAAGAATTCTCTTTTAACGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaaa < 2:220937/140‑1 (MQ=255) aTAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGATCTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaaa > 1:211177/1‑140 (MQ=255) gA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaacaaat > 2:142363/1‑139 (MQ=255) | TGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAAC > USA300TCH1516_ALE/2373559‑2373835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |