| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,315,726 | A→T | 6.8% | T336T (ACA→ACT) | korA → | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,315,726 | 0 | A | T | 6.8% | 380.1 / 12.7 | 118 | T336T (ACA→ACT) | korA | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/40); new base T (6/2); total (76/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTG > USA300TCH1516_ALE/1315586‑1315865 | aCTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACa > 2:912036/1‑141 (MQ=255) cTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAg > 2:99822/1‑141 (MQ=255) aaaCGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATg > 4:254920/1‑141 (MQ=255) aaaCGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATg > 4:249540/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |