| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,974,657 | C→T | 8.3% | M869I (ATG→ATA) | smc_3 ← | Chromosome partition protein Smc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,974,657 | 0 | C | T | 8.3% | 159.1 / 2.7 | 59 | M869I (ATG→ATA) | smc_3 | Chromosome partition protein Smc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base T (3/2); total (29/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATATGGTCTTAGTACCTTAATTAAACTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGCCCAATCTTT > USA300TCH1516_ALE/1974518‑1974794 | aataTGGTCTTAGTACCTTAATTCAACTGATACGTAAAGCTATATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAatc > 2:425209/1‑140 (MQ=255)aataTGGTCTTAGTACCTTAATTAAACTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAatc > 2:98509/1‑140 (MQ=255)aataTGGTCGTAGTACCTGAATTAAACTGATACGTAAAACTACAAAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGAATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAatc < 1:150424/140‑1 (MQ=255) tCTTAGTACCTTAATTACACTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGtat > 2:703136/1‑140 (MQ=255) tCTTAGTACCTTAATTAAACTGAGACGGAAAGGTACATAAAGTAATTGTTTAGCGAGTTCACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGtat < 2:781144/140‑1 (MQ=255) cTTAGTACCTTAATTAAACTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCTtata > 2:763001/1‑140 (MQ=255) ttAGTACCTTAATTAAACTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTatat < 1:744555/140‑1 (MQ=255) aGTACCTTAATTAAACTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCt < 2:579031/140‑1 (MQ=255) cTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACGATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATAATAGTTACTCATCGTATATCTGCCGTCTGTTAATTg > 2:4726/1‑140 (MQ=255) cTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATg > 1:434940/1‑140 (MQ=255) gATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCt < 1:770017/140‑1 (MQ=255) gATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCt > 1:481334/1‑140 (MQ=255) gATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCt > 1:634012/1‑140 (MQ=255) gATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCt > 1:559548/1‑140 (MQ=255) cGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGGCTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCaa > 1:614752/1‑140 (MQ=255) gCTACATAGAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTc < 2:516165/140‑1 (MQ=255) gCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTc < 1:758689/140‑1 (MQ=255) gCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTc < 1:56751/140‑1 (MQ=255) aTAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCg < 1:365634/140‑1 (MQ=255) aTAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTATTAAATGCTTCAATATTTCTACCg < 2:146168/140‑1 (MQ=255) aGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTc > 2:214957/1‑140 (MQ=255) tAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCAt > 1:695181/1‑140 (MQ=255) ttCTGTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATAGCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATtaa < 1:529739/140‑1 (MQ=255) cTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATtaata < 2:214943/140‑1 (MQ=255) cTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCGGTTAAATGCTTCAATATTTGTACCGCTTCATtaata > 1:276753/1‑140 (MQ=255) tGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATTATCGTATATATACCATCTATTAAATGCTTAAATATTTCTACCGCTACATTAATAACtt > 2:12411/1‑140 (MQ=255) aGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAg < 2:106038/140‑1 (MQ=255) tggACTTATTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCa < 2:27346/138‑1 (MQ=255) gACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCaca > 2:607445/1‑138 (MQ=255) gACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCaaa > 2:108757/1‑140 (MQ=255) ttAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGt > 1:474802/1‑140 (MQ=255) tAGTTCAACAGGATCATATACTTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATGTCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGtt < 2:19090/140‑1 (MQ=255) gaaCAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAGCCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCt < 2:791931/139‑1 (MQ=255) aaCAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATGTTCATGATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCtt < 2:692792/140‑1 (MQ=255) aCAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCttt > 2:719537/1‑140 (MQ=255) ggATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAAt < 2:716561/140‑1 (MQ=255) atatAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATTATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCGTTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGtt > 1:471375/1‑140 (MQ=255) atatAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATTATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGtt > 1:471436/1‑140 (MQ=255) atatAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCACACGTTTATCTTTAATTTGtt > 2:240020/1‑140 (MQ=255) tatgATGGACCGTTGACATGTTTGACCGTAGTTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTTTCTTTAATTTGttt < 2:204477/140‑1 (MQ=255) tataATTGACCATTAACATGTTTTGCCGTAAGTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGttt < 2:386664/140‑1 (MQ=255) tataATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGttt < 1:27049/140‑1 (MQ=255) tataATTCACCATTAACATGTTTTACCGTTATTTCATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGTCATCTGTTAAATGTTTCATTATTTTTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATTTTTAATTTGttt < 2:453604/140‑1 (MQ=255) taATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTaa > 1:209521/1‑140 (MQ=255) ccATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTTAGCCAAACGTTTTTCTTTAATTTGTTTAATATGTtc > 2:161790/1‑140 (MQ=255) ttAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTtcatc > 1:152698/1‑140 (MQ=255) tAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTtcatca > 1:152262/1‑140 (MQ=255) aaCATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCaa < 1:785710/140‑1 (MQ=255) cATGTTTAACCGTAATTGAAGCTTCATGATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATTCGCTCATCAACt > 2:217765/1‑140 (MQ=255) ttAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACt > 1:709309/1‑140 (MQ=255) tcaaCCGTGATGTAATCTTCATTATATTTATTGATCGTATATCGGCCATATGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGATTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATATTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACt < 2:242207/138‑1 (MQ=255) gTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTaa > 1:554853/1‑140 (MQ=255) aaTTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAGACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAAt < 1:425209/140‑1 (MQ=255) aaTTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAAt < 1:98509/140‑1 (MQ=255) ttGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATaa < 2:434940/140‑1 (MQ=255) ttGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTAGATCTGCCATCTGTTAAATGCCTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATGTGTTTAATGTGTTCATCAACTAGACTTTGTAAATaa < 2:704475/140‑1 (MQ=255) aTCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTa > 1:236568/1‑140 (MQ=255) tCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACt > 1:564260/1‑140 (MQ=255) ttATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGc > 2:221104/1‑140 (MQ=255) tAATTATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCGTTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGCCCAATCt < 2:471375/140‑1 (MQ=255) tAATTATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGCCCAATCt < 2:471436/140‑1 (MQ=255) aaTCATCGTATATCTGCCATCTGGTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGCCCAATCtt < 2:541473/140‑1 (MQ=255) atcatcGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGCCCAATCttt > 2:685108/1‑140 (MQ=255) atcatcGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGCCCAATCttt > 2:570529/1‑140 (MQ=255) | AATATGGTCTTAGTACCTTAATTAAACTGATACGTAAAGCTACATAAAGTAATTCTTTTGTAGATTGACTTAGTTCAACAGGATCATATAATTGACCATTAACATGTTTAACCGTAATTGAATCTTCATTATAGTTAATCATCGTATATCTGCCATCTGTTAAATGCTTCAATATTTCTACCGCTTCATTAATAACTTGAGGCAAACGTTTATCTTTAATTTGTTTAATGTGTTCATCAACTAAACTTTGTAAATAACTTAAACTTGCCCAATCTTT > USA300TCH1516_ALE/1974518‑1974794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |