| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 99,276 | G→C | 6.9% | intergenic (+70/+2) | USA300HOU_RS00465 → / ← tetA_1 | hypothetical protein/Tetracycline resistance protein, class C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 99,276 | 0 | G | C | 6.9% | 1559.3 / 87.2 | 433 | intergenic (+70/+2) | USA300HOU_RS00465/tetA_1 | hypothetical protein/Tetracycline resistance protein, class C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (196/206); new base C (14/16); total (210/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 450 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |