| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 92981 | 314 (0.880) | 22 (0.070) | 12/138 | NT | 6.8% | intergenic (‑66/‑71) | ricR_1/glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 92987 | 330 (1.070) | intergenic (‑72/‑65) | ricR_1/glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE | |||||
Only 100 of 537 total aligned reads displayed.
TAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAA > USA300TCH1516_ALE/92891‑93071 | tAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACC < 2:3350910‑M1/91‑1 (MQ=255) tCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCt > 2:4038173/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCt > 1:1493843/1‑91 (MQ=255) cATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTa > 2:1032525/1‑91 (MQ=255) cATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTa > 2:1452463/1‑91 (MQ=255) tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCtctagg < 1:199259‑M1/91‑7 (MQ=255) tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCtctagg < 1:2386751‑M1/91‑7 (MQ=255) tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCtctagg < 1:3491956‑M1/91‑7 (MQ=255) tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga < 1:6616651/91‑1 (MQ=255) ttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACTCAAATGTGTCAAATACCCCTAGAg > 1:6768737‑M2/1‑90 (MQ=255) tATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAggtatt > 2:6555218‑M2/1‑85 (MQ=255) tATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAggtatt > 2:5122798‑M2/1‑85 (MQ=255) tCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAggtatttg > 1:4934153‑M2/1‑83 (MQ=255) tCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAggtatttg < 1:4270865‑M2/91‑9 (MQ=255) cATGATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAggtatttga > 2:6151363‑M2/1‑82 (MQ=255) cATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAggtatttga < 2:2621582‑M2/91‑10 (MQ=255) cATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACAGAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtc < 2:4100202/91‑1 (MQ=255) aGTCATAGCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtccat < 1:5575847/91‑1 (MQ=255) aGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtccat > 2:1342223/1‑91 (MQ=255) gTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtccatc > 2:4841549/1‑91 (MQ=255) gTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtccatc > 2:2071475/1‑91 (MQ=255) tCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTTTTTGACAAGTtccatcc > 2:3935568/1‑91 (MQ=255) tCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtccatcc < 1:4339008/91‑1 (MQ=255) tCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtccatcc > 1:4568232/1‑91 (MQ=255) cATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTtccatcca > 1:3801493/1‑91 (MQ=255) aTACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCaa > 2:6915575/1‑91 (MQ=255) ccTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTg > 2:2450357/1‑91 (MQ=255) ccTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTg > 1:6998558/1‑91 (MQ=255) cTCGACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAACAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGt < 1:6494091/91‑1 (MQ=255) cTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGt < 1:5455527/91‑1 (MQ=255) tCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGtt < 2:4929986/91‑1 (MQ=255) tCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGtt < 1:3349699/91‑1 (MQ=255) ccACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGttt < 1:2045052/91‑1 (MQ=255) ccACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGttt > 2:1207882/1‑91 (MQ=255) ccACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGttt < 1:2329944/91‑1 (MQ=255) cACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTa > 1:22402/1‑91 (MQ=255) cTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTaaa < 2:1123144/91‑1 (MQ=255) tttAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAAt > 1:5754375/1‑91 (MQ=255) tttAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAAt > 1:3120192/1‑91 (MQ=255) tAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGtt < 2:5336979/83‑1 (MQ=255) tAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAc > 1:137425/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAcc > 1:4186046/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAcc > 2:2922494/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAcc < 2:5928500/91‑1 (MQ=255) ttGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAcccc > 2:6433276/1‑91 (MQ=255) tGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCt < 1:2621582/91‑1 (MQ=255) tGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCATAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCt > 2:1529057/1‑91 (MQ=255) gAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTa > 1:3558548/1‑91 (MQ=255) gAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTa > 2:4756336/1‑91 (MQ=255) tAAAAATATATTAATAGATAAGCACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAg < 2:1659709/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAgg < 1:3726825/91‑1 (MQ=255) aaaTATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTa > 1:1199695/1‑91 (MQ=255) aaaTATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTa > 1:5925889/1‑91 (MQ=255) aaTATATTAATAGATATACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCATCTGTTTAAAATACCCCTACAGGTAt < 2:6665621/91‑1 (MQ=255) aaTATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTAt > 1:4277829/1‑91 (MQ=255) aaTATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTAt > 1:6374391/1‑91 (MQ=255) atatatTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTAtt < 1:1011334/91‑1 (MQ=255) tatatTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTAttt > 1:1829352/1‑91 (MQ=255) atatTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTAtttt > 1:613582/1‑91 (MQ=255) tatTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTAttttt < 2:742594/91‑1 (MQ=255) ttAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAg > 2:3540146/1‑91 (MQ=255) ttAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAg > 2:1856953/1‑91 (MQ=255) tAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAgg < 1:1415865/91‑1 (MQ=255) tAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAgg < 2:629818/91‑1 (MQ=255) tAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAg < 2:5875956/91‑1 (MQ=255) aTAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGtt < 2:3725776/91‑1 (MQ=255) aTAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGtt < 1:2565030/91‑1 (MQ=255) tAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGtta > 1:5096656/1‑91 (MQ=255) aaaCACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGttat > 1:2889727/1‑91 (MQ=255) acacAAATGTGTCAAATACCcctagaggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgac < 1:916352‑M1/91‑72 (MQ=255) cacaAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCGTCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTtattat > 2:5581486/1‑91 (MQ=255) caAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACGAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGa > 1:6943261/1‑91 (MQ=255) aTGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAAc > 2:2811054/1‑91 (MQ=255) tgtgTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACa < 1:2450357/91‑1 (MQ=255) tgtCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAAt > 2:4631510/1‑91 (MQ=255) gtCAAATACCtctaggggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattat < 1:4859860‑M1/91‑82 (MQ=255) gtCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATa < 2:3629659/91‑1 (MQ=255) tCAAATACCtctaggggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatg < 1:1935625‑M1/91‑83 (MQ=255) tCAAATACCtctaggggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatg > 1:5880043‑M1/1‑9 (MQ=255) tCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATAc > 1:3930507/1‑91 (MQ=255) tCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATAc < 2:5461671/91‑1 (MQ=255) cAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACg < 1:1586535/91‑1 (MQ=255) cAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACg < 2:2289470/91‑1 (MQ=255) aaaatACCtctaggggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatga < 2:2755092‑M1/90‑84 (MQ=255) aaaatACAtttaggtgtattggagacttttgtgtttatgtattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatga < 2:321611‑M1/90‑84 (MQ=255) aaaTACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACgg > 2:816563/1‑91 (MQ=255) aaaTACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACgg > 1:4761391/1‑91 (MQ=255) aaaTACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACgg < 2:2350053/91‑1 (MQ=255) aTACCtctaggggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatgataa < 1:5173196‑M1/91‑87 (MQ=255) aTACCcctagaggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatgataa > 2:4997704‑M1/1‑5 (MQ=255) aTACCcctagaggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatgataa > 2:4554139‑M1/1‑5 (MQ=255) aTACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGgag < 2:4403754/91‑1 (MQ=255) tACCcctagaggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatgataaa > 1:2717120‑M1/1‑4 (MQ=255) tACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGACACAATACGgaga > 2:4449432/1‑91 (MQ=255) aCCTCTAGGGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGaa > 1:2976841/1‑91 (MQ=255) aCCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGaa > 2:6253846/1‑91 (MQ=255) aCCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGaa < 1:4106544/91‑1 (MQ=255) ccccTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGaaa < 2:6023017/91‑1 (MQ=255) ccccTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGaaa < 1:3643041/91‑1 (MQ=255) cccTAGAggtatttgacacatttgtgtttatctattaatatatttttattcaattaaaagtggaggtatgactatgaattatgataaaaaa < 1:6857756‑M2/91‑85 (MQ=255) | TAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAA > USA300TCH1516_ALE/92891‑93071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |