| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,190,794 | A→G | 6.9% | A167A (GCA→GCG) | mraY → | Phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,190,794 | 0 | A | G | 6.9% | 292.7 / 7.6 | 98 | A167A (GCA→GCG) | mraY | Phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/57); new base G (4/3); total (38/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TATTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGG > USA300TCH1516_ALE/1190655‑1190934 | tatTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAg < 1:252126/141‑1 (MQ=255) atTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGt < 2:499246/141‑1 (MQ=255) ttCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTa < 4:353870/141‑1 (MQ=255) cTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTaaa > 1:611715/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACt < 1:519265/141‑1 (MQ=255) ttgtaGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACttt > 2:580893/5‑141 (MQ=255) aTGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACttt < 2:153582/141‑1 (MQ=255) tGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACtttt < 1:466510/141‑1 (MQ=255) gCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTa < 1:642375/141‑1 (MQ=255) cAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAg < 3:185058/141‑1 (MQ=255) cAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAg < 1:625219/141‑1 (MQ=255) aGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAgg < 3:369086/141‑1 (MQ=255) aGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAgg < 2:703530/141‑1 (MQ=255) | TATTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGG > USA300TCH1516_ALE/1190655‑1190934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |