| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 80 (1.220) | 46 (1.020) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
35/178 | NT | 45.5% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512759 | tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagtttttgaatcaaattttggttaaaaattaaaatggacaacataaa < 2:788368‑M1/1‑1 (MQ=255)tcacacatgttcccatgccgaacacagtagttaagcttcttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa > 1:123585‑M1/140‑140 (MQ=255) acacctgttcgcatgcagaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgatagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa > 2:150648‑M1/138‑140 (MQ=255) cacctgctcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa > 1:310779‑M1/137‑140 (MQ=255) cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGCGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGCATTACTACCGAAAATGACTTTTaaaa > 2:97908/1‑140 (MQ=255) cAGTACTGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGTAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGtt < 2:334549/140‑1 (MQ=255) aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAACTAATTTTACAAAGTTa > 2:689881/1‑140 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt > 1:665401/1‑140 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt > 1:256421/1‑140 (MQ=255) cgctgctgtacaccgaagctcagctcctgagggtcgatggtaggcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaaccaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa > 1:146100‑M1/128‑140 (MQ=255) cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa < 2:720891/140‑1 (MQ=255) cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTAAAAAAGTTATTGa > 2:731008/1‑140 (MQ=255) aGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc < 1:465299/140‑1 (MQ=255) tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt < 1:45078‑M1/16‑1 (MQ=255) aTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACtt > 2:288935/1‑140 (MQ=255) cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAt > 2:241948/1‑140 (MQ=255) tgtagagaaggttagctgctttgcgtggatggtatgtgcacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATg > 2:34760‑M1/120‑140 (MQ=255) aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcaggttttaaataaaattatggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATg < 1:29244‑M1/21‑1 (MQ=255) aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgccagagtagaacgttgcaaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAACGTCATTGACTTAAATg < 1:384520‑M1/21‑1 (MQ=255) ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta < 1:537993/140‑1 (MQ=255) cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga > 1:45255‑M1/116‑138 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa > 2:105277/1‑140 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa > 2:457706/1‑140 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa > 2:329428/1‑140 (MQ=255) ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt < 1:162968‑M1/31‑1 (MQ=255) aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacggtccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaacagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt < 1:757947‑M1/33‑1 (MQ=255) agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgatagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta > 2:312042‑M1/107‑140 (MQ=255) aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTACATGTTTATAAAATGtaca > 1:619455/1‑138 (MQ=255) aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtatc > 2:670211/1‑139 (MQ=255) aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTCTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtata > 2:755317/1‑140 (MQ=255) tttcaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATGTATTTGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTCATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat < 2:68137/136‑1 (MQ=255) gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt < 1:165382‑M1/43‑1 (MQ=255) gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt < 1:493059‑M1/43‑1 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc < 2:630748‑M1/44‑1 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcaggtttttaatcaacttttggttaaaaactaaaatggccaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAGGTAtcattaattt < 1:271655‑M1/44‑2 (MQ=255) gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt > 1:492479‑M1/93‑140 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATGAATTTTAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc > 2:92692/1‑140 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTCGAATTGCTAATGTGAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc > 1:185824/1‑140 (MQ=255) tggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccagccagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg < 2:425857‑M1/50‑1 (MQ=255) ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccagacagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTTTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg < 1:547527‑M1/51‑1 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 2:540785‑M1/52‑1 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 1:104246‑M1/52‑1 (MQ=255) gtGAAAGCCTGGATAGTATTTATTTGTTCAGTCAAACAAAACAGCTCAACGTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 1:23259/139‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTGGAATTACTAACGAAACTTAATTTTAAAAAGTTATTGATTGAGATGATAATAACATGTATAATTAATTCTCATCGGTaa > 2:390291/1‑140 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa < 1:222816‑M1/54‑1 (MQ=255) gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:32354‑M1/86‑140 (MQ=255) tcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGCCTTAATTGTTGATAAAATGTCTAATTAATTcttctcgccaaga < 1:66511‑M1/56‑7 (MQ=255) tatcGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATCGACTTAACTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa > 2:62780/1‑140 (MQ=255) tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATAAATACTTGTAGGTAAGAAAAATGa > 2:8847/1‑140 (MQ=255) taagttccgctagaagagaacgttgacaggcagttttttaatcaaatattggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa > 2:550286‑M1/78‑140 (MQ=255) acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAAAAAAATGaa < 2:20945‑M1/64‑1 (MQ=255) taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc > 2:597737/1‑140 (MQ=255) tatttattTGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 2:358499/140‑1 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg > 1:606577/1‑140 (MQ=255) ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt < 2:78121/140‑1 (MQ=255) tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAGTg > 1:27463/1‑140 (MQ=255) gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa < 1:343791‑M1/84‑1 (MQ=255) ggtgccaggcagttttttaacactatatgggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa > 2:126867‑M1/57‑140 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata > 2:697551/1‑140 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat < 1:419246/140‑1 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt < 1:356932‑M1/89‑1 (MQ=255) aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAATATTTATTTTAAATAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt < 1:42523/140‑1 (MQ=255) aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACCTTGAAAACTGAATGACAATATGt > 2:442816/1‑140 (MQ=255) ggcagttttttcatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa > 2:192083‑M1/50‑140 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAGTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa > 1:507360/1‑140 (MQ=255) caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGCAGGTAAGAAAAATGAAGATTGAAGACTGAATGACAATATGTCaaa > 2:516368/1‑139 (MQ=255) tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa > 2:121482/1‑140 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 2:768504/1‑140 (MQ=255) taatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCACCGTTAATTc < 1:264300‑M1/101‑1 (MQ=255) ttAAGAAATGACTTGATTTACTAACGAAAAGTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc < 2:471639/140‑1 (MQ=255) tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa > 1:517794/1‑140 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAATTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 2:400749/140‑1 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:121482/140‑1 (MQ=255) aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTATAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa < 1:323748/140‑1 (MQ=255) aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa < 1:102789/140‑1 (MQ=255) aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt < 1:630515/140‑1 (MQ=255) aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTGAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt < 2:179773/140‑1 (MQ=255) tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTa < 2:160861‑M1/112‑1 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 2:709992‑M1/113‑1 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 1:475466‑M1/113‑1 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 1:281411‑M1/113‑1 (MQ=255) cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 1:514816/140‑1 (MQ=255) ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 2:374026/140‑1 (MQ=255) gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGCAAAAAAAACTCTGATAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta > 1:628387/1‑140 (MQ=38) gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACTGAATAACAATATGTCAACGTTACTTCCAAAAAACGTAAAta > 2:635580/1‑140 (MQ=255) aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata > 2:380596/1‑140 (MQ=255) cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 1:692472/1‑140 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaagtaac < 1:205641‑M1/124‑4 (MQ=255) caaaaaTTAATTGTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa < 1:145726/138‑1 (MQ=255) aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTACATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:776619/1‑140 (MQ=255) aaaTTAATTATAAAAAGTTATTGAGTGAAATGTTAATTAAATGTATAATTAATTCTGGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa < 2:313365/140‑1 (MQ=21) aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACag > 2:269416/1‑139 (MQ=255) caagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAGATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta > 2:710496‑M1/9‑140 (MQ=255) tcgggaaaaaTTGATTGACTAAGAAGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt < 2:773897/135‑1 (MQ=21) tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 1:749091/140‑1 (MQ=255) ttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt < 1:202401/140‑1 (MQ=255) gaaaaaaGATATTGACTTAAATGGCGATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTGAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATAGGGCAACGTTCCTCCCATAATACGTCACTGTGAGATAGACACAGTGTTTAGt > 2:199395/3‑140 (MQ=16) aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt > 1:709992‑M1/3‑140 (MQ=255) aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTGTAGGTTACAAACATCATGTAGTAt > 1:668464/1‑140 (MQ=255) aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 1:92312/140‑1 (MQ=255) | GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |