| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 619,116 | A→G | 9.0% | intergenic (+72/‑322) | sdrD → / → sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D/Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 619,116 | 0 | A | G | 9.0% | 196.5 / 6.5 | 74 | intergenic (+72/‑322) | sdrD/sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D/Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/30); new base G (3/4); total (40/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTATTCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGATATAAAAAACAAA > USA300TCH1516_ALE/618983‑619255 | gATTATTCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAAt < 1:670085/140‑1 (MQ=255)gATTATTCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAAt < 1:695025/140‑1 (MQ=255) ttattCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAg < 2:209001/140‑1 (MQ=255) ttattCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAg > 1:285698/1‑140 (MQ=255) ttCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGc > 2:306440/1‑140 (MQ=255) tCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGGTTAAATAGTGCa > 1:786574/1‑140 (MQ=255) tAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTGATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTaa < 2:545926/140‑1 (MQ=255) tCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAat > 1:750795/1‑140 (MQ=255) attGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAAc > 2:467437/1‑140 (MQ=255) ttGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGGTTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACa > 1:358889/1‑140 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(MQ=255) cGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTCCAAAATTTATGAAATGTATCTTAAGTTTGAGCTTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATACATCaa > 2:339512/1‑140 (MQ=255) cGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGCTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGCGATTAAATAGTGCCATTTTCTAAAAAATCTAACGTAAATCaa > 1:23567/1‑140 (MQ=255) gtcgtcGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCGTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACa < 1:53408/140‑1 (MQ=255) gtcctcGTAAAAAAAAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACa < 2:428724/140‑1 (MQ=255) tcgtcgTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTGTTATTTCAAAATTTATGAGATGTATCTGATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACAt < 1:155909/140‑1 (MQ=255) cgtcgtAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATa > 1:597455/1‑140 (MQ=255) cgtAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAAt > 2:232710/1‑140 (MQ=255) cgtAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTACTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAAt > 2:407185/1‑140 (MQ=255) aaaaCAGAATAAATAATACAGCTTATACTAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAAt < 2:276830/140‑1 (MQ=255) aaCAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTc < 2:394506/140‑1 (MQ=255) aaCAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTc > 1:95882/1‑140 (MQ=255) aaCAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTACGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTc < 2:455968/140‑1 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1:625229/1‑140 (MQ=255) caTTTATGAAATGAATATTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTATTTACAACATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTAATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAGAAACAAAAAAACACGGTATcctaac > 2:353642/2‑135 (MQ=255) aaTTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAAcc < 1:524877/140‑1 (MQ=255) ttATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCAtt > 1:155956/1‑140 (MQ=255) tATGAAATGTATCTTATGTTTGAGGTTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAACAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCAttt < 2:786574/140‑1 (MQ=255) gAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTaaa < 2:638019/140‑1 (MQ=255) tCTTATGTTTGAGATTTATCAAAGCAATCAAGAAAGAAATATAACATAAATCTACGTAAATTTCATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGa < 2:774143/140‑1 (MQ=255) cTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGat < 1:268001/140‑1 (MQ=255) tttGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGCTATaaaa > 1:55871/1‑140 (MQ=255) tttGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGATATaaaa > 1:246021/1‑140 (MQ=255) tGAAATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGATATaaaaaa < 1:55670/140‑1 (MQ=255) gagaTTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCGTTTAAGACAGTTGATATAAAaaac < 1:265936/140‑1 (MQ=255) aTTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGATATAAAaaacaaa > 2:218778/1‑140 (MQ=255) | GATTATTCGCAGCATTAGGATCATTATTGTTATTCGGTCGTCGTAAAAAACAAAATAAATAATACAGCTTATACCAGGTCCGTGAGGCCTGGTTTTTTATTTCAAAATTTATGAAATGTATCTTATGTTTGAGATTAAATAGTGCAATTTTTTAAAAAATATAACATAAATCAACATAAATTTAATTCATCTTTACATTAAAAGTACAAACGAATAAGAAAAGCAATTAAACACAGTATCAAACCATTTAAAACAATTGATATAAAAAACAAA > USA300TCH1516_ALE/618983‑619255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |