| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,338,681 | A→G | 6.6% | intergenic (+616/‑659) | glnA → / → USA300TCH1516_01240 | Glutamine synthetase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,338,681 | 0 | A | G | 6.6% | 268.4 / 6.8 | 91 | intergenic (+616/‑659) | glnA/USA300TCH1516_01240 | Glutamine synthetase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/47); new base G (2/4); total (40/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
TTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAGTGGGTGCTTT > USA300TCH1516_ALE/1338541‑1338818 | ttCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTa < 1:423430/141‑1 (MQ=255) cTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGagaa > 2:612078/1‑141 (MQ=255) cTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGagaa < 2:397479/141‑1 (MQ=255) cTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGagaa > 2:980116/1‑141 (MQ=255) aTCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAATATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGggaaaga > 2:547392/1‑141 (MQ=255) tAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGGGAAagaaga < 1:625598/141‑1 (MQ=255) aaTTTAGAAATTGCTATGACGAAATATTCAATACAATCGAAGAATTGATAGAAAAAAAAGATAGAGCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGTATAAGTTACGTTAATATTAATGCTATGAGCCGTAGAGAAAtaagaa < 4:122516/141‑1 (MQ=255) aTTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATAGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGGAAGAAGAAt > 4:255096/1‑141 (MQ=255) ttATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAg < 1:879798/141‑1 (MQ=255) ttATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAg < 3:300001/141‑1 (MQ=255) tATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGAGACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGa < 2:1065514/141‑1 (MQ=255) tGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGaaa > 2:882145/1‑141 (MQ=255) aTTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAAtt < 4:405296/141‑1 (MQ=255) ttGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAAttt > 3:305664/1‑141 (MQ=255) ttGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAAttt > 3:305818/1‑141 (MQ=255) tGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTa > 2:428965/1‑141 (MQ=255) tATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGc < 2:580040/141‑1 (MQ=255) tATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGc < 1:564536/141‑1 (MQ=255) tATGATGAAATATTCAATACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGGGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGc < 1:492352/141‑1 (MQ=255) tgatgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCtt < 2:18072/141‑1 (MQ=255) gatgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTa > 4:78585/1‑141 (MQ=255) atgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTaa < 3:285/141‑1 (MQ=255) atgaAATATTCAATAAAATCAAAAAATGGATAGAAAACCAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAATATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGACGTGGGGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTaa < 4:327182/141‑1 (MQ=255) tgaAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTaaa < 4:396997/141‑1 (MQ=255) atatTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAAt > 3:430537/1‑141 (MQ=255) atatTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATCTAAGCTTAAAGAAt > 1:13461/1‑141 (MQ=255) atTCAATACAATCAACGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTCACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATGTAAGCTTAAAGAATGc > 2:866538/1‑141 (MQ=255) atTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGc < 2:965820/141‑1 (MQ=255) atTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGc > 2:903549/1‑141 (MQ=255) tCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaa > 2:696708/1‑141 (MQ=255) tCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaa < 4:305818/141‑1 (MQ=255) tCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaa < 4:305664/141‑1 (MQ=255) cAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaaa > 2:476401/1‑141 (MQ=255) cAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCaaa < 4:219499/141‑1 (MQ=255) tACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGAt < 1:1021219/141‑1 (MQ=255) tACAATCAAAAAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCAAGTTATCAAATTAATAAATATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTGGGGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGAt < 1:547392/141‑1 (MQ=255) tCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTtat < 3:152597/141‑1 (MQ=255) tCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTtat < 3:221721/141‑1 (MQ=255) aaaGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGTGTTATCAATTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTatat > 2:381837/1‑141 (MQ=255) attctttgattgaAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGTGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATACGCCGAAGAGAAAAAAGAATAGAAAATTTAAACTTAAAGAATGAAAAGATCTtataga > 4:419945/6‑139 (MQ=255) aTTGATAGAAAACAAGGCGATATCGAGTTCTCAAGTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATCAAGGCTCTGCGCCGTAGAGAAAGAAGAACAGAAAACGTAAGCGTAAAGAATGCAAACATCTTATATGAata < 2:512548/141‑1 (MQ=255) aTTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAata > 2:741532/1‑141 (MQ=255) aTTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAata < 2:595754/141‑1 (MQ=255) tGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACCGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAGAGATCTTATATGAATATg > 2:246894/1‑141 (MQ=255) aGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGaa < 2:821050/141‑1 (MQ=255) aaaaCAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGaaaa > 2:1070622/1‑141 (MQ=255) aCAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAgg < 1:1024088/141‑1 (MQ=255) aCAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAgg > 1:1047263/1‑141 (MQ=255) cAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATTCAAAGATCTTATAAGAAAAAGAGAAAAAGGt < 2:917622/141‑1 (MQ=255) agagATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTAtt > 2:784967/1‑141 (MQ=255) agagATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTAtt > 1:1056752/1‑141 (MQ=255) agagATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTAAGGTAATATTAAAGCTATGAGACATAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTAtt < 1:213035/141‑1 (MQ=255) agaTATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGt > 4:51260/1‑141 (MQ=255) agaTATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGAGACAAAGGAATTGt > 3:170707/1‑141 (MQ=255) atatCGAGTTATCAAAATAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTAAATGAAAAAAAAAAAAAGGTATTGTaa < 2:331375/141‑1 (MQ=255) tCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAatat < 4:277120/141‑1 (MQ=255) tCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGATACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAatat < 2:84622/141‑1 (MQ=255) cGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAAtata > 1:951098/1‑141 (MQ=255) tATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCAt < 3:374990/141‑1 (MQ=255) aaTCAAAGTAATAAGTATACAGAGAAAAGTTACGGTAAAATTAATGCTATGCGCCGTATAGAAAAAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCACAGATCTTATATAAAAAAAAAAAAAAGGTATTGTAATATAAGCAt < 2:692445/140‑1 (MQ=255) tCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTg > 4:29429/1‑141 (MQ=255) tCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTg > 1:240831/1‑141 (MQ=255) tCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTg < 1:199368/141‑1 (MQ=255) cAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGa > 1:700307/1‑141 (MQ=255) aaaTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAg > 1:335586/1‑141 (MQ=255) aaTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAATAATAGTTAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGt > 3:201364/1‑141 (MQ=255) aaTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGt < 3:74208/141‑1 (MQ=255) aTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGtt > 4:81926/1‑141 (MQ=255) aTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGtt > 1:753085/1‑141 (MQ=255) aTTAATAAAGATACTGGGATAAGTTAAGGTAATATAAATGGTATGCGCAGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGtt < 2:338117/141‑1 (MQ=255) taataaAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCa < 1:889195/141‑1 (MQ=255) ataaAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAAt > 2:241841/1‑141 (MQ=255) taaAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATAAAAAAAAAAAAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATa < 2:59878/141‑1 (MQ=255) aGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGc < 1:726701/141‑1 (MQ=255) aTACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCAt < 2:802645/141‑1 (MQ=255) tACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATa < 1:711632/141‑1 (MQ=255) cTGGGATAAGTTACGGNAATATTAATGCTNTGCGCCGTGGGGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACa > 1:865535/1‑141 (MQ=255) aaGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTg < 4:196213/141‑1 (MQ=255) gTTACGGTAATTTTATTGCTACGCGCCGTAGAGAAAGAAAAATAGAAAATATAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTTTATGAATTAGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGcc < 2:889572/141‑1 (MQ=255) tACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCa > 2:683207/1‑141 (MQ=255) tACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCa < 1:714146/141‑1 (MQ=255) tACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCa < 2:1005113/141‑1 (MQ=255) aCGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCaa > 1:479309/1‑141 (MQ=255) ttAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTatat > 2:873527/1‑68 (MQ=255) ttAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTatat < 1:873527/68‑1 (MQ=255) aaTGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTg > 1:891404/1‑141 (MQ=255) tGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAg < 1:412513/141‑1 (MQ=255) tGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGAGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAg < 2:458776/141‑1 (MQ=255) aTGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAGTggg < 3:124803/141‑1 (MQ=255) cgcCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAGTGGGTGc < 3:186823/141‑1 (MQ=255) ccGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAGTGGGTGCtt < 3:152701/141‑1 (MQ=255) cGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAGTGGGTGCttt > 2:56487/1‑141 (MQ=255) | TTCGCCTCATCTAATTTATGAATTGCTATGATGAAATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTGGGATAAGTTACGGTAATATTAATGCTATGCGCCGTAGAGAAAGAAGAATAGAAAATTTAAGCTTAAAGAATGCAAAGATCTTATATGAATATGCGAAAAAGGTATTGTAATATAAGCATTGAGTTCAATAGGCATACAATAACTGCCCAAACTAGTGACTGAGTGGGTGCTTT > USA300TCH1516_ALE/1338541‑1338818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |