| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 885377 = | 265 (0.740) | 12 (0.040) | 8/134 | NT | 5.3% | intergenic (+6/+67) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 885422 = | 211 (0.710) | intergenic (+51/+22) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
Only 100 of 445 total aligned reads displayed.
TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTT > USA300TCH1516_ALE/885287‑885467 | tatcaagcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaa > 1:2473533‑M1/91‑91 (MQ=255)taataTCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATA < 1:6081781‑M1/91‑1 (MQ=255) atcaagcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaaa < 2:1587550‑M1/2‑1 (MQ=255) atatCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA > 1:949509‑M1/1‑91 (MQ=255) agcataatagttattactgttgctctgatcatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagtcgtattttaAAAGCg < 1:6417741‑M1/6‑1 (MQ=255) gcatagtaattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttaatcaattattattctaaagcgttatgtagtagtattttaAAAGCGt < 2:6854194‑M1/7‑1 (MQ=255) gcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGt > 1:2151541‑M1/85‑91 (MQ=255) gcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGt > 2:3122545‑M1/85‑91 (MQ=255) cGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT < 2:809737‑M1/91‑1 (MQ=255) cGGTAATTGTAATATCCTGAAATGTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT < 2:5587909‑M1/91‑1 (MQ=255) cataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGtt > 2:2962355‑M1/84‑91 (MQ=255) gTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTA < 2:3216359‑M1/91‑1 (MQ=255) ataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTta > 1:4623412‑M1/83‑91 (MQ=255) ataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATAc < 2:1625011‑M1/12‑1 (MQ=255) ataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATAc > 2:5699990‑M1/80‑91 (MQ=255) ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 1:2302105‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 2:5510447‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 2:3836647‑M1/1‑91 (MQ=255) taattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACa > 1:733517‑M1/79‑91 (MQ=255) gtgTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 1:4851142‑M1/90‑1 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCTAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa < 2:5137208/91‑1 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa < 2:6731503/91‑1 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa < 1:3748435/91‑1 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa < 2:4727182/91‑1 (MQ=255) aaTATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGa < 2:5943054/91‑1 (MQ=255) atatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGac > 2:5287502/1‑91 (MQ=255) atatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGac < 2:5976307/91‑1 (MQ=255) tatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGaca < 2:2801668/91‑1 (MQ=255) atCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGacac < 1:3210709/91‑1 (MQ=255) tCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGAcaca < 1:1593724/91‑1 (MQ=255) cTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAg < 1:6239371/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 2:3472696/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 1:4033519/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 2:2097290/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 1:2676085/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 1:2723332/91‑1 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa < 1:5879999/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt < 2:2369414/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt < 1:408120/91‑1 (MQ=255) aaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATg < 2:4576338/91‑1 (MQ=255) aTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGt > 1:6854194/1‑91 (MQ=255) ctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCt > 1:1883136‑M1/62‑91 (MQ=255) tGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtt > 1:3043644/1‑91 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCttt < 2:4529723/91‑1 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCttt > 1:6466661/1‑91 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCt < 1:4178712/89‑1 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCt > 2:4178712/1‑89 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 2:622436‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 1:3520380‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 2:1192536‑M2/91‑2 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatg < 2:5174971‑M1/91‑22 (MQ=255) atGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgta > 1:362606‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAAGTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacg > 2:2276596‑M2/1‑82 (MQ=255) aTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgc > 1:6632509‑M2/1‑81 (MQ=255) gAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgcttt > 1:3886446‑M2/1‑78 (MQ=255) gAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgcttt > 2:866055‑M2/1‑78 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:3110009/91‑1 (MQ=255) aCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTa > 1:576510/1‑91 (MQ=255) aTTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaa > 2:2476030/1‑91 (MQ=255) ttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAAt < 2:3705310/91‑1 (MQ=255) tAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATa < 2:3312216/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACa > 2:4419300/1‑91 (MQ=255) aaTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACa < 2:2672946/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACaa > 1:1414048/1‑91 (MQ=255) tttGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAAc > 1:515773/1‑91 (MQ=255) tttGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAAc > 2:4080015/1‑91 (MQ=255) tttGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAAc > 1:1001001/1‑91 (MQ=255) tgttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTa < 2:768409/91‑1 (MQ=255) tgttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTa > 2:3925230/1‑91 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc > 1:4744695/1‑91 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc < 1:4258411/91‑1 (MQ=255) ttttgTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTATAATACAACTACa > 2:5323113/5‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 1:5227224/1‑91 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt < 1:1084945/91‑1 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt < 1:2864909/91‑1 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATa > 1:4926187/1‑91 (MQ=255) aGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATaa < 2:6573082/91‑1 (MQ=255) tAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGc < 1:6765716/91‑1 (MQ=255) tAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGc < 2:1355440/91‑1 (MQ=255) aaTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCt > 2:1287836/1‑91 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt > 1:5982638/1‑91 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt < 1:5639135/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATATCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 2:6739142/91‑1 (MQ=255) cAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaata < 2:1888677/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataa < 2:576384/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataa > 2:6304741/1‑91 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat > 2:6116766/1‑91 (MQ=255) tataATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAAtt > 2:5108183/1‑91 (MQ=255) ataataTATATAGCGTTATACATAGACACATGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTTGAATAATAATTg > 2:4935306/1‑91 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg > 1:5046944/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGATTAATAATTGa > 1:2353733/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 2:1022047/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 2:6418803/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 2:21944/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:1351342/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACTAGTATGTTTTTTGTATAACGCTTTTTAATTACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 2:4394695/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 1:3324680/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt < 1:2062387/91‑1 (MQ=255) taaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtt > 2:2728715/1‑91 (MQ=255) aaaGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttc > 1:1218222‑M1/1‑13 (MQ=255) | TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTT > USA300TCH1516_ALE/885287‑885467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |