| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512969 = | NA (NA) | 19 (0.060) | 11/142 | NT | NA | intergenic (+1037/‑5726) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 512991 = | NA (NA) | intergenic (+1059/‑5704) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
ATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGC > USA300TCH1516_ALE/512879‑513040 | tGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATAtt > 1:3655356/1‑91 (MQ=34) tGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATAtt > 2:5424798/1‑91 (MQ=34) tAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTg > 1:745609/1‑91 (MQ=33) gcggcgGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGaa < 1:1618790/91‑1 (MQ=34) gcggcgGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGaa > 2:4771824/1‑91 (MQ=34) cggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAAc < 1:1906673/91‑1 (MQ=34) cggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAAc > 2:5041796/1‑91 (MQ=34) ggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAAcc > 2:2313505/1‑91 (MQ=34) ggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAAcc > 2:2582181/1‑91 (MQ=34) ggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAAcc < 2:2792776/91‑1 (MQ=33) gcggACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCg < 1:5393733/91‑1 (MQ=255) gcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGaaatg < 2:1362820/91‑4 (MQ=21) gcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCg < 1:3132214/91‑1 (MQ=34) ggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAAccatg < 1:4830369/91‑4 (MQ=21) ggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCa > 2:4574581/1‑91 (MQ=34) 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gTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTc < 1:2154569/91‑1 (MQ=34) tGAGTAACACGTGGATAATCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAAc > 2:2063448/1‑80 (MQ=255) ggAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCa < 2:1537609/90‑1 (MQ=18) aGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCaaa > 1:4565957/1‑91 (MQ=34) gTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCaaaa > 2:3325613/1‑91 (MQ=34) tAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAg < 1:6089010/91‑1 (MQ=34) tAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAg < 2:677950/91‑1 (MQ=33) acacGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTg > 1:3935019/1‑91 (MQ=34) acGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGaa < 1:1152434/91‑1 (MQ=34) acGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGaa > 2:4123803/1‑91 (MQ=34) acGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGaa > 1:2119936/1‑91 (MQ=34) gTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAg > 2:5142114/1‑91 (MQ=34) tGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGa > 2:302583/1‑91 (MQ=34) ggATAACCTACGTATAAGACTGGGATAACGTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGAc < 2:3578579/91‑1 (MQ=16) ggATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGAc < 2:3454888/91‑1 (MQ=34) gATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACg < 1:6990113/91‑1 (MQ=34) 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ctacctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTg < 2:3732254/91‑1 (MQ=33) ctacctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTg > 1:2967313/1‑91 (MQ=34) tacctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGc < 1:948525/91‑1 (MQ=34) tacctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGc < 1:5154797/91‑1 (MQ=34) acctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCt < 1:6640270/91‑1 (MQ=34) acctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCt < 1:6275249/91‑1 (MQ=34) acctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCt > 1:1942397/1‑91 (MQ=34) acctaTAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCt > 1:4225289/1‑91 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |