| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 997 | 4541 (0.420) | 225 (0.020) | 43/138 | NT | 5.5% | intergenic (+9/+6) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1001 | 3874 (0.420) | intergenic (+13/+2) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 14113 total aligned reads displayed.
GAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGA > NC_012417/907‑1087 | gtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAgt > 2:4838434‑M1/81‑91 (MQ=255)gaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGT > 2:577456‑M1/1‑91 (MQ=255)gaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGT > 2:2101491‑M1/1‑91 (MQ=255)gaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGT < 1:6116306‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGATAAAACAACAGAAGAAAAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtg < 2:2960614/91‑1 (MQ=255) gATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGtt > 2:6556617/1‑91 (MQ=255) gATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGtt > 2:4080784/1‑91 (MQ=255) aaaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacac < 2:1316403‑M1/91‑7 (MQ=255) aaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGact < 2:4454189‑M2/91‑4 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta > 2:2829510‑M2/1‑87 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta > 1:3081659‑M2/1‑87 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta < 2:6442870‑M2/91‑5 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa > 2:4705018‑M2/1‑86 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa < 1:1708747‑M2/91‑6 (MQ=255) tttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 2:3464099‑M1/71‑91 (MQ=255) caacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaat < 1:5716377‑M2/91‑7 (MQ=255) ttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 1:5871988‑M1/70‑91 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg > 1:1366651‑M2/1‑84 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg < 2:1966040‑M2/91‑8 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 1:6866363‑M2/91‑9 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 1:4571883‑M2/91‑9 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt > 2:1205824‑M2/1‑83 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtc > 1:2821718‑M2/1‑82 (MQ=255) aCGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttt > 2:5109603/1‑91 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttt > 1:409926/1‑91 (MQ=255) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 1:3217363/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 1:4705007/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt < 1:1954175/91‑1 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 1:2445542/91‑1 (MQ=255) aGCACATTCAAATACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:5633035/91‑1 (MQ=255) gCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttttt > 2:324233/1‑91 (MQ=255) gCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttttt > 2:1675974/1‑91 (MQ=255) gCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttttt > 2:1423458/1‑91 (MQ=255) gCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttttt < 1:5980704/91‑1 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta < 2:3360981/91‑1 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta < 1:2599930/91‑1 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta < 1:837308/91‑1 (MQ=255) acaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtat < 2:3685619/91‑1 (MQ=255) acaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtat < 1:1257299/91‑1 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:4941457/1‑91 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:1838349/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAATTTATATaa < 2:1552934/91‑1 (MQ=255) ttCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaa < 2:4195722/91‑1 (MQ=255) ttCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaa > 1:2087264/1‑91 (MQ=255) tCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaaa > 2:3951308/1‑91 (MQ=255) tCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaaa > 2:899934/1‑91 (MQ=255) cAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaaaa < 2:2218367/91‑1 (MQ=255) aaTTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTAATATaaaaaa < 2:2460151/91‑1 (MQ=255) aTTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAG > 1:1478997‑M1/1‑91 (MQ=255) ccGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT > 1:3447142‑M1/1‑91 (MQ=255) cGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTG > 2:1087824‑M1/1‑91 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAGTTTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTCATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGT < 2:2594049‑M1/91‑1 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGT < 2:4608010‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC < 1:2211554‑M1/91‑1 (MQ=255) 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ttAGTcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:6622612‑M1/91‑87 (MQ=255) TTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTtgt > 1:4201815‑M1/1‑61 (MQ=255) aGTcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttt < 1:1116653‑M1/91‑89 (MQ=255) AGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAGTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa > 2:5260113‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAACAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAg < 1:5348290‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAg > 1:3843910‑M1/1‑91 (MQ=255) | GAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGA > NC_012417/907‑1087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |