| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,282,111 | G→T | 5.4% | T141K (ACA→AAA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,282,111 | 0 | G | T | 5.4% | 519.9 / 3.6 | 157 | T141K (ACA→AAA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/60); new base T (9/2); total (95/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCTTTAGCTTCATC > USA300TCH1516_ALE/2281972‑2282250 | tGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCtgt > 3:96699/1‑141 (MQ=255) ggTTGCGTGCTTTTAATTGTATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCtgtt < 2:808032/141‑1 (MQ=255) ggTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCtgtt < 2:1037206/141‑1 (MQ=255) gTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCg < 4:118974/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGt > 2:971318/1‑141 (MQ=255) tGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGt > 2:971327/1‑141 (MQ=255) gCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGtt > 3:94548/1‑141 (MQ=255) cTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTTCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTc < 1:632677/141‑1 (MQ=255) tttGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCt > 1:159909/1‑141 (MQ=255) attgaattCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCa > 2:106723/1‑141 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1:320718/1‑141 (MQ=255) cTTTCCAGCGTCTTTCGCGTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGAt < 2:263018/141‑1 (MQ=255) cTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTCACTGCTGTTGCTAATTGTTGAACAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGAt > 1:541690/1‑141 (MQ=255) tttCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATa > 1:837129/1‑141 (MQ=255) ttCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATaa > 1:495393/1‑141 (MQ=255) ccAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACa > 1:406921/1‑141 (MQ=255) aGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAtt > 2:259591/1‑141 (MQ=255) gCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAttt > 1:620116/1‑141 (MQ=255) gCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAttt > 4:394063/1‑141 (MQ=255) gCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAttt > 1:304802/1‑141 (MQ=255) gCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAttt > 2:660769/1‑141 (MQ=255) cGTGTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAtttg < 4:226453/141‑1 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cacCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCTTTTTTTTTATTTCTATAGATAATAGTTTTATAGCTGCTTCTTATTCCTCTGATTTAGTCTTCTGTTAATTTTTTATAATATTTATTTTATTTGCtttttttt > 2:623655/1‑135 (MQ=255) cacCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAAtt > 2:630569/1‑141 (MQ=255) cATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGAt < 3:333529/141‑1 (MQ=255) atcatcAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAAt > 1:732127/1‑141 (MQ=255) tcatcaGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTTTTTTTTTTTACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTTTTCTGTTGTAGCGTTCTGCTCATTATTGTTAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAAtt > 2:523149/1‑141 (MQ=255) catcaGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAAttt < 2:539170/141‑1 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tgctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAtt < 4:160550/141‑1 (MQ=255) gctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAttt > 2:35551/1‑141 (MQ=255) gctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAttt < 2:598175/141‑1 (MQ=255) gctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAttt < 2:598188/141‑1 (MQ=255) cttcttTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTg > 1:519928/1‑141 (MQ=255) cttcttTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTg > 1:404249/1‑141 (MQ=255) ttcttTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGc < 2:921677/141‑1 (MQ=255) tttttCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCttt > 4:259301/1‑141 (MQ=255) tgttgtAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCTTTAGCTtcatc < 4:170085/141‑1 (MQ=255) tgttgtAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCTTTAGCTtcatc < 3:161534/141‑1 (MQ=255) tgttgtAGCGTTATGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCTTTAGCTtcatc < 1:953277/141‑1 (MQ=255) | TGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCTTTAGCTTCATC > USA300TCH1516_ALE/2281972‑2282250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |