| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,435,073 | G→A | 5.3% | G144S (GGT→AGT) ‡ | dapH → | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,435,073 | 0 | G | A | 5.3% | 829.9 / 6.7 | 269 | G144S (GGT→AGT) ‡ | dapH | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/169); new base A (16/2); total (98/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTAT > USA300TCH1516_ALE/1434984‑1435163 | tgatgGGCGCAAAAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAGGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTgg < 2:6280235/91‑1 (MQ=255) gatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGt < 1:1555099/91‑1 (MQ=255) gatgGGCGAAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGt < 2:2039089/91‑1 (MQ=255) gggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaa < 2:4992812/91‑1 (MQ=255) gggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTAGTaaa < 1:6643/91‑1 (MQ=255) gcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTACAACTGGTAAAAATg > 2:2334034/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |