| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,144,181 | 2 bp→TC | coding (462‑463/1254 nt) | USA300HOU_RS10940 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,144,181 | 0 | C | T | 96.0% | 43.9 / NA | 25 | D155N (GAT→AAT) | USA300HOU_RS10940 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (16/8); minor base A (1/0); total (17/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,144,182 | 0 | T | C | 96.0% | 44.7 / NA | 25 | P154P (CCA→CCG) | USA300HOU_RS10940 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (16/8); minor base A (1/0); total (17/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATCTGGATTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGTTTTGGT > USA300TCH1516_ALE/2144068‑2144315 || cgACGGGTTAGGATTTGGCTCATTAGGGCCTGGTTTTGGCTTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATAAGGATTTGGATTCGGGTTata > 2:774597/2‑140 (MQ=11) cgggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgg > 1:168999/8‑141 (MQ=14) cgggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGG‑TTTAGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgga < 4:161156/134‑1 (MQ=14) gggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgga > 3:86978/7‑141 (MQ=14) gggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgga < 2:546520/135‑1 (MQ=14) ttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTGTGGGTTATCGGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctggatct > 3:236664/4‑141 (MQ=11) aggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctggatctgg > 1:302086/2‑141 (MQ=14) ggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGt < 2:112535/141‑1 (MQ=14) ggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGt < 2:722002/141‑1 (MQ=14) tttGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTa < 1:146674/141‑1 (MQ=14) tttGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTa > 3:354086/1‑141 (MQ=14) ggCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGa > 1:110015/1‑141 (MQ=17) tt‑‑‑atta‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTGGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTc > 3:337314/1‑141 (MQ=14) t‑‑‑atca‑‑‑GGGCCTGGCTTTGGCTTCGGATTTGGCGTTGGTTTATCTGGATTCGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTCGGTTTATCTGGGGCTGGGTTTGGATCCGGTGTTGGTTGCGGGTTATCTGGACCTGGTTTTGGATTCg > 2:744337/1‑141 (MQ=9) atta‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCgg > 2:908325/1‑141 (MQ=17) ta‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGTATCTGGTTTAGGATTCGGAc < 3:42489/141‑1 (MQ=17) a‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACt > 1:530991/1‑141 (MQ=17) a‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACt < 1:430260/141‑1 (MQ=17) gggTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACtt < 2:588003/141‑1 (MQ=17) ggTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTg > 1:569769/1‑141 (MQ=17) tCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTggg > 1:27971/1‑141 (MQ=18) tGGTTTTGGATTCGTAATTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTAGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTAGGTCTGGTTTTTGATTCGGCTTTTGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTCGGACTCGGACCTTGGtt > 4:236006/1‑141 (MQ=17) gTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGtttt > 4:213359/1‑141 (MQ=17) tttGGATTCGGATTTGGCTATGGTTAATCGGGTGCGGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGTTTTgg > 2:233240/1‑141 (MQ=18) ttGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTGTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGTTTTGGt > 4:106235/1‑141 (MQ=18) || TGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATCTGGATTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCGGACTTGGGTTTTGGT > USA300TCH1516_ALE/2144068‑2144315 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |