| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,300,370 | C→G | 20.1% | A156P (GCT→CCT) | emrY ← | putative multidrug resistance protein EmrY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,300,370 | 0 | C | G | 20.1% | 138.0 / 31.5 | 64 | A156P (GCT→CCT) | emrY | putative multidrug resistance protein EmrY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/30); new base G (4/9); total (25/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
CGCTTATCTAATTTCGTATATTTCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCATCGCTTGAATT > USA300TCH1516_ALE/2300231‑2300509 | cGCTTATCTAATTTCGTATATTGCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGAGCAATAATTGATCctgtagc > 1:174016/1‑140 (MQ=255) ttATCTAATTTCGTATATTTCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATCATACACATTCATCCGCGTCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCctgtagctgt > 2:777643/1‑140 (MQ=255) tATCTAATTTCGTATATTTCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCACTAATTAATCctgtaggtgta > 2:638525/1‑140 (MQ=255) aTCTAATTTCGTATATTTCACTTCATTGTAACTCGAGATTGACACCAAACCGACAGCAAAGGCAAGTAGAGCAATCCCTAAAATTATACTAACAGGAACTTACCAACTCGATTGATCACTAATGAATCcggtagctgtag > 2:194227/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) atTTCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGt < 1:560124/140‑1 (MQ=255) atTTCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGt < 1:525779/140‑1 (MQ=255) tttCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTg < 1:559101/140‑1 (MQ=255) cACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCaa < 1:516772/140‑1 (MQ=255) agtGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGaa < 1:570816/138‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAAtt < 2:672340/140‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAAATGCCCATCTCACTTGATCAATAATCAACCCGGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAAtt < 1:590655/140‑1 (MQ=255) aaCTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACt > 1:413748/1‑140 (MQ=255) acaTTGAAACCAAACCGAAAACAATGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCt < 2:310823/138‑1 (MQ=255) gaTTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTg < 2:212241/140‑1 (MQ=255) gaTTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTg < 2:615030/140‑1 (MQ=255) tggAAACCAAACCGAACACAAAGGCAACGATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATCGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATTATTAATCCTTTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCt 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ccGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGc < 2:62763/140‑1 (MQ=255) ccGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGc < 1:291537/140‑1 (MQ=255) aCAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAAcc > 1:121033/1‑140 (MQ=255) cAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGCTCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTCCTAAACCTACTAGTCCCATTGCAAAACCt > 2:157024/1‑140 (MQ=255) cAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGAAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATGGCAAAACCt > 2:477725/1‑140 (MQ=255) cAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATACTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCt > 2:355045/1‑140 (MQ=255) aaaGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTc < 2:119152/140‑1 (MQ=255) aGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGa > 2:632257/1‑140 (MQ=255) ggCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGAt < 1:694445/140‑1 (MQ=255) aattataGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGtt < 1:38258/137‑1 (MQ=255) aaGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGtt < 2:271238/140‑1 (MQ=255) aGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTc < 2:100140/140‑1 (MQ=255) aTTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGaa < 1:505772/140‑1 (MQ=255) ttCCTAAAATTATAATAACTGGTTAACGAAAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCATATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGATACTCCCCTTGCAAAACCTCGATGTTCTCTACTGAAc > 2:59760/1‑140 (MQ=255) tAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATg > 2:189731/1‑140 (MQ=255) tAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATg > 1:437443/1‑140 (MQ=255) tAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTATAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATg > 2:115601/1‑140 (MQ=255) ttATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTAAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAAt > 1:717933/1‑140 (MQ=255) ttATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAACTAATGCGAACAAGGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAACGTAAAt < 1:586800/140‑1 (MQ=255) aactGGGACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTaa < 2:570046/137‑1 (MQ=255) aaaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCCTTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACACTGTAAATAACGTaa > 1:87230/1‑140 (MQ=255) aaaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACACTGTAAATAACGTaa > 2:41562/1‑140 (MQ=255) aaaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTaa < 2:762684/140‑1 (MQ=255) aaTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTaaa < 1:346197/140‑1 (MQ=255) aTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATACCGTAAAt > 1:551331/1‑140 (MQ=255) aTGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTACGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAATACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAAt < 2:779698/140‑1 (MQ=255) ggAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTg < 1:641383/140‑1 (MQ=255) gAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGc < 1:331486/140‑1 (MQ=255) cGCCATCTCGCTTGATCCATAATTAGTCCTGTAGGTGGAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCGTTGCAAAGCCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTaa < 2:482266/140‑1 (MQ=255) cGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTaa < 2:43409/140‑1 (MQ=255) cGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTaa < 2:165329/140‑1 (MQ=255) ttGATCAATAATTAATCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTa < 2:333928/140‑1 (MQ=255) tGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTAc > 2:296855/1‑140 (MQ=255) gATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACg > 1:118711/1‑140 (MQ=255) taattaatCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCATGCa > 2:621141/1‑140 (MQ=255) taatCCTGTAGGTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCa < 2:71891/140‑1 (MQ=255) taatCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGAAAAACCTCGCTGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGTGCATAAGTACAACTGCAcccc > 1:506563/1‑139 (MQ=255) taatCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATGGAATTACTAAACATGCTAGTTCCGTTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTGACTTGCATTAAGGGCGTAAGGACGCCTGCGCCCa > 1:305904/1‑140 (MQ=255) aatCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCAt > 2:421507/1‑140 (MQ=255) aatCCTGTAGCTGGAGGTCGTACTGCTGGTGCAAATTGAATCACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGAGGTTCGTTACTGAACAATGTAACTACCGTAGTTTTCATTAATGGCATAAGTACGCCTGCACCCAt < 2:174016/140‑1 (MQ=255) atCCTGTAGCTGTAGGGCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGACGATCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCATc < 1:719363/140‑1 (MQ=255) ctgttggtgtagGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCATCGCt < 2:554858/140‑1 (MQ=255) ctgtagctgtagGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGGAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCATCGCt > 2:219476/1‑140 (MQ=255) gtagctgtagGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCCTTGCAACACCTCGATGTTCTTTACTGCACAATCCGCGGTTCGGTAATTGCATTAAGGGCATAAGTACTCCTGCACCCATCGCTTg > 1:584186/1‑140 (MQ=255) gtagctgtagGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCATCGCTTg > 1:553187/1‑140 (MQ=255) ctgtagGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACGATGTTAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCATCGCTTGAAtt < 1:114722/140‑1 (MQ=255) | CGCTTATCTAATTTCGTATATTTCACTTCATTGTAACTCGAGATTGAAACCAAACCGAAAACAAAGGCAAGTATAGCAATTCCTAAAATTATAATAAATGGAACTCGCCAACTCGCTTGATCAATAATTAATCCTGTAGCTGTAGGTCCTATTGCTGGTGCAAATTGAATTACTAAACCTGCTAGTCCCATTGCAAAACCTCGATGTTCTTTACTGAACAATGTAAATAACGTAAATTGCATTAAGGGCATAAGTACGCCTGCACCCATCGCTTGAATT > USA300TCH1516_ALE/2300231‑2300509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |