| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,627,378 | G→T | 5.3% | I365I (ATC→ATA) | gnd ← | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,627,378 | 0 | G | T | 5.3% | 428.0 / 7.3 | 128 | I365I (ATC→ATA) | gnd | 6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/65); new base T (4/3); total (59/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GAACACCAGTTGCGACAACATCACGTAACGCATCTTGATATTCAGTAACGATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGAATTTT > USA300TCH1516_ALE/1627239‑1627518 | gAACACCAGTTGCGACAACATCACGTAACGCATCTTGATATTCAGTAACGATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGa < 2:251498/141‑1 (MQ=255)gAACACCAGTTGCGACAACATCACGTAACGCATCTTGATATTCAGTAACGATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGa < 1:448475/141‑1 (MQ=255)gAACACCAGTTGCGACAACATCACGTAACGCATCTTGATATTCAGTAACGATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGa < 2:70437/141‑1 (MQ=255) acacCAGTTGCGACAACATCACGTAACGCATCTTGATATTCAGTAACGATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATa > 4:46144/1‑141 (MQ=255) 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gATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAAtt < 3:4733/141‑1 (MQ=255) gATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAAtt < 4:387455/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTAAAGTAATGAGTTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCTTCCTTCTCTCCCAATCATAGCTAAATCACCAATTTTTAAATTcc < 4:402337/141‑1 (MQ=255) gTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCca > 3:218165/1‑141 (MQ=255) tttttAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCcat > 3:20439/1‑141 (MQ=255) tcctcaaaGTAAGGATCTAGCAAAATGTTATGTAATCCTGGATCATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGGGCACGGATAGTGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATCCcat > 4:411150/6‑141 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(MQ=255) aTCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTc < 3:252860/141‑1 (MQ=255) aTCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTc < 2:1051292/141‑1 (MQ=255) cTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCat > 2:500037/1‑141 (MQ=255) tttGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCatat > 1:387827/1‑141 (MQ=255) ttGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCatata < 1:1086280/141‑1 (MQ=255) ttGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCatata < 3:181506/141‑1 (MQ=255) tGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCCAGTTTTAAATTCCGTTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCatatat < 1:860772/141‑1 (MQ=255) tGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCatatat < 3:208744/141‑1 (MQ=255) aGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATg > 4:199883/1‑141 (MQ=255) aTTGTGCACGTATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCtt > 1:471827/1‑141 (MQ=255) tgtgCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAGATCATATCTAAATCACCAAGTTTTATATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTa < 2:103463/141‑1 (MQ=255) gtgCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATCTAATGCTTTAc > 1:735628/1‑141 (MQ=255) gtgCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTAc < 4:292765/141‑1 (MQ=255) gtgCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTAc < 2:827979/141‑1 (MQ=255) gtgCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTAc < 1:675982/141‑1 (MQ=255) gCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGa > 4:18446/1‑141 (MQ=255) cACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGaa > 1:206238/1‑141 (MQ=255) cGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTCGCCCGAAACCTTGTGCATAAGACCAAATTTTACTCATATATAACGCTCCACGAAtt > 4:414684/1‑141 (MQ=255) gATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGAAtttt < 4:306428/141‑1 (MQ=255) gATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGAAtttt < 2:448087/141‑1 (MQ=255) gATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGAAtttt < 2:447674/141‑1 (MQ=255) gATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGAAtttt < 3:26935/141‑1 (MQ=255) | GAACACCAGTTGCGACAACATCACGTAACGCATCTTGATATTCAGTAACGATGTTTTTAAAGTAAGGATCTAGCAATAAGTTTTGTAATCCTGGATTATTATCGTAAGCATCTTTGATCTTTTGTAAGAATTGTGCACGGATAATGCAACCTTCTCTCCAAATCATAGCTAAATCACCAAGTTTTAAATTCCATTCATTATCTTCACTTGCTTTACGCATTTGCGCGAAACCTTGTGCATAAGAACAAATTTTACTCATATATAATGCTTTACGAATTTT > USA300TCH1516_ALE/1627239‑1627518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |