| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,752,368 | G→A | 5.1% | G276G (GGC→GGT) | ruvB ← | Holliday junction ATP‑dependent DNA helicase RuvB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,752,368 | 0 | G | A | 5.1% | 399.5 / 5.1 | 127 | G276G (GGC→GGT) | ruvB | Holliday junction ATP‑dependent DNA helicase RuvB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/59); new base A (5/2); total (66/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TAATGGTGTTGCTTTTCTGCCACGTGGCGTACGTTCTAAAAAGCCTTTCTGAATAAGAAATGGCTCATAAACGTCCTCAATTGTAATACGTTCTTCACCAATTGTTACGGCAATCGTATCTAAACCAACAGGTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCTTCATTCACTTGCTGGAAG > USA300TCH1516_ALE/1752233‑1752506 | tAATGGTGTTGCTTTTCTGCCACGTGGCGTACGTTCTAAAAAGCCTTTCTGAATAAGAAATGGCTCATAAACGTCCTCAATTGTAATACGTTCTTCACCAATTGTTACGGCAATCGTATCTAAACCAACAGGTCCGCCAtt > 3:296786/1‑141 (MQ=255) aaTGGTGTTGCTTTTCTGCCACGTGGCGTACGTTCTAAAAAGCCTTTCTGAATAAGAAATGGCTCATAAACGTCCTCAATTGTAATACGTTCTTCACCAATTGTTACGGCAATCGTATCTAAACCAACAGGTCCGCCATta < 2:633572/141‑1 (MQ=255) aaTGGTGTTGCTTTTCTGCCACGTGGCGTACGTTCTAAAAAGCCTTTCTGAATAAGAAATGGCTCATAAACGTCCTCAATTGTAATACGTTCTTCACCAATTGTTACGGCAATCGTATCTAAACCAACAGGTCCGCCATta < 2:1029035/141‑1 (MQ=255) aTGGTGTTGCTTTTCTGCCACGTGGCGTACGTTCTAAAAAGCCTTTCTGAATAAGAAATGGCTCATAAACGTCCTCAATTGTAATACGTTCTTCACCAATTGTTACGGCAATCGTATCTAAACCAACAGGTCCGCCATtat < 2:723765/141‑1 (MQ=255) 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aTCTAAACCAACAGGTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCttc > 3:20054/1‑141 (MQ=255) tCTAAACCAACAGGTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCttca < 4:14357/141‑1 (MQ=255) cTAAACCAACAGGTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCttcat < 1:378052/141‑1 (MQ=255) aaaCCAACAGGTCCGCCAGTAGACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAGACCTAATGCGTGCTTCGTTGTGTCAATGTATATTTGTTCATCttcattc < 2:373309/141‑1 (MQ=255) aaCCAACAGGTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCttcattca > 4:134727/1‑141 (MQ=255) aCAGGTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTTTTCATCTTCATTCACTTGc > 1:287843/1‑141 (MQ=255) aGGTCCACCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCTTCATTCACTTGCTg > 2:636368/1‑141 (MQ=255) ggTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCTTCATTCACTTGCTgg > 3:448663/1‑141 (MQ=255) ggTCCACCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCTTCATTCACTTGCTgg > 2:123356/1‑141 (MQ=255) tCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCTTCATTCACTTGCTGGaa < 4:314910/141‑1 (MQ=255) ccGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCTTCATTCACTTGCTGGAAg > 3:315168/1‑141 (MQ=255) | TAATGGTGTTGCTTTTCTGCCACGTGGCGTACGTTCTAAAAAGCCTTTCTGAATAAGAAATGGCTCATAAACGTCCTCAATTGTAATACGTTCTTCACCAATTGTTACGGCAATCGTATCTAAACCAACAGGTCCGCCATTATACTGCTTAATAATACAGTTCATCATTTTATGATCAATGTAATCTAGTCCGTGTTGATCAACTTGAAGTAAACCTAATGCGTGCTTCGTTGTTTCAATGTATATTTGTTCATCTTCATTCACTTGCTGGAAG > USA300TCH1516_ALE/1752233‑1752506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |