| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,346,067 | 0 | T | C | 5.6% | 320.9 / 6.7 | 106 | intergenic (+290/+259) | USA300HOU_RS06685/ltaE | hypothetical protein/Low specificity L‑threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/61); new base C (3/3); total (42/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TGATGCACACCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAAT > USA300TCH1516_ALE/1345929‑1346205 | tgatgCACACCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTAc > 4:413951/1‑141 (MQ=255) gatgCACACCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACt > 2:706152/1‑141 (MQ=255) cacaCCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCa > 1:991958/1‑141 (MQ=255) cTATAAAAATCTTAAACATAGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATaaaa < 2:376679/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCAAAATAAAGAAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACAAAATAATATGTAGTATCTTGtttt > 3:121214/1‑141 (MQ=255) aCATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGa > 1:4469/1‑141 (MQ=255) cATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGaa < 4:56009/141‑1 (MQ=255) aTTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGaat < 4:227670/141‑1 (MQ=255) aTTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGaat < 2:168663/141‑1 (MQ=255) | TGATGCACACCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAAT > USA300TCH1516_ALE/1345929‑1346205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |