| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,119,129 | T→C | 5.9% | M369V (ATG→GTG) | smc_4 ← | Chromosome partition protein Smc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,119,129 | 0 | T | C | 5.9% | 449.6 / 11.8 | 148 | M369V (ATG→GTG) | smc_4 | Chromosome partition protein Smc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/65); new base C (7/2); total (81/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ATTATTGTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTATTTT > USA300TCH1516_ALE/2118989‑2119269 | attattGTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCat > 1:386621/1‑141 (MQ=255) ttattGTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCata > 2:493051/1‑141 (MQ=255) attGTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATc < 1:457084/141‑1 (MQ=255) tGTCATCCTCTCACTTCTCAATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCa < 2:318502/141‑1 (MQ=255) tGTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCa > 1:1017113/1‑141 (MQ=255) ggcATCCTCTAACTGCTCCATGAAGAGCTGTATTTTCTTGTCTTCTGAAATAAGGTGCGTGGTAGATGTTTGTATTGTGTCTAATTCTGTCGAGTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCGCTTGCCATATCCAc > 4:199989/3‑141 (MQ=255) gTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCAc < 3:79750/141‑1 (MQ=255) gTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCAc < 2:590470/141‑1 (MQ=255) gTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCAc > 1:450862/1‑141 (MQ=255) gTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCAGTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCAc < 2:528330/141‑1 (MQ=255) ctctAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGCTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTc < 2:844811/141‑1 (MQ=255) aaCTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATTATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACt < 2:600202/141‑1 (MQ=255) aaCTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACt > 1:773443/1‑141 (MQ=255) cTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTgg < 2:1007532/141‑1 (MQ=255) ttCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGt < 1:66685/141‑1 (MQ=255) tctcGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTa < 1:469768/141‑1 (MQ=255) tcGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAAc > 2:730200/1‑141 (MQ=255) atgatTGGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGACATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTTTTTACATTGAATTTCTGTAAAGCTTTTTCTCTTGCCTCATTCACTTGTTCAGTTGGTAACtgt > 1:575017/1‑139 (MQ=255) atgatTGGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTTTTTACATTGAATTTCTGTAAAGCTTTTTCTCTTGCCTCATTCACTTGTTCAGTTGGTAACtgt > 1:139581/1‑139 (MQ=255) atgatTGGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTTTTTACATTGAATTTCTGTAAAGCTTTTTCTCTTGCCTCATTCACTTGTTCAGTTGGTAACtgt > 1:139559/1‑139 (MQ=255) atgatTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACttt < 2:624067/141‑1 (MQ=255) atgatTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACttt < 2:929045/141‑1 (MQ=255) gatTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTg < 4:63426/141‑1 (MQ=255) ttAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGAc > 1:51040/1‑141 (MQ=255) tATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCacaaca < 3:325290/141‑1 (MQ=255) ttttCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACaacaac < 2:384062/141‑1 (MQ=255) ttttCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACaacaac > 1:189716/1‑141 (MQ=255) tttCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACt < 3:260703/141‑1 (MQ=255) tCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACtac > 2:735695/1‑141 (MQ=255) cTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACtaca > 1:651713/1‑141 (MQ=255) cTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACtaca > 1:37001/1‑141 (MQ=255) tGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACtacata > 3:283525/1‑141 (MQ=255) tGCCTTCTGAAATAATGTGATCGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTTCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACtacata > 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taatGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCaa > 2:319376/1‑141 (MQ=255) gtgATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGata > 3:6611/1‑141 (MQ=255) gtgATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGata > 1:305454/1‑141 (MQ=255) tgattgatAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGatat < 2:974177/141‑1 (MQ=255) gattgatAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATAtt > 3:312309/1‑141 (MQ=255) tgatAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCaa > 2:705960/1‑141 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1:725326/141‑1 (MQ=255) tttCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGAtt < 4:426523/141‑1 (MQ=255) tCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATAAAATTTTAATCCTTTATGAtttt > 1:9049/1‑141 (MQ=255) cTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGATTTTTCTTTTTTACTTTTTAATACTTTATTAttttt > 2:467720/1‑140 (MQ=255) tGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCt < 2:573043/141‑1 (MQ=255) tGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCt < 4:349252/141‑1 (MQ=255) gCAATGCATTTTCTCTTGCCATTTCTGACTGGTGATCTGGCATCTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCta < 3:242899/141‑1 (MQ=255) aaTGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCtaat < 3:58551/141‑1 (MQ=255) aTGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCtaata < 1:600715/141‑1 (MQ=255) tctcTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTa > 1:212249/1‑141 (MQ=255) tctcTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTa > 2:409616/1‑141 (MQ=255) tctTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACg < 1:936679/141‑1 (MQ=255) ttGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTc < 1:951531/141‑1 (MQ=255) tGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCt > 2:223611/1‑141 (MQ=255) ccATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCttt < 2:973203/141‑3 (MQ=255) ccATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTAt < 2:506157/141‑1 (MQ=255) atatCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTAttt < 1:514260/141‑1 (MQ=255) | ATTATTGTCATCCTCTAACTTCTCGATGATTAGCTTTATTTTCTTGCCTTCTGAAATAATGTGATTGATAGATGTTTGTATTGTTTCTAATTCTTTCGATTTGCTAGCATTGAATTTCTGCAATGCTTTTTCTCTTGCCATATCCACTTGTTCAACTGGTAACTTTTGACCACAACAACTACATACATTGTCATCAAGATATTCAAATTTTTGATTTTTAGCTTTTTCTAAATCACTTTTTAATCCTTTATGATTTTCTAATAATTGATTACGTCTATTTT > USA300TCH1516_ALE/2118989‑2119269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |