Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,018,810 | (T)7→6 | coding (109/810 nt) | mgt ← | Monofunctional glycosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,018,804 | 0 | T | . | 97.0% | 443.5 / 4.7 | 99 | coding (115/810 nt) | mgt | Monofunctional glycosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base . (39/57); total (42/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTTCATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2018664‑2018940 | aGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACt < 2:132603/141‑1 (MQ=255) tGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACtttt < 1:780250/141‑1 (MQ=255) gACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAAGATTTTTAATAGTATTCGTTTACttttt < 3:348566/141‑1 (MQ=255) acacAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACtttttt > 3:248175/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCGTTTAC‑TTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTTCATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCtttt < 3:338902/141‑1 (MQ=255) gTTTACTTTTTTT‑TTTTTTTTCGGATTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATTGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTTCTTTTGAGTTTGAGTACATATTGCTTTTTTTTATTCGTTTGCTACTTTTTTTtaa > 2:270143/1‑141 (MQ=255) tttAC‑TTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTTCATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTaaaa < 3:308854/141‑1 (MQ=255) | AGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTGTAGATAAAAAATACATGATACCAATAAACAATGCGATAATGATTAGAATGGTTAATAATATTTTTAATAGTATTCGTTTACTTTTTTTCTTTTTCGGCGGTTTGCCAACTGGTTGATAATACGTATTATAGTGAGGTTCGTGTTTCATATGCTCAAAATGTTCATTTGAGTTTGAGTACCTATCGCTTCTTTTCATGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2018664‑2018940 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |