| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 514644 = | NA (NA) | 11 (0.090) +TGG |
3/252 | NT | 79.0% | intergenic (+2712/‑4051) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 558945 = | 3 (0.020) | intergenic (+158/+3644) | USA300TCH1516_00505/gabR | tRNA‑Ile/HTH‑type transcriptional regulatory protein GabR | |||||
AATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACACTCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCA > USA300TCH1516_ALE/558822‑559084 | aagataGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACACTCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGt < 1:22158/138‑1 (MQ=1) ccaaGTGAAAAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTTTTCGAAAGAACACTCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGTATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGc < 2:265021/138‑1 (MQ=0) aagaatCGCTATTTTTCTAAAGAACGCTCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGTATGCCGTGGCACGAGAAGGCGATGATGGACGTGACGTACCACGata < 4:65129/138‑1 (MQ=1) ttttataagtcaaacgttaacatgaagttacgttcttttataaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTggg > 2:815010‑M2/50‑141 (MQ=255) gtcaaacgttaacatgaagttacgttcttttataaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTgta < 2:401977‑M2/100‑1 (MQ=255) aacgttaacatgaagttacgttcttttataaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTgtaagta > 2:516067‑M2/38‑141 (MQ=255) ttataaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAAt < 2:518179‑M2/129‑1 (MQ=255) ttataaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAAt < 1:912248‑M2/129‑1 (MQ=255) ataaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATgg > 2:502307‑M2/11‑141 (MQ=255) ataaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATgg > 2:431136‑M2/11‑141 (MQ=255) taaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCCGAGATTTCCGAATggg < 2:495832‑M2/132‑1 (MQ=255) taaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATggg > 1:725288‑M2/10‑141 (MQ=255) taaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATggg > 2:450030‑M2/10‑141 (MQ=255) taaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATggg > 1:231143‑M2/10‑141 (MQ=255) aaaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATgggg > 1:1076289‑M2/9‑141 (MQ=255) aaaaatggTGGAAACATAGATTAAGATATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATgggg < 4:201039‑M2/133‑1 (MQ=255) aaaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGa < 2:763664‑M2/134‑1 (MQ=255) aaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGaa < 1:693799‑M2/135‑1 (MQ=255) aaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGaa > 2:448569‑M2/7‑141 (MQ=255) aaatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGaa < 1:93919‑M2/135‑1 (MQ=255) aatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGaaa > 4:228579‑M2/6‑141 (MQ=255) aatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGaaa > 1:816357‑M2/6‑141 (MQ=255) aatggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGaaa > 2:685738‑M2/6‑141 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGAt < 2:344660‑M2/60‑1 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGAt > 1:344660‑M2/5‑64 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGggaacc > 2:168039‑M2/5‑139 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAc < 1:1086079‑M2/137‑1 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAc < 3:359458‑M2/137‑1 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAc < 2:804749‑M2/137‑1 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAc > 2:795685‑M2/5‑141 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAc < 1:961878‑M2/137‑1 (MQ=255) atggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAc < 1:962039‑M2/137‑1 (MQ=255) tggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAcc < 1:781589‑M2/138‑1 (MQ=255) tggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAcc > 3:294182‑M2/4‑141 (MQ=255) tggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAcc > 2:16287‑M2/4‑141 (MQ=255) ggTGGAAACATAGATTAAGTTTTTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAccc < 1:226573‑M2/139‑1 (MQ=255) ggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAccc < 2:764668‑M2/139‑1 (MQ=255) ggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAccc < 2:764792‑M2/139‑1 (MQ=255) ggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAccc < 1:799600‑M2/139‑1 (MQ=255) ggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAccc > 3:187171‑M2/3‑141 (MQ=255) ggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAccc > 1:985440‑M2/3‑141 (MQ=255) ggTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAccc > 2:302613‑M2/3‑141 (MQ=255) gTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCa > 3:263941‑M2/2‑141 (MQ=255) | AATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACACTCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCA > USA300TCH1516_ALE/558822‑559084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |