| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,203,709 | T→C | 5.3% | K442K (AAA→AAG) | murF_2 ← | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,203,709 | 0 | T | C | 5.3% | 341.8 / 7.1 | 112 | K442K (AAA→AAG) | murF_2 | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/54); new base C (4/2); total (56/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AAAAGAAAAAGGCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCATAAATATACTTC > USA300TCH1516_ALE/2203569‑2203847 | aaaagaaaaagGCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAAt > 4:366074/1‑141 (MQ=255) aaaagGCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATa > 1:280793/1‑141 (MQ=255) aaagGCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATAc > 2:90486/1‑141 (MQ=255) aagGCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATAcc > 2:78474/1‑141 (MQ=255) agGCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCa < 2:433724/141‑1 (MQ=255) ggCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCAc > 4:169001/1‑141 (MQ=255) gCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACg > 2:849096/1‑141 (MQ=255) cAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGt < 1:382758/141‑1 (MQ=255) aTTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCGCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACAACTTCTTCTAACTTCATACCACGTGa > 1:1085967/1‑141 (MQ=255) ttttGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGAt > 2:872679/1‑141 (MQ=255) tGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCt < 2:1076412/141‑1 (MQ=255) tGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCt > 2:383937/1‑141 (MQ=255) gTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCtt > 2:949936/1‑141 (MQ=255) gTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATCTCATACCACGTGATCCtt > 1:466400/1‑141 (MQ=255) aTTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTa < 4:153817/141‑1 (MQ=255) aTTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTa > 2:600520/1‑141 (MQ=255) tttACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTGTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTaa > 1:614075/1‑141 (MQ=255) acacaAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCGCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACAACTTCTTCTAACTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAAt > 3:357092/1‑141 (MQ=255) cacaAACCCACCTCTTGTTTGTAATCTGTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTAGAAGTAAAAGGTCCCTCTACTAATCTCTATGAAATTAAAGGATTTACCTCTTCTACTAATTTCATACCACGTGGTCCTTTAACTAAtg < 4:48261/141‑2 (MQ=255) cacaAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATa < 2:741699/141‑1 (MQ=255) caAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATaca > 1:819756/1‑141 (MQ=255) ccaccTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTc < 1:754500/141‑1 (MQ=255) ccaccGCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTc < 3:332497/141‑1 (MQ=255) ccTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATg < 4:10780/141‑1 (MQ=255) cttcttTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATgcgc < 1:987702/141‑1 (MQ=255) cttTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCttt < 2:507296/141‑1 (MQ=255) ttGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCAAGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTa < 3:409856/141‑1 (MQ=255) gTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTaaa > 3:101850/1‑141 (MQ=255) gTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTaaa > 2:122513/1‑141 (MQ=255) aTCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGTTCATGCGCTTTTAAATct > 2:20552/1‑140 (MQ=255) tCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGt < 1:351847/141‑1 (MQ=255) tCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGt < 1:850782/141‑1 (MQ=255) cTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCATTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGtt < 4:397386/141‑1 (MQ=255) cTTTTAGTATTAATTAAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGtt > 1:189600/1‑141 (MQ=255) tAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTttatt > 1:608060/1‑141 (MQ=255) aGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAGGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTttatta < 1:586686/141‑1 (MQ=255) aGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTttatta < 2:152303/141‑1 (MQ=255) gTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTaa < 1:1003193/141‑1 (MQ=255) gTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTaa < 1:483565/141‑1 (MQ=255) aTTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTaaaa > 1:61090/1‑141 (MQ=255) ttAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAAc < 2:709312/141‑1 (MQ=255) tAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACt > 1:966755/1‑141 (MQ=255) aaTTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACtt > 1:86192/1‑141 (MQ=255) aTTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTGNCTCAACNANTCTCTAGGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACTACGTGATCATGTAACTAATACACGTTCATGCGCGTTTGAATCGTTTATTAAAACTTc > 3:194679/1‑141 (MQ=255) tCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTa < 3:102946/141‑1 (MQ=255) aaaTCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATc < 3:176803/141‑1 (MQ=255) aTCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCat > 1:397247/1‑141 (MQ=255) aTCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTACCat > 3:352170/1‑141 (MQ=255) tCATTTTTATAAGAACGCGGGCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCata < 1:58409/141‑1 (MQ=255) cATTTTTATAAGTAAAAGGTCGCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTAACAACTTCTTCTAACTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGCTTGTTAAAACTTCTATCataa > 2:280799/1‑140 (MQ=255) aTTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATc > 2:528545/1‑141 (MQ=255) tttATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTc < 1:839814/141‑1 (MQ=255) tataAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCtt > 2:89653/1‑141 (MQ=255) tataAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCtt > 1:889561/1‑141 (MQ=255) ataAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCttt > 2:532503/1‑141 (MQ=255) ataAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCttt < 2:939813/141‑1 (MQ=255) ataAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCttt < 2:939817/141‑1 (MQ=255) aaGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAg > 4:152342/1‑141 (MQ=255) aGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGa > 2:901484/1‑141 (MQ=255) aGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGa > 2:307558/1‑141 (MQ=255) tAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAAt < 2:824154/141‑1 (MQ=255) aaaaGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAAtt < 2:501913/141‑1 (MQ=255) aGGACCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCAATTACCACTTCTTCTAATGTCAGACCACTTGAGCCTTGAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGCTGAATAAAACTTCTAACAAATGGTCTTTAGAATTGag < 4:153376/141‑2 (MQ=255) ccTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGtgtt < 2:26722/141‑1 (MQ=255) cTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGtgttg < 1:833696/141‑1 (MQ=255) cTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTATATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGtgttg < 4:41277/141‑1 (MQ=255) cTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCATTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGtgttg < 1:1029772/141‑1 (MQ=255) tCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACCTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGtgttgt > 2:688117/1‑141 (MQ=255) cGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGtgttgtc < 1:1029615/141‑2 (MQ=255) cGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTtgtg < 1:648920/141‑1 (MQ=255) tAATCTCTATGAAATTAAAGTATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCttt < 2:87921/141‑1 (MQ=255) tAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCttt < 4:422164/141‑1 (MQ=255) aTCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCttttt < 3:366074/141‑1 (MQ=255) tctcTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAGCTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTTTTTTGCTTTTTc > 4:424285/1‑141 (MQ=255) ctctATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCg > 1:461509/1‑141 (MQ=255) ctATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGAc > 1:602677/1‑141 (MQ=255) gAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGt < 2:962075/141‑1 (MQ=255) gAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGt < 2:635117/141‑1 (MQ=255) aaTTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTg > 4:238986/1‑141 (MQ=255) ttAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCt < 2:326038/141‑1 (MQ=255) aaaGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTgg < 3:161264/141‑1 (MQ=255) aaGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGc < 2:210238/141‑1 (MQ=255) aGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCttt > 2:332532/1‑102 (MQ=255) aGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGcc > 2:245797/1‑141 (MQ=255) gCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGccc < 1:568476/141‑1 (MQ=255) gCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGccc < 4:278620/141‑1 (MQ=255) gCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGAAAGAACGACATGTTGCTGGccc > 1:555710/1‑141 (MQ=255) aTTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGa > 1:231892/1‑141 (MQ=255) tttACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGaa > 3:344157/1‑141 (MQ=255) tttACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGaa > 3:343386/1‑141 (MQ=255) tttACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGaa < 1:814967/141‑1 (MQ=255) tttACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGaa < 2:109662/141‑1 (MQ=255) tACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATc < 1:949936/141‑1 (MQ=255) ccACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGACTCAt > 2:80899/1‑141 (MQ=255) ccACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCAt > 1:677333/1‑141 (MQ=255) caaCTTCTTCTAACTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGCTTGTTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCAt > 4:27733/3‑141 (MQ=255) cttcttCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCATaaa < 1:1011715/141‑1 (MQ=255) ttcttcTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCATAAat > 2:912944/1‑141 (MQ=255) ttcttcTAACTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGCTTGTTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCATAAat < 4:357092/141‑1 (MQ=255) ctAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCATAAATATACt > 3:167188/1‑141 (MQ=255) | AAAAGAAAAAGGCAATTTTGTATTTACACACAAAACCACCTCTTCTTTGTAATCTTTTAGTATTAATTCAAATCATTTTTATAAGTAAAAGGTCCCTCGACTAATCTCTATGAAATTAAAGCATTTACCACTTCTTCTAATTTCATACCACGTGATCCTTTAACTAATACACGGTCATGCGCTTTTAAATCGTTTATTAAAACTTCTATCATATCGTCTTTAGAATTGAAGTGTTGTGCTTTTTCGACATGTTGCTGGCCCGAATCATAAATATACTTC > USA300TCH1516_ALE/2203569‑2203847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |