| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,429,273 | G→A | 5.7% | T328T (ACG→ACA) | ybiT → | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,429,273 | 0 | G | A | 5.7% | 411.1 / 8.0 | 132 | T328T (ACG→ACA) | ybiT | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/58); new base A (2/6); total (68/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAGACGAA > USA300TCH1516_ALE/1429134‑1429408 | caacaaGTCGTAAAAAACACCTCGAGAAAATAGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGa > 2:401612/1‑141 (MQ=255) acaaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGAtt < 1:1081037/141‑1 (MQ=255) acaaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGAtt > 1:672409/1‑141 (MQ=255) caaGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTg < 1:1033760/141‑1 (MQ=255) 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catcaAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATa > 2:574568/1‑141 (MQ=255) caAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAg > 1:234166/1‑141 (MQ=255) agaTATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAtt < 1:154796/141‑1 (MQ=255) gaTATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAttt < 1:490401/141‑1 (MQ=255) atatCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAAtttt < 1:244848/141‑1 (MQ=255) atCCTTTCGTTAAATTCACGCCTGAGCGTGAGATTGGTAACGACTTATTAATCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAATTGACGGCGAAAAAGTATTAGATAATGTATCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCGATTTTaa < 1:848168/141‑1 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2:361221/1‑141 (MQ=255) tCGTTCAAAATCTTTCTAAAACAATTGACGGCGAAAAAGTATTAGATAATGTATCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCGATTTTAATTGGAGATAGTGAAATTGCAAAAACAACATTACTTAAAATATTAGctggcg < 1:613572/141‑6 (MQ=255) tCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTg < 2:1005855/141‑1 (MQ=255) tCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTg < 4:70894/141‑1 (MQ=255) cGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGa > 1:116740/1‑141 (MQ=255) gTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGaa > 1:317030/1‑141 (MQ=255) cAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATg > 4:175153/1‑141 (MQ=255) aaTCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGaa > 1:1051524/1‑141 (MQ=255) tatctaAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAg > 1:18693/1‑141 (MQ=255) tatctaAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAg > 3:311174/1‑141 (MQ=255) taAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAGACGa > 2:641598/1‑141 (MQ=255) | CAACAAGTCGTAAAAAACAACTCGAGAAAATTGAATTAGATGATATTCAACCATCATCAAGAAGATATCCTTTCGTTAAATTCACACCTGAGCGCGAAATCGGTAATGACTTACTAATCGTTCAAAATCTATCTAAAACGATTGACGGTGAAAAAGTATTAGATAATATTTCATTCACAATGAATCCAAATGATAAAGCAATTTTAATTGGGGATAGTGAAATTGCGAAAACCACATTGCTTAAAATATTAGCCGGTGAAATGGAACCAGACGAA > USA300TCH1516_ALE/1429134‑1429408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |