Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,372,946 | G→T | A277D (GCT→GAT) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,372,946 | 0 | G | T | 99.1% | 383.0 / NA | 111 | A277D (GCT→GAT) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (53/57); minor base C (1/0); total (54/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CACCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTAGCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAATA > USA300TCH1516_ALE/2372809‑2373083 | cacCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCaa > 3:30633/1‑141 (MQ=255) cacCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCaa > 2:134778/1‑141 (MQ=255) tGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGc < 1:497361/141‑1 (MQ=255) aaGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGcta > 2:685292/1‑141 (MQ=255) aaGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGcta > 2:685287/1‑141 (MQ=255) aaGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGcta < 4:220746/141‑1 (MQ=255) gTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGctact > 1:560875/1‑141 (MQ=255) ttGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGctacta > 1:188824/1‑141 (MQ=255) aTTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATg > 1:358989/1‑141 (MQ=255) ttCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTATAGAATGTGAGAAAAGTTCGCTGCCAGCGCTGGGGAATTTATTATCGTTCATAATACCTGCTTGAGTACCAACAGCGACTAATG‑t > 1:915780/1‑141 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1:561407/141‑1 (MQ=255) gaagTCGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTa < 4:322921/141‑1 (MQ=255) gttgttGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCa > 2:762294/1‑141 (MQ=255) tgttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCaaa > 3:79972/1‑141 (MQ=255) tgttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCaaa > 1:205445/1‑141 (MQ=255) tgttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCaaa < 4:395474/141‑1 (MQ=255) tttgtAGTTGGTCCAAAAACTGAGCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAg < 4:33879/140‑1 (MQ=255) gttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAg < 3:182739/141‑1 (MQ=255) gttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAg > 3:367732/1‑141 (MQ=255) ttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGa < 4:54885/141‑1 (MQ=255) tgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGaa > 1:341094/1‑141 (MQ=255) gtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc > 1:85192/1‑128 (MQ=255) gtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc < 2:85192/128‑1 (MQ=255) gtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGaaa < 2:189032/141‑1 (MQ=255) tAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAAt < 3:94896/141‑1 (MQ=255) ttgttCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCaa < 1:505696/141‑1 (MQ=255) gtatGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGaa > 2:192377/4‑141 (MQ=255) aCTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAAc > 1:520015/1‑141 (MQ=255) cTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCATCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACg < 1:420637/141‑1 (MQ=255) cTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACg > 1:821537/1‑141 (MQ=255) tGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGt < 4:30633/141‑1 (MQ=255) gATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTAGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGtt > 4:30830/1‑141 (MQ=255) tCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTaa > 2:262250/1‑141 (MQ=255) tCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTaa > 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4:296328/1‑141 (MQ=255) taataCCTGCTTGAGAATATCCATCTACTTATG‑TATCTGCTGTATCAATGAAACCAATATATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGCACTGTATCGTTAATAATTGACTTGAGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGa < 1:100201/141‑1 (MQ=255) taCCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACg > 2:883499/1‑141 (MQ=255) aCCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGt > 4:246302/1‑141 (MQ=255) ccTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGtt > 2:809541/1‑141 (MQ=255) cTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTT‑GGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTgg > 2:290595/1‑141 (MQ=255) tGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTgg > 4:73608/1‑141 (MQ=255) gCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGt > 2:481327/1‑141 (MQ=255) gCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGt < 1:158954/141‑1 (MQ=255) gCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTGCTAATGCAGCACCGAACGTTGGt > 2:37542/1‑141 (MQ=255) cTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGtt < 2:821537/141‑1 (MQ=255) ttGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAACCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTc < 1:398200/141‑1 (MQ=255) tGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCa > 2:193484/1‑141 (MQ=255) tGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCa < 2:500371/141‑1 (MQ=255) gAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCaa < 2:481784/141‑1 (MQ=255) aGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAAt > 3:284859/1‑141 (MQ=255) aGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAAt > 1:612283/1‑141 (MQ=255) gTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAATa < 1:206758/141‑1 (MQ=255) | CACCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTAGCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAATA > USA300TCH1516_ALE/2372809‑2373083 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |