| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,921,750 | G→A | 6.0% | G353G (GGC→GGT) | menE ← | 2‑succinylbenzoate‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,921,750 | 0 | G | A | 6.0% | 251.5 / 4.3 | 84 | G353G (GGC→GGT) | menE | 2‑succinylbenzoate‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/44); new base A (3/2); total (37/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
ATAATTAAATCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGATTTTTAATTTTTACGTCAACATTGGCACTTGGCATCCCTACAGTGTCAGGACGTGCATGCAACATTTCCGGTGTTGCTGTTAAAAATTGCGAACATGTCT > USA300TCH1516_ALE/1921610‑1921889 | ataatTAAATCTTTACGTCGGTCATATATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGgcg < 2:858813/141‑1 (MQ=255)ataatTAAATCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGgcg > 2:255890/1‑141 (MQ=255) acttAAGTCTTTACGTCGGTCATAAAACATGACATAACCTTCATGATCTATTGCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTCTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCGTCACATTGGCGcc < 4:112214/139‑1 (MQ=255) aatTAAATCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGcc < 2:156295/141‑1 (MQ=255) aatTAAATCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGcc < 2:1007826/141‑1 (MQ=255) atTAAATCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCt > 2:579305/1‑141 (MQ=255) ttAAATCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCCGTTGGACACAAATATACATTCATCACATTGTCGCCtt > 1:313643/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCATTCGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTa > 1:237374/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTa > 2:142000/1‑141 (MQ=255) aTCTTTACGTCGGTCATAAATCATGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAAt < 2:936557/141‑1 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tGACATAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACcttctt > 1:832742/1‑141 (MQ=255) aTAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCTGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATCCATTCATCACATTGGCACCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTttatt < 3:11156/141‑1 (MQ=255) aTAACCTTCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTttatt < 1:648349/141‑1 (MQ=255) ttCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGatt < 1:676342/141‑1 (MQ=255) tCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGattt < 1:771897/141‑1 (MQ=255) tCATGATCTATTTCAGCAATGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGattt > 3:275323/1‑141 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1:925610/1‑141 (MQ=255) aTGTCATCCGTATGAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGATTTTTAATTTTTACGTCAACa < 2:39846/141‑1 (MQ=255) aTGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGATTTTTAATTTTTACGTCAACa < 4:16660/141‑1 (MQ=255) tGTCACCTGCATTAAATTAACCATTTTCAAATGTACTTGTTTTTTTTGTTGGATACAAATATCCATTCATCACATTGGCACCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGATTTTTAATTTTAACGTCAACAt > 4:169491/1‑141 (MQ=255) tGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGATTTTTAATTTTTACGTTAACAt > 1:579891/1‑141 (MQ=255) tGTCACCCGTATTAAAATAACCATTTTCAAACGTACCCGTTAAATCTGTTGGATACAAATATACATTCATCACATTGGCGCCTTTAATCATTAATTCTCCATGACCTTCTTTATTAGGATTTTTAATTTTTACGTCAACAt < 2:354996/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |