| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,540,113 | A→G | 6.7% | D11D (GAT→GAC) | ndk ← | Nucleoside diphosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,540,113 | 0 | A | G | 6.7% | 405.2 / 12.0 | 143 | D11D (GAT→GAC) | ndk | Nucleoside diphosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/67); new base G (3/7); total (68/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAATACTACGTGTTTCTTGAAC > USA300TCH1516_ALE/1539973‑1540253 | taAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCa > 1:266168/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATc > 4:46521/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATc > 1:712353/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATc > 2:420836/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCCACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCAtt > 4:391891/1‑140 (MQ=255) cggTTTGCCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCGTCTgg < 3:34633/140‑1 (MQ=255) ggTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGt > 4:456896/1‑141 (MQ=255) gTTTACCTTGGTGTTCACCATACTGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTACTTTACAACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTATTTCAATTCTTGAACTTAATTCAAAAATTAGTTTTCTTTGTACTGCATATGGtt > 4:409760/1‑141 (MQ=255) gTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGtt < 3:387803/141‑1 (MQ=255) ccTTGGTGTTCACCATACTGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATCCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATc < 2:107694/141‑1 (MQ=255) ttGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCAt < 3:74089/141‑1 (MQ=255) tGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTTCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCAtt < 2:461970/141‑1 (MQ=255) ggTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTa > 1:359537/1‑141 (MQ=255) tgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTaaa > 1:894236/1‑141 (MQ=255) tgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTaaa > 1:3345/1‑141 (MQ=255) gtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTaaaa > 2:789318/1‑141 (MQ=255) cACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTCCTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATNAAAAATg > 2:812004/1‑141 (MQ=255) cACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCGTCTGGTTTAATCATTAAAAATg < 1:116321/141‑1 (MQ=255) cACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATg > 2:24472/1‑141 (MQ=255) aCCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGATTTAATCATTAAAAAtaa > 2:748712/1‑139 (MQ=255) aTAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACg < 3:51450/141‑1 (MQ=255) tAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGt < 4:412450/141‑1 (MQ=255) atcgtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACATGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGtt < 3:183879/138‑1 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTTAATTCTTGAAATTATTTCACTAATTAGATTTCTTTGTACTGGATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCa > 3:224168/1‑141 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCa < 1:1029486/141‑1 (MQ=255) gtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACt < 1:24472/141‑1 (MQ=255) ttCAGCCAGTTCCATTCGTCCTCCCCTTAATTTACCACCGACAAGTCTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGACATCACTTCACCAATTCCCTTTCTTTGTCCTGCATCTGCTTTAACCATTAACACTGTACCTTCCCCttt > 2:765644/1‑141 (MQ=255) cAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGCCAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTAt > 3:46941/1‑141 (MQ=255) aGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATg < 3:264067/141‑1 (MQ=255) aaGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTAt > 1:429146/1‑141 (MQ=255) cATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCt > 4:54632/1‑141 (MQ=255) cATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCt < 4:149581/141‑1 (MQ=255) aTTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCtg > 1:437650/1‑141 (MQ=255) aTTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCtg < 2:542932/141‑1 (MQ=255) tgggTACTTGCATTAATTTACCACCGAAAAGTTTTATTCATTTTCTTTCAATTTTTCATATAACTTGACCAATTAGATTTCTTTGTATTGCGTCTGGTATAATCATTAAAAATGTTCGTTCCATTTTATGTATCCCCgtgt > 4:263470/3‑141 (MQ=255) tGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGAAAAAAAAAAAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCtgtg < 2:240337/141‑1 (MQ=255) gTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCGTCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGtt < 2:677449/141‑1 (MQ=255) tACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGttt < 2:984011/141‑1 (MQ=255) tACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGttt < 1:409886/141‑1 (MQ=255) cTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTaa > 1:946354/1‑141 (MQ=255) cTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTaa < 1:502415/141‑1 (MQ=255) tGCATTATTTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATa < 3:412028/141‑1 (MQ=255) aaTTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAGTCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTa > 1:742611/1‑141 (MQ=255) ttACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGt < 3:55923/141‑1 (MQ=255) tACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCGTCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGta < 1:590782/141‑1 (MQ=255) tACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGtt < 2:363287/102‑1 (MQ=255) tACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGtt > 1:363287/1‑102 (MQ=255) tACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGta > 1:841444/1‑141 (MQ=255) ccaccGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTTAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGtata > 4:291376/1‑141 (MQ=255) caccGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTatat < 2:720772/141‑1 (MQ=255) cGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTAc < 3:322042/141‑1 (MQ=255) cGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTAc > 4:377647/1‑141 (MQ=255) gACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACt < 3:392996/141‑1 (MQ=255) cAAGTTTTAGTCCTTTTGTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCTTCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCTCTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACtat < 2:504116/141‑1 (MQ=255) aaGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACtatt < 2:479450/141‑1 (MQ=255) aGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACtatta > 2:604486/1‑141 (MQ=255) gTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACtattat > 2:120315/1‑141 (MQ=255) gTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACtattat > 1:587634/1‑141 (MQ=255) ttttAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATtata < 1:104388/141‑1 (MQ=255) ttAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATtatata > 3:16548/1‑141 (MQ=255) tAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTatatat > 1:760260/1‑141 (MQ=255) aGTCCTTTTCTTTCCATTCTTGAAATTTCTTCACCAATTACATTTCTTTGTACTGCATCTGCTCTAATCACTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTANTAGGTTTATGTANATTACTATTATATAtt < 3:456319/141‑1 (MQ=255) tCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTaa > 2:509669/1‑141 (MQ=255) ttttCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAg < 2:87153/141‑1 (MQ=255) tctttcAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGtt < 2:396976/141‑1 (MQ=255) tcAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTa < 2:437650/141‑1 (MQ=255) tcAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTa < 1:371538/141‑1 (MQ=255) tcAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTa < 3:438450/141‑1 (MQ=255) tcAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTa < 1:273652/141‑1 (MQ=255) tCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAgcg < 1:793236/141‑1 (MQ=255) ttGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCt > 2:1065955/1‑141 (MQ=255) ttGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCt > 1:707663/1‑141 (MQ=255) tGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGTTTGGTAAAGCGCtt > 4:66881/1‑141 (MQ=255) tGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCtt > 1:853/1‑141 (MQ=255) tGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCtt < 2:593308/141‑1 (MQ=255) gAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCttt > 2:903953/1‑141 (MQ=255) aaaTTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTc < 2:170423/141‑1 (MQ=255) ttACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAAt < 2:132711/141‑1 (MQ=255) tACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATa > 1:459697/1‑141 (MQ=255) tACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATa > 2:68240/1‑141 (MQ=255) cTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACt < 3:159709/141‑1 (MQ=255) cTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACt < 1:257049/141‑1 (MQ=255) cTTCACCAATCACTTTCCCTTGTACGGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACt < 1:874377/141‑1 (MQ=255) ttCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTACAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATAGATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATGCtt > 1:621042/1‑141 (MQ=255) tCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTa > 1:53800/1‑63 (MQ=255) tCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTa < 2:53800/63‑1 (MQ=255) tCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACttt > 1:144833/1‑141 (MQ=255) cACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACtttt > 4:422493/1‑141 (MQ=255) aaTTAGATTTCTTTGTACTGCGTCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATa < 1:517947/141‑1 (MQ=255) tAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAAt > 2:417529/1‑141 (MQ=255) tAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAAt < 2:1046086/141‑1 (MQ=255) aTTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAAtact < 1:604486/141‑1 (MQ=255) ttCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAAtactac < 2:172143/141‑1 (MQ=255) ttCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAAtactac < 3:423681/141‑1 (MQ=255) tCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTACCATGTTGGTAAAGCGCTTTCAATTCTTTTCATAAATACTACg < 4:438318/141‑1 (MQ=255) tttGTTCTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAATACTACgtg < 2:119533/141‑1 (MQ=255) tACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAATACTACGTGtttt > 4:389401/1‑140 (MQ=255) cTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCGCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAATACTACGTGTTTCtt > 1:1027162/1‑141 (MQ=255) tGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAATCGCTTTCAATACTTTTCATAAATACTACGTGTTTCTTg < 1:573773/141‑1 (MQ=255) cATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAATACTACGTGTTTCTTGaa > 3:134995/1‑141 (MQ=255) | TAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCTGGTTTAATCATTAAAAATGTACGTTCCACTTTATGTATCCCCCTGTGTTTAATAGGTTTATGTATATTACTATTATATATTAACAGGTTGGTAAAGCGCTTTCAATACTTTTCATAAATACTACGTGTTTCTTGAAC > USA300TCH1516_ALE/1539973‑1540253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |