| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,284,800 | T→C | 6.2% | N430D (AAT→GAT) | ebh_4 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,284,800 | 0 | T | C | 6.2% | 418.5 / 10.9 | 140 | N430D (AAT→GAT) | ebh_4 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/62); new base C (4/5); total (73/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2284660‑2284940 | tttAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAatt > 4:442593/1‑141 (MQ=255) tgtgtgtACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTaa < 3:363080/141‑1 (MQ=255) tgtgtgtACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTaa < 4:27751/141‑1 (MQ=255) tgtgtACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACg < 1:33440/141‑1 (MQ=255) gtACCACGTGCCTCTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTaa > 2:496382/1‑141 (MQ=255) aCCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGt < 2:467937/141‑1 (MQ=255) aCCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGt < 3:59237/141‑1 (MQ=255) ccACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGtt > 2:797738/1‑141 (MQ=255) aCGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTac > 2:571489/1‑141 (MQ=255) aCGTGCAGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTATCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTac > 2:85459/1‑141 (MQ=255) cGTGCCGTTGTCCCAACTTGGCTTGTAAATGTAACATTATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGGCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTaca > 2:914396/1‑141 (MQ=255) cGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGCATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTaca > 3:390767/1‑141 (MQ=255) cGTGCCGGTGACGCACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTATGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTaca > 2:282908/1‑141 (MQ=255) gCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCt < 4:264203/141‑1 (MQ=255) gCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCt > 4:439794/1‑141 (MQ=255) gCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCt > 2:880744/1‑141 (MQ=255) gCCGATGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGATGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCt > 1:1004996/1‑141 (MQ=255) gTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTCACTTTATTTGCATTTTGATAATAATTAACAGTCATATTTATCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTtgt < 1:169200/141‑1 (MQ=255) gTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTtgt > 2:955113/1‑141 (MQ=255) gTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGt < 2:750572/141‑1 (MQ=255) tCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTa < 3:66725/141‑1 (MQ=255) tCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCAGTTTGATTATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTa > 1:934507/1‑141 (MQ=255) cacaCCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTaa < 2:195490/141‑1 (MQ=255) acCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGt < 3:220329/141‑1 (MQ=255) ccTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGtt < 2:248508/141‑1 (MQ=255) ccTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGtt > 4:124345/1‑141 (MQ=255) gCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGt > 2:675730/1‑117 (MQ=255) tAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTCCATAtt > 4:345671/1‑141 (MQ=255) aaTGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTa > 4:348518/1‑141 (MQ=255) tGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTaaa > 1:110561/1‑141 (MQ=255) tGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATAAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTaaa < 2:581096/141‑1 (MQ=255) gTAACTTTATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAAt > 1:965894/1‑141 (MQ=255) aaCTTTATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTg < 2:319043/141‑1 (MQ=255) aCTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGtt < 4:289095/105‑1 (MQ=255) aCTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGtt > 3:289095/1‑105 (MQ=255) cTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGAt < 1:265463/141‑1 (MQ=255) tttATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATc > 1:114716/1‑141 (MQ=255) tttATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATc > 2:764832/1‑141 (MQ=255) ttATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCt > 2:558391/1‑141 (MQ=255) aTTTGCAGTTTTATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAAGGAATGTTGTCGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGc < 1:377738/141‑1 (MQ=255) aTTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGc < 3:165257/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCt < 3:440067/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCt > 1:390718/1‑141 (MQ=255) tGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCttt > 4:24342/1‑141 (MQ=255) gCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCtttt < 4:201267/141‑1 (MQ=255) cATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTa < 2:1000032/141‑1 (MQ=255) cATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTa < 2:1000261/141‑1 (MQ=255) ttGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAAAGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTaaaaa < 2:885685/141‑4 (MQ=255) gATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAg > 1:221180/1‑141 (MQ=255) gATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAg > 1:636747/1‑141 (MQ=255) aTAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCAcc < 4:385202/141‑1 (MQ=255) aaTTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCaa > 1:287593/1‑141 (MQ=255) ttAACAGTCATATTTTTCACTCCTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCaaaa < 1:429206/141‑1 (MQ=255) tAACAGTCATATTGTTCTATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAAt < 2:205311/141‑1 (MQ=255) cAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAGATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTAc > 1:92495/1‑141 (MQ=255) aGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTAcc > 2:978221/1‑141 (MQ=255) ttCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCa < 2:551468/140‑1 (MQ=255) tCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCAt > 1:729689/1‑141 (MQ=255) tCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCAt > 1:586556/1‑141 (MQ=255) tatTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGt < 4:182115/141‑1 (MQ=255) atTTTTCATTACTTTTCTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGtt > 2:556000/1‑141 (MQ=255) tttttCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTa < 1:616030/141‑1 (MQ=255) tttttCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTa < 1:978135/141‑1 (MQ=255) tttttCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTa > 2:1042888/1‑141 (MQ=255) cAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGAt < 3:112233/141‑1 (MQ=255) tactgtactgTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTc < 1:1038623/141‑1 (MQ=255) tactgtactgTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTc > 2:852545/1‑141 (MQ=255) tctgttctgtCTTCATTACCATTCGGGAATGTTGTCGTTAATGAATTATTAACTTAAGTTACACCTTGTGTTAATGTTACTTTATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCATCAAAATTACCATAGTTACCGATTTCa > 2:299012/2‑141 (MQ=255) actgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTAtt < 2:338029/141‑1 (MQ=255) ctgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTa > 2:326020/1‑141 (MQ=255) ctgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTCTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTa > 1:854843/1‑141 (MQ=255) gtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTTCTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAAt > 2:625671/1‑141 (MQ=255) gtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAAt > 4:324973/1‑141 (MQ=255) cTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAg < 3:305873/141‑1 (MQ=255) ttCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGt > 2:621509/1‑141 (MQ=255) aTTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTCCCGATTTCAGTATTAATAGtata < 1:1068349/141‑1 (MQ=255) aTTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGtata < 3:428999/141‑1 (MQ=255) tACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATAtt < 1:92095/141‑1 (MQ=255) tACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATAtt > 4:322360/1‑141 (MQ=255) tACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATAtt > 2:206811/1‑141 (MQ=255) ccATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCt > 3:46719/1‑141 (MQ=255) ccATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCt < 1:599203/141‑1 (MQ=255) ccATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCt > 2:83175/1‑141 (MQ=255) ggAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGt < 2:507340/141‑1 (MQ=255) aaTGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTa < 2:738332/141‑1 (MQ=255) aaTGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTa > 2:7398/1‑141 (MQ=255) aTGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAg > 2:474312/1‑141 (MQ=255) gttgtAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGtt < 2:194992/141‑1 (MQ=255) gttgtAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGtt < 3:90623/141‑1 (MQ=255) gtAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCt > 4:373597/1‑141 (MQ=255) tAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCtt > 2:13238/1‑141 (MQ=255) aGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCttt > 1:189255/1‑141 (MQ=255) aGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCttt > 1:142886/1‑141 (MQ=255) gTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTc > 4:249592/1‑141 (MQ=255) aaTGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGt > 2:421710/1‑141 (MQ=255) aaTTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTa < 1:326020/141‑1 (MQ=255) attattAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCCTATTGAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTaa > 1:792635/1‑141 (MQ=255) tattaACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAt < 1:734200/141‑1 (MQ=255) tattaACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAt > 2:701948/1‑141 (MQ=255) tattaACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATAACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAt < 2:802607/141‑1 (MQ=255) | TTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2284660‑2284940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |