| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 62771 = | 31 (0.250) | 9 (0.080) | 5/240 | NT | 34.1% | intergenic (‑238/+275) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62827 = | 6 (0.050) | intergenic (‑294/+219) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTACAGACAT > USA300TCH1516_ALE/62693‑62964 | aaaacaacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaacaataaattgcgcggatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTttgtt < 1:759564‑M2/10‑1 (MQ=255)aaaacaacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTttgtt < 4:243138‑M2/10‑1 (MQ=255) caacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTGTTGTTGaaa < 1:954192‑M2/14‑1 (MQ=255) cgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTa > 1:311713‑M2/125‑141 (MQ=255) gcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAATTTaa > 3:93239‑M2/124‑141 (MQ=255) gcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTaa > 2:1007824‑M2/124‑141 (MQ=255) gcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTaa < 1:298944‑M2/18‑1 (MQ=255) aaacaaggcttactacacaaactgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAata > 2:1086892‑M2/122‑141 (MQ=255) caaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATaa < 1:479330‑M2/23‑1 (MQ=255) caaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATaa < 1:943945‑M2/23‑1 (MQ=255) caaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATaa < 2:689766‑M2/23‑1 (MQ=255) aaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAg < 1:549211‑M2/24‑1 (MQ=255) aggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGc < 1:691745‑M2/25‑1 (MQ=255) ggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCt < 4:60095‑M2/26‑1 (MQ=255) gcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCtt > 1:111370‑M2/115‑141 (MQ=255) ttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCa > 4:261813‑M2/113‑141 (MQ=255) ttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATATTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCa > 2:923767‑M2/113‑141 (MQ=255) ttactacaaaaaatgtttgtgtaatgctgataacgtcctattatgttaattgaaaataggcgaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCa > 3:237601‑M2/113‑141 (MQ=255) tactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCAt > 4:79214‑M2/112‑141 (MQ=255) tactacaaaaaatgtttgtgtaatcctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCAt > 1:252302‑M2/112‑141 (MQ=255) caaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTga < 1:3337‑M2/35‑1 (MQ=255) caaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTga > 2:721439‑M2/107‑141 (MQ=255) aaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgataga < 3:246860‑M2/39‑1 (MQ=255) aaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgataga > 4:337352‑M2/103‑141 (MQ=255) tgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGatagatag < 2:264438‑M2/42‑1 (MQ=255) gtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGt > 2:934178‑M2/99‑141 (MQ=255) ttgtgtanttctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa < 2:811464‑M2/45‑1 (MQ=255) ttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaataggcaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa > 1:792731‑M2/97‑141 (MQ=255) ttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa > 2:829930‑M2/97‑141 (MQ=255) ttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa < 1:850334‑M2/45‑1 (MQ=255) ttgaggaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa < 4:265502‑M2/45‑1 (MQ=255) gtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCAtt > 1:1070241‑M2/95‑141 (MQ=255) taatgactatctatcagaatgaagcttatattaatttcaACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaa > 3:132107‑M1/40‑141 (MQ=255) gtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaa < 2:764665‑M2/49‑1 (MQ=255) taattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaat < 4:149025‑M2/50‑1 (MQ=255) taattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaat < 3:420442‑M2/50‑1 (MQ=255) tAATTATTATAACGTCCTATTATTTTAATTAAAAATAGACAAAAATAAATTGAGTGCATCCCTTACTGCAAAGTGAAGGATGCTCTGAATTT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATTTAAGCTTCATTCTGATAGATATTCATtaat < 4:299166/141‑1 (MQ=255) ttaatgactatctatcagaatgaagcttatattaatttcaacaaaaataaattgagagcatccttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATta > 3:132107‑M2/103‑141 (MQ=255) tgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGt < 2:736653‑M2/56‑1 (MQ=255) ataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGttt < 1:222013‑M2/58‑1 (MQ=255) gtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCaaa < 1:839945‑M2/63‑1 (MQ=255) cctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATc > 2:591443‑M2/77‑141 (MQ=255) atgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagatcatcccttaccgcaaagttaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGttatt < 2:261911‑M2/71‑1 (MQ=255) tgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGttatta > 1:320167‑M2/70‑141 (MQ=255) gttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTaa > 4:360101‑M2/69‑141 (MQ=255) taattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGt < 2:444535‑M2/75‑1 (MQ=255) aattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTa > 2:1034240‑M2/66‑141 (MQ=255) tgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCg > 3:206297‑M2/63‑141 (MQ=255) gaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCgt < 2:1011213‑M2/80‑1 (MQ=255) gaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCgt < 2:474107‑M2/80‑1 (MQ=255) aaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCgtt > 1:668338‑M2/61‑141 (MQ=255) aaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCgttg > 1:236933‑M2/60‑141 (MQ=255) aatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCgttgt > 2:953816‑M2/59‑141 (MQ=255) tagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTa > 4:295542‑M2/57‑141 (MQ=255) CAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGtcatc > 1:684011‑M1/1‑141 (MQ=255) aaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCg < 4:245794‑M2/90‑1 (MQ=255) aaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGtcatca > 1:356240‑M2/46‑141 (MQ=255) agcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATaaa < 3:161396‑M2/104‑1 (MQ=255) gCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTTTTTATAAGATTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGTGTTATCATTCATAAATTCCTct > 2:113003/1‑140 (MQ=255) atcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATc > 1:100233‑M2/35‑141 (MQ=255) tcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTCATATTCGTTCGAAAGTAGTTCTTATGTAACGTTGTTACAGAGTCATCATTCATAAAATcc > 1:643815‑M2/34‑141 (MQ=255) ttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGt < 2:577327‑M2/112‑1 (MQ=255) taccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTa > 1:1068794‑M2/29‑141 (MQ=255) tACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAtttt < 3:326798/141‑1 (MQ=255) tccttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATcc > 1:181751‑M2/43‑141 (MQ=255) ccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTTTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGa > 2:405602‑M2/27‑141 (MQ=255) ccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGa > 3:898‑M2/27‑141 (MQ=255) ccgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGa < 2:221445‑M2/115‑1 (MQ=255) cttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttttTTTTATTTATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTc > 2:499008‑M2/41‑141 (MQ=255) cttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTc > 2:756476‑M2/41‑141 (MQ=255) cttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTc > 1:222210‑M2/41‑141 (MQ=255) cttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTc > 2:667013‑M2/41‑141 (MQ=255) cttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTc > 2:667084‑M2/41‑141 (MQ=255) cgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAt < 4:347574‑M2/116‑1 (MQ=255) cgcaaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAt < 1:607293‑M2/116‑1 (MQ=255) ttcactttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACGGCGTCATCATTCATAAAATCCTCg > 1:796004‑M2/40‑141 (MQ=255) caaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAttt < 3:423583‑M2/118‑1 (MQ=255) aaaagtaaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAttt < 2:727681‑M2/118‑1 (MQ=255) aaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAtttt < 4:61258‑M2/119‑1 (MQ=255) aaagtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAtttt < 2:854267‑M2/119‑1 (MQ=255) agtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTAt > 2:464933‑M2/21‑141 (MQ=255) agtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTAt > 2:821536‑M2/21‑141 (MQ=255) tttgcggtaagggatgctctcaatttatttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGAt > 3:196131‑M2/35‑141 (MQ=255) gtgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATc < 2:1070241‑M2/122‑1 (MQ=255) tgaaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCa > 2:616773‑M2/19‑141 (MQ=255) tGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAAtt < 1:913613/141‑1 (MQ=255) aaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAg < 3:394568‑M2/125‑1 (MQ=255) aaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAg > 1:804945‑M2/17‑141 (MQ=255) aaggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAg > 1:889650‑M2/17‑141 (MQ=255) ggatgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGaa > 3:387799‑M2/15‑141 (MQ=255) atgctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAAtt < 3:181528‑M2/129‑1 (MQ=255) aTGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTcc < 1:174091/141‑1 (MQ=255) ctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATACTCGTAGATTTTATCAAGAATTTAt > 2:255220‑M2/10‑141 (MQ=255) ctctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACACCGTCATCATTCATAAAATTCTCGTAGTTTTTATCAAGAATTTAt < 4:242658‑M2/132‑1 (MQ=255) tctcaattT‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTAtt < 2:79500‑M2/133‑1 (MQ=255) atttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTACa < 3:295542‑M2/133‑1 (MQ=255) atttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTACa < 2:320167‑M2/133‑1 (MQ=255) tttttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTACAg < 2:638064‑M2/134‑1 (MQ=255) tttgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTAATCTGAACCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTACAGAc < 1:1062794‑M2/136‑1 (MQ=255) tgtTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTACAGACAt < 1:338474‑M2/138‑1 (MQ=255) | AAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑ATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTACAGACAT > USA300TCH1516_ALE/62693‑62964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |