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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,102,773 | 0 | A | G | 5.1% | 409.1 / 6.9 | 134 | intergenic (‑233/+83) | USA300HOU_RS10625/USA300HOU_RS10630 | hypothetical protein/hypothetical protein |
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Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
ACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCTTCCGCAGTGACTTGACCATCACTATTGATTGATACAATATTCGTTTGATCTGTTGTGTATTTCAATAACTTACTTTGATTAGATGGCTCTACTACAACATTTAAATCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTAAAATT > USA300TCH1516_ALE/2102633‑2102913 | aCATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCTTCCGCAGTGACTTGACCATCACTATTGATTGATACAATATTCGTTTGATCTGTTGTGTATTTCAATAACTTACTTTGATTAGATGGCTCTACTACAACATTTAAATCa > 1:79903/1‑141 (MQ=255)aCATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCTTCCGCAGTGACTTGACCATCACTATTGATTGATACAATATTCGTTTGATCTGTTGTGTATTTCAATAACTTACTTTGATTAGATGGCTCTACTACAACATTTAAATCa > 1:983022/1‑141 (MQ=255)aCATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCGTCCGCAGTGACTTGACCATCACTATTGATTGATACAATATTCGTTTGATCTGTTGTGTATTTCAATAACTTACTTTGATTAGATGGCTCTACTACAACATTTAAATCa > 2:323152/1‑141 (MQ=255) cTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCTTCCGCAGTGACTTGACCATCACTATTGATTGATACAATATTCGTTTGATCTGTTGTGTATTTCAATAACTTACTTTGATTAGATGGCTCTACTACAACATTTAAATCATATgtgt > 3:409099/1‑141 (MQ=255) 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tAAATCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCt > 2:974955/1‑141 (MQ=255) tAAATCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCt > 1:608137/1‑141 (MQ=255) aaTCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTaa > 1:662486/1‑141 (MQ=255) aaTCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTaa > 2:734620/1‑141 (MQ=255) aTCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATTCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTaaa > 2:632921/1‑141 (MQ=255) aTCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTaaa < 3:344863/141‑1 (MQ=255) tCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTaaaa < 1:527068/141‑1 (MQ=255) cATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTAAAAt < 4:262033/141‑1 (MQ=255) cATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTAAAAt < 1:173387/141‑1 (MQ=255) atatGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTAAAAtt > 3:398261/1‑141 (MQ=255) atatGTGTTGCCAACTCTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGCCTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTAAAAtt > 4:155956/1‑141 (MQ=255) | ACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCTTCCGCAGTGACTTGACCATCACTATTGATTGATACAATATTCGTTTGATCTGTTGTGTATTTCAATAACTTACTTTGATTAGATGGCTCTACTACAACATTTAAATCATATGTGTTGCCAACTTTTAGTGTTTTAAAACTATCTGGTATATTAACCGACTTTATCTCAGTTTCCGATGAAGCCGGTTGCGTTACAAAGTTTCGCCGTTATCCTCTGTCACGTTTCCAGTATATTCTTCGCCTAAAATT > USA300TCH1516_ALE/2102633‑2102913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |