New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 399706 | 108 (0.950) | intergenic (+14/+78) | efeU/tatC2 | Ferrous iron permease EfeU/Sec‑independent protein translocase protein TatCy |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACTCAAA > USA300TCH1516_ALE/399566‑399843 | aaGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGt < 1:802526/141‑1 (MQ=255) gACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgc > 1:651563‑M2/1‑139 (MQ=255) tGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgcctgt > 1:357884‑M2/1‑135 (MQ=255) tGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgcctgt > 1:136897‑M2/1‑135 (MQ=255) 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ccAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAACACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTatat < 1:563721/141‑1 (MQ=255) cAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCTTGTTTTTTTGTTGCTATAtt < 1:233652/141‑1 (MQ=255) aaCGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGCACTCGcctgttttttattttttaaattt > 3:21565‑M2/1‑118 (MQ=255) cGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGa < 4:52214/141‑1 (MQ=255) gATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGaa > 3:344918/1‑141 (MQ=255) ttAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAat < 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aCAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGa < 2:913476/141‑1 (MQ=255) cAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATCATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGaa < 2:573923/141‑1 (MQ=255) cAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGaa < 2:516531/141‑1 (MQ=255) ggC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACt > 3:250333/1‑141 (MQ=255) c‑cGAGTgcctgttttttattttttaaatttaaagattaagatagcaactaccataatataagcaccttgtgctatcaatggttcataacttggataaaagcccaaccagttaatcgttgggaatccttcaataacatgtct < 2:778854‑M2/141‑136 (MQ=255) cGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACTCaa > 2:805121/1‑141 (MQ=255) gAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACTCaaa < 1:583460/141‑1 (MQ=255) gAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACTCaaa < 1:387343/141‑1 (MQ=255) | AAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACTCAAA > USA300TCH1516_ALE/399566‑399843 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |