New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 556088 = | 389 (1.090) | 82 (0.240) +TA |
15/156 | NT | 17.8% | intergenic (+556/‑129) | lysS/USA300TCH1516_00497 | Lysine‑‑tRNA ligase/tRNA‑Val |
? | USA300TCH1516_ALE | 561925 = | NA (NA) | intergenic (+3138/+664) | USA300TCH1516_00505/gabR | tRNA‑Ile/HTH‑type transcriptional regulatory protein GabR |
Only 100 of 654 total aligned reads displayed.
AAAGCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACG > USA300TCH1516_ALE/555998‑556177 | aaaGCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTAtttt < 1:6928154/91‑1 (MQ=255) gCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTc < 1:28267/91‑1 (MQ=255) gCTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTc > 1:79057/1‑91 (MQ=255) cTGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCt < 2:3043808/91‑1 (MQ=255) tGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTg < 1:5296307/91‑1 (MQ=255) tGATGTGACAAAGTTTACATCAAAGTGTAAAATTAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTg < 2:1984022/91‑1 (MQ=255) 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tAACTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCa < 1:3271660/91‑1 (MQ=255) aCTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATg < 1:1624487/91‑1 (MQ=255) aCTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATg > 2:5691569/1‑91 (MQ=255) aCTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGGTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATg > 2:6793630/1‑91 (MQ=255) cTATTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGc > 2:538731/1‑91 (MQ=255) aTTGCACCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCg < 1:6077833/91‑1 (MQ=255) aCCTTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAacac < 2:3779879/91‑1 (MQ=255) aCCGTATTAATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAacac < 1:6503708/91‑1 (MQ=255) ttattaATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGa < 1:2516610/91‑1 (MQ=255) tattaATTAAGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAg < 1:5607765/89‑1 (MQ=255) aattaaGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTa > 2:579979/1‑91 (MQ=255) aaGCGTGTATCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCt < 1:4451140/91‑1 (MQ=255) aTCATGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCg < 1:1381489/91‑1 (MQ=255) atgtaatttatacattcataTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTc < 2:1155409‑M1/71‑1 (MQ=255) tgtaatttatacattcataTGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCg < 2:5153627‑M1/72‑1 (MQ=255) tGAATAAGTAAGTTATTTTGTCTGGTGACTAAAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGa > 1:6817442/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |