| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,825,570 | A→T | 5.5% | D70E (GAT→GAA) | tpx ← | putative thiol peroxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,825,570 | 0 | A | T | 5.5% | 392.3 / 9.7 | 126 | D70E (GAT→GAA) | tpx | putative thiol peroxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/65); new base T (5/2); total (59/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CCATAGTTTTCACCAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATCAGGTGC > USA300TCH1516_ALE/1825430‑1825710 | ccATAGTTTTCACCAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCa > 2:632171/1‑141 (MQ=255) cATAGTTTTCACAAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACATTCCCCTCTTCTTTAGAAGCAt < 4:107693/141‑1 (MQ=255) gTTTTCACCAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCaga > 4:371981/1‑141 (MQ=255) tCACCAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCCGACGCGAACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTg < 1:214015/141‑1 (MQ=255) cACCAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGa > 3:219358/1‑141 (MQ=255) aCCAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGaa < 3:289197/141‑1 (MQ=255) ccAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAAt < 1:639702/141‑1 (MQ=255) ccAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTATGCTGAAATTGTAAGCGCAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATGAGAGTTGAAt > 1:584936/1‑141 (MQ=255) cAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAAtt > 1:549857/1‑141 (MQ=255) aaaTGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAAttt < 1:1075085/141‑1 (MQ=255) aaTGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTg < 4:282892/141‑1 (MQ=255) aaTGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTg < 1:318609/141‑1 (MQ=255) gATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCTTCAGAGTTGAATTTGCGa < 1:844595/141‑1 (MQ=255) aaGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTc < 4:213650/141‑1 (MQ=255) aaGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAAGCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTc < 1:1046562/141‑1 (MQ=255) aGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTct > 3:176036/1‑141 (MQ=255) cACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTctgct < 1:62905/141‑1 (MQ=255) ggtggtCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGAt > 2:669590/1‑141 (MQ=255) tggtCACTAAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTGCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATca < 4:304831/141‑1 (MQ=255) tCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCTTCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACaa > 2:995318/1‑141 (MQ=255) aCTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAac < 2:835185/141‑1 (MQ=255) taatgtaatgACATTGTCTAAACCTGCTTAAGAGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACAcc < 3:404249/141‑1 (MQ=255) taatgtaatgACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACTcc < 2:478071/141‑1 (MQ=255) taatgtaatgACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACAcc < 1:609180/141‑1 (MQ=255) aatgtaatgACCTTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTATTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCt > 4:267997/1‑141 (MQ=255) tgtaatgACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGt < 1:687529/141‑1 (MQ=255) gtaatgACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAATTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTa < 2:60102/141‑1 (MQ=255) gtaatgACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCTTCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTa > 2:40604/1‑141 (MQ=255) gtaatgACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTa > 1:116870/1‑141 (MQ=255) gACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAAt < 2:132099/141‑1 (MQ=255) gACATTGTCTAAACCTGATGAAGCGAACCTTCTTTTTTGTGCGCATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCACAGTAGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAAt < 2:158402/141‑1 (MQ=255) ttGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCTTCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGAt < 1:442499/141‑1 (MQ=255) tGTCTACACCTGCTTAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTCATCACAAACACCTGTATCAATTGATg < 4:314041/141‑1 (MQ=255) cTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGTGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTa > 2:791236/1‑141 (MQ=255) cTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTa > 2:324465/1‑141 (MQ=255) ccTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACcaca > 1:561223/1‑141 (MQ=255) tgctgAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACt < 2:847782/141‑1 (MQ=255) tgAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACtaat > 4:211532/1‑141 (MQ=255) tgAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACtaat < 1:651005/141‑1 (MQ=255) gAAGCGCACCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTCTGATGAAATTGTAAGCACAATCTCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTCATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCATACttatt > 2:1010497/1‑141 (MQ=255) aaGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACtaatta < 2:260584/141‑1 (MQ=255) aaGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTACAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACtaatta > 3:31965/1‑141 (MQ=255) cgcCCCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTaattaatt < 1:500770/141‑1 (MQ=255) gcACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAAttt > 1:127866/1‑141 (MQ=255) cACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTc < 1:651173/141‑1 (MQ=255) aCCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCt > 1:385183/1‑141 (MQ=255) cTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTa < 2:243262/141‑1 (MQ=255) tttttGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTAcc < 1:303406/141‑1 (MQ=255) ttttGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCa < 3:149157/141‑1 (MQ=255) gtgtGAATAGTAAGTCTGCTGAAATTGTTAGCACAATCCCCTCTTCTGTAGAAGTATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGCACCACACTTATTAATTTCTTTTAACCAACAt < 4:46399/141‑1 (MQ=255) gtgCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCAt > 1:690746/1‑141 (MQ=255) gtgCGAATGGTAAGTCTACTGAAATTGTAAGCACAATCCCCACCTCTTCAAAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAACTTCTTTTTACCAGCAt < 2:309139/141‑1 (MQ=255) tgCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATa > 3:454391/1‑141 (MQ=255) gCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATaa > 1:83593/1‑141 (MQ=255) cGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAAt > 1:601332/1‑141 (MQ=255) aaTGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCt < 3:290900/141‑1 (MQ=255) tAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACACACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTaa > 2:573597/1‑141 (MQ=255) tAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTaa < 1:47525/141‑1 (MQ=255) aaGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAAt > 1:185418/1‑141 (MQ=255) gTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGt > 2:708294/1‑141 (MQ=255) tCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGtt < 2:1062609/141‑1 (MQ=255) tgctgAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTAc < 1:967424/141‑1 (MQ=255) tgatgAAAATGTAAACACAATCCCCTCTTCTTTAGAAACATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATAGTACCACACTAATTAATTTATTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTAc < 2:703182/138‑1 (MQ=255) ctgAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACtt < 2:452690/141‑1 (MQ=255) tgAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTg < 2:695553/141‑1 (MQ=255) gAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGa < 1:853870/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGAt < 3:59877/141‑1 (MQ=255) aaTTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGAtt > 3:116845/1‑141 (MQ=255) aaTTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGAtt > 1:664265/1‑141 (MQ=255) aTTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGAttt < 1:533622/141‑1 (MQ=255) aTTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGAttt > 2:557745/1‑141 (MQ=255) tGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCTTCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTaa > 2:435915/1‑141 (MQ=255) tGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTaa > 1:493286/1‑141 (MQ=255) gTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGCTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAg < 2:636187/141‑1 (MQ=255) aaGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGCGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTc > 2:476652/1‑141 (MQ=255) aaGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTc > 4:178458/1‑141 (MQ=255) aaGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTc < 2:868928/141‑1 (MQ=255) aGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCTTCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCa > 2:450097/1‑141 (MQ=255) acaATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTa > 1:974492/1‑141 (MQ=255) acaATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAAGTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTGATTa > 4:107252/1‑141 (MQ=255) caATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTAt > 2:823454/1‑141 (MQ=255) caATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACATGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTAt > 3:238174/1‑141 (MQ=255) aTCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTCTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCt > 2:650035/1‑141 (MQ=255) ccccTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTaa > 1:271565/1‑141 (MQ=255) cccTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATcaca > 1:1016482/1‑50 (MQ=255) cccTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATcaca < 2:1016482/50‑1 (MQ=255) cccTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCTATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAac > 2:206324/1‑141 (MQ=255) ctctTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAacac < 1:539243/141‑1 (MQ=255) cttcttTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCCGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTg < 3:377923/141‑1 (MQ=255) cttcttTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTg < 1:732856/141‑1 (MQ=255) ttcttTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGt < 2:805963/141‑1 (MQ=255) tcttTAGAAGCATCAGAGTTAAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTa < 2:324533/141‑1 (MQ=255) tAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAAt > 1:1079227/1‑141 (MQ=255) aGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACGAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATc < 2:304075/141‑1 (MQ=255) aGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATc < 3:267997/141‑1 (MQ=255) aGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATc > 1:146766/1‑141 (MQ=255) aGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATc > 2:727902/1‑141 (MQ=255) aGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACATCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTATTTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATCAgg < 4:239625/141‑1 (MQ=255) cATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATCAGGTg > 3:423222/1‑141 (MQ=255) aTCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATCAGGTGc < 2:385183/141‑1 (MQ=255) | CCATAGTTTTCACCAAATGATAAGTCACGGTGGTCACTTAATGTAATGACATTGTCTAAACCTGCTGAAGCGCACCATCTTTTTTGTGCGAATGGTAAGTCTGCTGAAATTGTAAGCACAATCCCCTCTTCTTTAGAAGCATCAGAGTTGAATTTGCGAGTCTGCTGATCACAAACACCTGTATCAATTGATGGTACCACACTAATTAATTTCTTTTTACCAGCATAATCTGCTAATGTTACTTGATTTAAGTCATTATCTAACACTGTAAAATCAGGTGC > USA300TCH1516_ALE/1825430‑1825710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |