| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,481,732 | 0 | C | T | 5.1% | 492.0 / 8.7 | 154 | T6764T (ACG→ACA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/74); new base T (3/5); total (75/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTG > USA300TCH1516_ALE/1481592‑1481871 | cGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTc > 1:1051564/1‑141 (MQ=255)cGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTc > 2:288236/1‑141 (MQ=255)cGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATAATTGGTGCATTTGTCACTTGCTTATTTAAATCTTTCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGAAGTc > 4:446318/1‑141 (MQ=255) ccATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGTGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTGTTTAAATGACTTAATCGGTTGATGTTAGCAGTTGttt > 2:85612/1‑141 (MQ=255) 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tGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATg < 3:367444/141‑1 (MQ=255) tGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATg < 2:357081/141‑1 (MQ=255) ggTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGa > 3:382223/1‑141 (MQ=255) ggTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGa > 2:802725/1‑141 (MQ=255) gTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGat < 2:612091/141‑1 (MQ=255) tGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGatat > 1:976448/1‑141 (MQ=255) aTGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACGCTTAATCGCAACTTTCTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGTTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTCCATTATTGATAttt > 4:202676/1‑141 (MQ=255) aTGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGAAGATGGATCAAGTCTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATAttt < 3:410139/141‑1 (MQ=255) gCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCa > 2:594263/1‑141 (MQ=255) cAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCAt > 1:861574/1‑141 (MQ=255) tCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTg < 1:169201/141‑1 (MQ=255) | CGTTCCATTGCTTGATCTAATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGCTTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTG > USA300TCH1516_ALE/1481592‑1481871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |