| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | G→A | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | 0 | G | A | 99.2% | 405.3 / NA | 119 | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (62/56); total (62/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTT > USA300TCH1516_ALE/2279568‑2279842 | ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg > 4:356237/1‑141 (MQ=255)ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg > 2:145032/1‑141 (MQ=255)ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg > 2:878520/1‑141 (MQ=255) tgtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgt > 4:44115/1‑141 (MQ=255) tgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgttg < 2:342526/141‑1 (MQ=255) gCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgttgt > 1:518113/1‑141 (MQ=255) ccGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTgttgtt < 1:161306/141‑1 (MQ=255) ccGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTgttgtt > 1:902443/1‑141 (MQ=255) ccGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTgttgtt > 3:231415/1‑141 (MQ=255) ttattaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCa < 2:591549/141‑1 (MQ=255) ttattaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCa < 2:591671/141‑1 (MQ=255) tGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGc > 2:585096/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACta < 1:880124/141‑1 (MQ=255) cTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtat < 2:747564/141‑1 (MQ=255) cTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCAACTGTTGCCGCATCACtat < 2:189921/141‑1 (MQ=255) gTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtattat > 1:63113/1‑141 (MQ=255) ttACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTAttt < 2:520899/141‑1 (MQ=255) ttACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTAttt < 2:596769/141‑1 (MQ=255) ttACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTAttt < 1:174225/141‑1 (MQ=255) tACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTg < 2:166862/141‑1 (MQ=255) aCTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTgg < 4:131008/141‑1 (MQ=255) aCTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTgg > 1:484197/1‑141 (MQ=255) aCTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTgg > 2:752918/1‑141 (MQ=255) cTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGgt < 4:231415/141‑1 (MQ=255) cTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGgt < 2:902443/141‑1 (MQ=255) aGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGgtgt > 2:40908/1‑141 (MQ=255) gTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGtgtt < 1:752918/141‑1 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1:389566/1‑141 (MQ=255) ttATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGaa > 1:551927/1‑141 (MQ=255) tATCTATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAg < 2:222800/141‑1 (MQ=255) tATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATTCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAg > 1:441591/1‑141 (MQ=255) aTCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGTTGTTGCTGTTGTTTCCCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGc < 2:546474/141‑1 (MQ=255) aTCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGc < 2:546177/141‑1 (MQ=255) tCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCg > 3:113896/1‑141 (MQ=255) tCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCg > 1:65470/1‑141 (MQ=255) ccATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGt > 3:150839/1‑141 (MQ=255) ccATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATGTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTTGGAGAAGCGt < 3:105267/141‑1 (MQ=255) cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCg > 1:432803/1‑131 (MQ=255) cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCg < 2:432803/131‑1 (MQ=255) cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTc > 3:11861/1‑141 (MQ=255) ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg > 4:245040/1‑141 (MQ=255) ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg < 3:395485/141‑1 (MQ=255) tCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCtt < 2:34349/141‑1 (MQ=255) ggACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTg < 2:536819/141‑1 (MQ=255) aCTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGcc > 1:234445/1‑141 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tgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTg < 1:446807/86‑1 (MQ=255) gATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTgtc < 1:352101/141‑1 (MQ=255) cTACACTATAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACATGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAg < 4:45904/141‑1 (MQ=255) tACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGa < 4:379442/141‑1 (MQ=255) tACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCGGTTGCCGCATCACTAGTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGGCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGa < 2:731767/141‑1 (MQ=255) acacTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGAt > 1:871743/1‑141 (MQ=255) 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tGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTGTGGTGTTGCAtt > 2:752038/1‑141 (MQ=255) tcatcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCa > 1:11451/1‑141 (MQ=255) catcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAt > 1:526968/1‑141 (MQ=255) catcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAt > 2:7012/1‑141 (MQ=255) atcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAtt < 2:469549/141‑1 (MQ=255) gTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGaa < 2:516269/141‑1 (MQ=255) gTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGaa < 1:916043/141‑1 (MQ=255) gTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGaa < 2:899642/141‑1 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAt < 1:285600/141‑1 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGCATGCTTCGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAt < 3:337625/141‑1 (MQ=255) gCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGa < 4:65420/92‑1 (MQ=255) gCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGa > 3:65420/1‑92 (MQ=255) cTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAg > 2:765766/1‑129 (MQ=255) cTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAg < 1:765766/129‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGc > 2:172623/1‑141 (MQ=255) gATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCt > 2:874060/1‑141 (MQ=255) gATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCt > 3:158249/1‑141 (MQ=255) aTGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGt < 2:94099/93‑1 (MQ=255) aTGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGt > 1:94099/1‑93 (MQ=255) gTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGtt < 1:370820/141‑1 (MQ=255) | TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTT > USA300TCH1516_ALE/2279568‑2279842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |