| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | = 1992 | 3066 (0.290) | 252 (0.030) | 28/148 | NT | 9.4% | intergenic (+225/+101) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 2020 | 2008 (0.200) | intergenic (+253/+73) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 5884 total aligned reads displayed.
TCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAA > NC_012417/1902‑2082 | cATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑Gt > 1:2219257/1‑91 (MQ=255) cATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑Gt < 1:5947091/91‑1 (MQ=255) tGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCg < 2:2964031/91‑1 (MQ=255) tGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCg < 2:5100138/91‑1 (MQ=255) tGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCg > 1:6191762/1‑91 (MQ=255) gAAGATAATAAACAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGg > 2:4634499‑M2/1‑90 (MQ=255) 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tcttAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGc > 2:4373002/4‑91 (MQ=255) aaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGc > 2:6212951/1‑91 (MQ=255) aaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGc < 1:4319087/91‑1 (MQ=255) aaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGCt < 1:4555457/91‑1 (MQ=255) tAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGCTAt < 1:5568434/91‑1 (MQ=40) agatgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGCTAtt > 2:4998481/5‑91 (MQ=25) aGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGCTAtt > 2:1870976/1‑91 (MQ=40) aGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAAT‑GTCGGCATAGCGTGAGCTAtt > 1:6999238/1‑91 (MQ=40) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |