| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1993 = | NA (NA) | 128 (0.010) | 18/148 | NT | 5.8% | intergenic (+226/+100) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2021 = | 2260 (0.210) | intergenic (+254/+72) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 4580 total aligned reads displayed.
ATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTA > NC_012417/1931‑2111 | ttccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggctttatagctcacgctatgccgac < 1:6380435‑M2/1‑1 (MQ=255)ttccaatcgctttattgacgttgagcctcggaacccttcacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgac > 1:6727248‑M2/91‑91 (MQ=255) tccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCa < 2:6532467‑M2/2‑1 (MQ=255) ccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAt < 1:4814254‑M2/3‑1 (MQ=255) ccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAt > 2:2356521‑M2/89‑91 (MQ=255) ccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAt > 1:3257550‑M2/89‑91 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt > 1:1006336‑M2/88‑91 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 1:492389‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 2:3024512‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 2:586639‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 1:2816966‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacgtgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 2:2250418‑M2/4‑1 (MQ=255) aattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTc < 1:3378852‑M2/5‑1 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 2:5751917‑M2/86‑91 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 1:6266409‑M2/86‑91 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 2:666929‑M2/86‑91 (MQ=255) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 1:206599/91‑1 (MQ=33) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 2:1198808/91‑1 (MQ=34) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 2:2128255/91‑1 (MQ=34) ccGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGGGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 2:5341483‑M2/1‑90 (MQ=255) ccGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 1:1638745‑M2/1‑90 (MQ=255) ccGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac < 1:4688703‑M2/91‑2 (MQ=255) ccGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac < 1:828209‑M2/91‑2 (MQ=255) cGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Aca > 1:2332178‑M2/1‑89 (MQ=255) cGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Aca > 2:3535271‑M2/1‑89 (MQ=255) cGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Aca > 1:2459041‑M2/1‑89 (MQ=255) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Acaa < 2:1074983‑M2/91‑4 (MQ=255) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Acaa < 2:1842486‑M2/91‑4 (MQ=255) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATGCG‑‑‑Acaa < 2:6416110‑M2/91‑4 (MQ=255) agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Acaag > 2:6285159‑M2/1‑87 (MQ=255) gaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Acaagt > 1:4191197‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Acaagttt > 1:2585160‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Acaagttt < 1:5166405‑M2/91‑8 (MQ=255) tttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Acaagtt > 1:1241289‑M2/1‑81 (MQ=255) tgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCGTCTG‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa > 2:3962985‑M2/38‑91 (MQ=255) tcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCG‑‑‑TCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg > 2:1359143‑M2/36‑91 (MQ=255) aTAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaata < 1:4283471/91‑1 (MQ=32) tAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAg < 1:400081/91‑1 (MQ=33) aGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGt > 2:6153452/1‑91 (MQ=34) aGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGt > 1:3489870/1‑91 (MQ=34) gCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTa > 2:3657964/1‑91 (MQ=35) gCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTa < 1:6867770/91‑1 (MQ=35) gCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCGCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTa > 1:3711772/1‑91 (MQ=25) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAt > 2:6936135/1‑91 (MQ=37) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAt > 1:4097548/1‑91 (MQ=37) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAt < 2:4542669/91‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |