BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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      ttCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGt                                                                                                                                        <  1:364644/141‑1 (MQ=255)

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                        acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAACAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                      <  1:825725‑M1/25‑3 (MQ=255)

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                                                        tcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aa                                                                                     <  1:607522‑M1/57‑1 (MQ=255)

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                                                                                                   aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                          >  4:290992/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                       atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaaagttaaaaaaaa                                      >  4:100341‑M1/38‑135 (MQ=255)

                                                                                                       atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                      >  2:1007204‑M1/38‑141 (MQ=255)

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                                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                            <  1:446056‑M1/114‑1 (MQ=255)

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                                                                                                                     aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                        >  2:245218/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       aaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg                      >  1:73735‑M1/22‑141 (MQ=255)

                                                                                                                          cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                   >  1:676236/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                                              cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa               <  1:704840/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa               <  4:309850‑M1/127‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                     aagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAAAGAAAATAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt        >  2:154701‑M1/8‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      atataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATATAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTAAAATACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt       >  2:531705‑M1/7‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTGTAGTTAATTCTTGGCAGTAAG‑AAGGATGAACGTTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAGCGTAACTATAAGTTACAAATAGTAttt       >  2:712806‑M1/7‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt       >  4:371556‑M1/7‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                       gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa      <  3:332199‑M1/136‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                        ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg     <  1:714568/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                        ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGATAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg     <  1:933189/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                         tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACATTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt    >  2:115824/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                           aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt  <  3:143101‑M1/140‑1 (MQ=255)

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.