| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,016,103 | G→A | 5.4% | Y207Y (TAC→TAT) | tagH_2 ← | Teichoic acids export ATP‑binding protein TagH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,016,103 | 0 | G | A | 5.4% | 410.0 / 8.0 | 128 | Y207Y (TAC→TAT) | tagH_2 | Teichoic acids export ATP‑binding protein TagH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/53); new base A (4/3); total (72/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TTTTCCAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACATGATTTA > USA300TCH1516_ALE/2015964‑2016239 | ttttCCAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGt < 1:415448/141‑1 (MQ=255)ttttCCAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGCTCATGTTCTTGAAAATATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGt > 3:42589/1‑141 (MQ=255) gttCCAAACGAAAGCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGTGATTAGACTTAAGCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTATTAAAAAAACATGTGAAAACAAAGCTATGTa > 2:976784/2‑141 (MQ=255) tCCAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGt > 3:236598/1‑141 (MQ=255) tCCAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGt > 2:467897/1‑141 (MQ=255) cttttCTATATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGtt > 2:331506/5‑141 (MQ=255) ccAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGtt > 2:402094/1‑141 (MQ=255) cAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTa < 3:450424/141‑1 (MQ=255) ttttttCAAAGTTTTGAATTTCTTCTATTTAGTTTACACTTACTCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGTTTTATTTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACAAAGCTATGTAGTTACTCa > 2:53872/6‑141 (MQ=255) aaaTCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCTCGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACt < 2:578182/141‑1 (MQ=255) aaaTCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACt < 4:454100/141‑1 (MQ=255) aaaTCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACt < 1:638347/141‑1 (MQ=255) aaTCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACtt > 3:145377/1‑141 (MQ=255) aTCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTtg < 3:363027/141‑1 (MQ=255) tCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTtgt < 3:128680/141‑1 (MQ=255) cAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTtgtg > 2:301943/1‑141 (MQ=255) aaGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGaa < 4:178089/141‑1 (MQ=255) aGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGaaa > 2:543902/1‑141 (MQ=255) gTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAAt > 1:747676/1‑141 (MQ=255) ttttCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAAtt > 2:175416/1‑141 (MQ=255) ttttCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAAtt > 3:66223/1‑141 (MQ=255) tttCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAAttt < 3:12599/141‑1 (MQ=255) ttCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAAtttt < 2:778673/141‑1 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTa > 1:934856/1‑141 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTa > 2:609535/1‑141 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTa > 1:741948/1‑141 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTa > 1:1054354/1‑141 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTa < 1:616066/141‑1 (MQ=255) cAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTAt < 1:252576/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATc > 1:437911/1‑141 (MQ=255) tttttttTATTTTAGCCTTAATCGTTCACGTTCATGTTCTTTAAAAGAGGGAATAACTTTTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTTTTCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATatc < 2:331546/138‑1 (MQ=255) ttcttTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATatc > 2:480367/1‑141 (MQ=255) ttcttTAGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAGATTTTATCAATatc > 4:374739/1‑141 (MQ=255) tcttTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATatca < 3:284150/141‑1 (MQ=255) tcttTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATatca < 4:308260/141‑1 (MQ=255) tttGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATAtcatca > 2:736329/1‑141 (MQ=255) ttGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCAc > 3:52017/1‑141 (MQ=255) tttAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAAtt < 1:463590/141‑1 (MQ=255) aGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGac > 1:280873/1‑141 (MQ=255) gACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGaca < 4:230403/141‑1 (MQ=255) aCTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGacac > 1:308859/1‑141 (MQ=255) aCTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGacac < 2:570899/141‑1 (MQ=255) aaTCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATc > 2:836586/1‑141 (MQ=255) gATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTa < 1:2020/141‑1 (MQ=255) aTCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTGAATTGACCATTTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTaa > 1:702864/1‑141 (MQ=255) cACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAat < 2:217857/141‑1 (MQ=255) cACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAat > 2:217408/1‑141 (MQ=255) cACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAat < 1:87346/141‑1 (MQ=255) ttCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAat > 1:95922/1‑141 (MQ=255) tttAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAAtata < 3:397409/141‑1 (MQ=255) aaaaGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATc < 1:84108/141‑1 (MQ=255) aaGATGGAATATCTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCAt < 2:431546/141‑1 (MQ=255) aaGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCAt > 1:624337/1‑141 (MQ=255) gATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCAttt > 1:937166/1‑141 (MQ=255) gATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAAAGATGCTATATAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCAttt > 1:565856/1‑141 (MQ=255) tGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGt < 1:981561/141‑1 (MQ=255) ggAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGtt > 1:121504/1‑141 (MQ=255) tGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATc < 1:1021718/141‑1 (MQ=255) gTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTCTCAATCTCCTAACCAATAGACACACTCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCg > 1:99180/1‑141 (MQ=255) gTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCg > 2:409707/1‑141 (MQ=255) tttAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTa > 1:1005021/1‑104 (MQ=255) tttAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGc > 2:1041286/1‑141 (MQ=255) tttAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGc > 3:222552/1‑141 (MQ=255) tttAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGc > 3:222531/1‑141 (MQ=255) tttAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGc > 2:285935/1‑141 (MQ=255) tttAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGc < 2:987308/141‑1 (MQ=255) aGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGt > 3:136734/1‑141 (MQ=255) gTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGtt > 4:393545/1‑141 (MQ=255) aCCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCa < 2:1029522/141‑1 (MQ=255) aCCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCa < 1:900852/141‑1 (MQ=255) aCCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCa < 1:107978/141‑1 (MQ=255) ttCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATaaa > 2:876845/1‑141 (MQ=255) tCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAAt < 2:904723/141‑1 (MQ=255) cATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATtg < 1:1007740/141‑1 (MQ=255) cATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATtg < 1:282049/141‑1 (MQ=255) cTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTgtggt > 2:793282/1‑141 (MQ=255) ttAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTgtggtg < 2:521925/141‑1 (MQ=255) tGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTaaa > 2:406026/1‑141 (MQ=255) tGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGAGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTaaa > 1:573267/1‑141 (MQ=255) gACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAAt > 1:586902/1‑141 (MQ=255) gACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATAGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAAt > 2:874678/1‑141 (MQ=255) ccATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAg > 4:338782/1‑141 (MQ=255) cATGTGAAAACCATGCTATATAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTTTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTCAATAGt > 2:1038473/1‑141 (MQ=255) cATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCCCGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGt > 4:236952/1‑141 (MQ=255) cATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGt > 1:990851/1‑141 (MQ=255) tgtgAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCa < 3:348712/141‑1 (MQ=255) tgtgAAAACCAAGCTATATAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAAt < 1:35717/123‑1 (MQ=255) tgtgAAAACCAAGCTATATAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAAt > 2:35717/1‑123 (MQ=255) gtgAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCaa > 1:999280/1‑141 (MQ=255) gtgAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCaa < 2:299236/141‑1 (MQ=255) tgAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAAt < 2:265019/141‑1 (MQ=255) aaaCCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAAc > 3:393501/1‑141 (MQ=255) aaaCCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAAc > 1:479232/1‑141 (MQ=255) aaCCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACa < 3:256915/141‑1 (MQ=255) aCCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACAt > 2:645965/1‑141 (MQ=255) ccAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAACTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACATg > 2:860944/1‑141 (MQ=255) aaGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACATGAt < 2:1006745/141‑1 (MQ=255) aaGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACATGAt > 2:699262/1‑141 (MQ=255) gCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACATGAttt > 2:696538/1‑141 (MQ=255) cTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCGCGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTAAATAACATGATTTa > 1:854453/1‑141 (MQ=255) | TTTTCCAATCTAAATCAAAGTTTTCAATTTCTTCTTTTGAGTTTAGACTTAATCGATCACGTTCATGTTCTTTAAAAGATGGAATAACTTGTTTAAGTGACCCTTCCATTCTTAATTGACCATGTGAAAACCAAGCTATGTAGTTACTCACTTGTGAAATTTTATCAATATCATCACCAATTGACACAATCGTTAAATTATTTTCAATATAATCATTTGTTAATTCAATCGCACGTTCCATAAATTGTGGTGTTAAATAGTCAATAACATGATTTA > USA300TCH1516_ALE/2015964‑2016239 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |