| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,429,264 | A→T | 5.5% | L325L (CTA→CTT) | ybiT → | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,429,264 | 0 | A | T | 5.5% | 393.2 / 9.6 | 128 | L325L (CTA→CTT) | ybiT | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/60); new base T (2/5); total (63/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TCTAAACAAGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAG > USA300TCH1516_ALE/1429124‑1429403 | taaaCAAGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAatctatc < 1:72972/141‑1 (MQ=255) taaaCAAGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAatctatc > 3:354622/1‑141 (MQ=255) cAAGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTaaa > 4:13960/1‑141 (MQ=255) cAAGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATCACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTaaa < 2:48554/141‑1 (MQ=255) aGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGTGAAAATTGAAGTAGAGGATAGTCGACCACCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAAc > 3:409888/1‑141 (MQ=255) aGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAAc < 4:192067/141‑1 (MQ=255) aGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTCAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAAc < 1:1004774/141‑1 (MQ=255) acaaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGAtt < 4:147229/141‑1 (MQ=255) acaaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGAtt > 1:672409/1‑141 (MQ=255) acaaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGAtt < 1:1081037/141‑1 (MQ=255) acaaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGAtt < 1:82787/141‑1 (MQ=255) caaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTg > 4:174101/1‑141 (MQ=255) caaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTg > 1:683442/1‑141 (MQ=255) caaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTg < 1:719082/141‑1 (MQ=255) caaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTg < 1:1033760/141‑1 (MQ=255) aaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGa > 1:626926/1‑141 (MQ=255) aGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGAc < 1:369278/141‑1 (MQ=255) aGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGAc < 2:945703/141‑1 (MQ=255) gTCGTAAAAAACAACTTGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACGCCTGAGCGTGAGATTGGTAACGACTTATTAATCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAATTGACg > 4:47267/1‑141 (MQ=255) tCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACgg < 1:567573/141‑1 (MQ=255) tCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACgg < 1:904222/141‑1 (MQ=255) gTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTg < 2:737849/141‑1 (MQ=255) gTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTg < 2:267290/141‑1 (MQ=255) gTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTg < 1:206527/141‑1 (MQ=255) tAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGgaga < 2:633220/141‑1 (MQ=255) tAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGa < 1:875220/141‑1 (MQ=255) tAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGa > 2:279877/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaCAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGa < 2:472001/140‑1 (MQ=255) aaaaCAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGaaaa < 1:22444/141‑1 (MQ=255) aaaaCAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGaaaa < 2:118552/141‑1 (MQ=255) aacaacTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAg > 1:872668/1‑141 (MQ=255) acaacTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGAAGGTGAAAAAGt < 4:275488/141‑1 (MQ=255) tCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAg > 3:228294/1‑141 (MQ=255) gagaAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGat < 2:111781/141‑1 (MQ=255) gaAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAACTCACACCTGAGCGCGAAGTCGGTAATGACTTACTAATCGTTCTAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGataa < 1:932670/141‑1 (MQ=255) aTTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATAtt < 2:211845/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACGCCTGAGCGTGAGATTGGTAACGACTTATTAATCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGTATTAGataatgtatca < 2:199998/140‑7 (MQ=255) aaTTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGataat < 3:296426/134‑1 (MQ=255) aTTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGAAAAAAAAAAAAAAAGTATTAGATAATATttcatt < 2:358202/141‑1 (MQ=255) aGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGATAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTcac > 1:575996/1‑141 (MQ=255) tgatATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAAt > 2:940710/1‑141 (MQ=255) tgatATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAAt < 1:101113/141‑1 (MQ=255) tgatATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAAt < 1:334100/141‑1 (MQ=255) atTTAACCATCATCAAGAAGATATAAATTAGTTAAATTGACACCTGAGCGGGAAACCGGTAAAGAGTTAATAATCGTTCAAAAGCTATCTAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAAt < 4:352039/141‑1 (MQ=255) atTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAAt > 3:197769/1‑141 (MQ=255) atTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAAt > 3:204369/1‑141 (MQ=255) cAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACGCCTGAGCGTGAGATTGGTAACGACTTATTAATCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAATTGACGGCGAAAAAGTATTAGATAATGTATCATTCACAATGAATCCa < 3:408802/141‑1 (MQ=255) cAACCAGCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAGGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCa < 4:306316/141‑1 (MQ=255) ccATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAAt > 4:291834/1‑141 (MQ=255) catcaAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATa > 2:574568/1‑141 (MQ=255) caAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAg > 4:292272/1‑141 (MQ=255) caAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAg > 1:234166/1‑141 (MQ=255) agaTATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAtt < 1:154796/141‑1 (MQ=255) gaTATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAttt < 1:490401/141‑1 (MQ=255) atatCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAtttt < 1:244848/141‑1 (MQ=255) atCCTTTCGTTAAATTCACGCCTGAGCGTGAGATTGGTAACGACTTATTAATCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAATTGACGGCGAAAAAGTATTAGATAATGTATCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCGATTTTaa < 1:848168/141‑1 (MQ=255) tCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAAt > 2:259668/1‑141 (MQ=255) ccTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAAtt > 3:435963/1‑141 (MQ=255) cTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTg > 2:86066/1‑141 (MQ=255) cTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTg > 4:75560/1‑141 (MQ=255) tCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTgggg > 1:352392/1‑141 (MQ=255) ttAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATa > 1:25587/1‑141 (MQ=255) aaTTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTg < 2:924553/141‑1 (MQ=255) aaTTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTg > 1:822838/1‑141 (MQ=255) aTTCACACTTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCAGAATGAATCGAAATGATAAAGCAATTTTAATTTGGGATAGTGa > 2:698921/1‑141 (MQ=255) aTTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGa > 1:871347/1‑141 (MQ=255) acacCTTAGCGCGCAATCGGTAATGACAAACTAATCGCTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACAGAGAAAAAGTATTAAATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAGTTTACTTGGGGATAGTGAAAtt > 4:313397/1‑141 (MQ=255) acacCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAAtt > 1:67312/1‑141 (MQ=255) cacCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTg > 1:1071463/1‑141 (MQ=255) acCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGc > 1:542789/1‑141 (MQ=255) cTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGa > 2:42286/1‑141 (MQ=255) cTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGa > 1:160609/1‑141 (MQ=255) aaaTCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACAt < 1:984905/141‑1 (MQ=255) aaaTCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACAt > 1:571792/1‑141 (MQ=255) aaaTCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGCGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACAt < 2:321206/141‑1 (MQ=255) aaTCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACAtt > 4:441569/1‑141 (MQ=255) tCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGc < 3:81528/141‑1 (MQ=255) tCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGc < 3:81506/141‑1 (MQ=255) cGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCt > 1:495338/1‑141 (MQ=255) cGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTACATTCACAATGAATACAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCt > 2:772499/1‑141 (MQ=255) ggTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCtt > 4:145349/1‑141 (MQ=255) tAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTaa < 3:249980/141‑1 (MQ=255) aaTGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAATTTAATAGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTaaa > 3:128393/1‑141 (MQ=255) aCTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGCGAAAGAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCACTTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAGAATATTAGc > 2:513863/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCgg < 4:398140/141‑1 (MQ=255) aaTCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCgg < 4:129289/141‑1 (MQ=255) aTCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGt > 2:361221/1‑141 (MQ=255) aTCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGt < 2:470882/141‑1 (MQ=255) tCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAATTGACGGCGAAAAAGTATTAGATAATGTATCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCGATTTTAATTGGAGATAGTGAAATTGCAAAAACAACATTACTTAAAATATTAGctggcg < 1:613572/141‑6 (MQ=255) tCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGTATTAGATAATGTATCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCGATTTTAATTGGAGATAGTGAAATTGCAAAAACAACATTACTTAAAATATTAGctggcg < 2:792299/141‑6 (MQ=255) tCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTg < 2:1005855/141‑1 (MQ=255) tCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTg < 4:70894/141‑1 (MQ=255) gTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATTTTAGCCGGTGaa < 2:5925/141‑1 (MQ=255) tCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAAt > 1:1075504/1‑141 (MQ=255) cAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATg > 4:175153/1‑141 (MQ=255) aaaaTCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATgg < 1:159902/141‑1 (MQ=255) atctatctAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAAc > 2:16221/1‑141 (MQ=255) ctatctaAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCa > 4:184544/1‑141 (MQ=255) ctatctaAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCa > 2:1047007/1‑141 (MQ=255) tatctaAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAg > 3:311174/1‑141 (MQ=255) | TCTAAACAAGCAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAG > USA300TCH1516_ALE/1429124‑1429403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |