| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,781,166 | A→G | 5.3% | intergenic (‑138/+58) | infC ← / ← lysP_2 | Translation initiation factor IF‑3/Lysine‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,781,166 | 0 | A | G | 5.3% | 395.1 / 9.7 | 133 | intergenic (‑138/+58) | infC/lysP_2 | Translation initiation factor IF‑3/Lysine‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/54); new base G (5/2); total (77/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
AAAAGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGCTCTTCCTTATACACAGTTATGTGTAATGTGATTAACCTGCCAACTGCTTTATGCGTCGCTACAGGTGAGAAGCGGGTGCTTCTACTTGGTTCGTTTCGTATTCAACGTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGAAGCT > USA300TCH1516_ALE/1781028‑1781306 | aaaaGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGCTCTTCCTTATACACAGTTATCTGTAATGTGATTAACCTGCCAACTGCTTTATGCGTCGCTACAGGTGAGAAGCGGGTGCTTCTACTTGGTTCGTTTCGTATTCAACGttatt > 2:720104/1‑141 (MQ=255) aGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGCTCTTCCTTATACACAGTTATGTGTAATGTGATTAACCTGCCAACTGCTTTATGCGTCGCTACAGGTGAGAAGCGGGTGCTTCTACTTGGTTCGTTTCGTATCCCACGTTATTCAt > 4:250971/1‑141 (MQ=255) ggAAGAGCGGGTATTTTATACCTGCTCTTCCTTATACACAGTTATGTGTAATGTGATTAACCTGCCAACTGCTTTATGCGTCGCTACAGGTGAGAAGCGGGTGCTTCTACTTGGTTCGTTTCGTATTCAACGTTATTAATc > 2:758041/1‑141 (MQ=255) ggAAGAGCAGGTATAAAATACCCGCTCTTCCTTATACACAGTTATGTGTAATGTGATTAACCTGCCAACTGCTTTATGAGTCGCGACAGGTGAGAAGCGGGTGCTTCTACTTGGTTCGTTTCGTATTCAACGTTATTAATc > 1:564766/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCGTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATc > 1:516115/1‑141 (MQ=255) aCGTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCg > 1:777570/1‑141 (MQ=255) aCGTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCg > 1:469959/1‑141 (MQ=255) cGTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGa < 1:816586/141‑1 (MQ=255) gTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGaa < 1:478001/141‑1 (MQ=255) gTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGaa < 3:27616/141‑1 (MQ=255) ttattaATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGAAg > 1:887988/1‑141 (MQ=255) ttattaATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGAAg > 2:362568/1‑141 (MQ=255) attaATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACTCGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGAAGCt < 2:465314/141‑1 (MQ=255) attaATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGAAGCt > 1:822457/1‑141 (MQ=255) | AAAAGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGCTCTTCCTTATACACAGTTATGTGTAATGTGATTAACCTGCCAACTGCTTTATGCGTCGCTACAGGTGAGAAGCGGGTGCTTCTACTTGGTTCGTTTCGTATTCAACGTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTAAGTCAACACTATAACTGTAATTATTTTTATTTTAACCTTTTATTTCATCCATTGACACGTCTTGACGTAAATCTACTTGTTCTAATGGAATTTTTTTCGTTTTATATCGAAGCT > USA300TCH1516_ALE/1781028‑1781306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |