| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 124,550 | G→A | 6.1% | D229N (GAT→AAT) | norG → | HTH‑type transcriptional regulator NorG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 124,550 | 0 | G | A | 6.1% | 397.0 / 11.2 | 132 | D229N (GAT→AAT) | norG | HTH‑type transcriptional regulator NorG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/61); new base A (3/5); total (65/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TCAACTTTTATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACATAATATT > USA300TCH1516_ALE/124411‑124687 | cAACTTTTATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGAt < 1:98502/141‑1 (MQ=255) cAAATTTTATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGAt < 4:209792/141‑1 (MQ=255) aCTTTTATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATAc > 2:1050343/1‑141 (MQ=255) cTTTTATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATAcc < 2:531871/141‑1 (MQ=255) cTTTTATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATAcc < 4:266842/141‑1 (MQ=255) ttATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTTTAATCAAATTAATGAAATTGATACcatc < 2:541762/141‑1 (MQ=255) tctcTTGGGTTTTTAGCCCAAGACGCCATAATAATTACGAATCCACCATCTTATATTATAAATACTCTTGCTTTTTAGCAATTTAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCAtt < 1:541986/141‑1 (MQ=255) tCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTCCACTCCACTTCCTGAAATTGATCCcaccctc > 2:287822/1‑136 (MQ=255) ccTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCAtt < 1:1001070/140‑1 (MQ=255) cTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTg < 1:760513/141‑1 (MQ=255) cTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTg > 4:396600/1‑141 (MQ=255) cTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTAGAATAAACAATCATATATTCAATCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACaatcatag > 2:322261/1‑139 (MQ=255) ttGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATa > 1:421037/1‑141 (MQ=255) gggTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGa < 2:806134/141‑1 (MQ=255) tttAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATttat > 3:92335/1‑141 (MQ=255) tttAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATttat > 1:583465/1‑141 (MQ=255) tttAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATttat < 2:402398/141‑1 (MQ=255) ttAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTGGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATttatt < 1:716187/141‑1 (MQ=255) ttAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATttatt < 3:292310/141‑1 (MQ=255) ttAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATttatt < 2:991256/141‑1 (MQ=255) aGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGATTTATTaa > 4:439507/1‑141 (MQ=255) ggTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAAt > 4:311285/1‑141 (MQ=255) ggTCAAGATACTATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATAAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAAt > 2:685249/1‑141 (MQ=255) gTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAAtt > 1:460368/1‑141 (MQ=255) tCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAAttt < 1:677994/141‑1 (MQ=255) cAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAAtttt > 1:390542/1‑141 (MQ=255) aaGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTa < 1:856859/141‑1 (MQ=255) aGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTaa < 1:154605/141‑1 (MQ=255) ccATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATa < 2:797549/141‑1 (MQ=255) ccATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATa > 3:296485/1‑141 (MQ=255) atTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGAtt > 1:1009007/1‑141 (MQ=255) tCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTtat > 1:448248/1‑141 (MQ=255) aTACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAg < 3:190331/141‑1 (MQ=255) acCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAAcc < 2:925996/141‑1 (MQ=255) acCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAAcc < 2:282035/141‑1 (MQ=255) acCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAAcc < 1:959538/141‑1 (MQ=255) ccATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCt > 1:945900/1‑141 (MQ=255) atcatATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAg > 1:413203/1‑141 (MQ=255) tcatATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGACTTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAAGTGATACCATCATTGATAGATTTANTAANTTTANAAATAAAGCGNTTTATATAGAACCTAgg < 1:705972/141‑1 (MQ=255) atatTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTta < 1:457382/141‑1 (MQ=255) tatTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTtaa > 1:675784/1‑141 (MQ=255) tatTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTtaa > 4:298089/1‑141 (MQ=255) ttCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTtaata > 3:59045/1‑141 (MQ=255) ttCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTtaata > 4:177937/1‑141 (MQ=255) ttCACTCTACAAATGTTTTTGAGAAATTGGACTTTTGTCATATTTATGTTCCTTAGAATCAAATTAATGAGATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTAATATAGAACATATGTTgaata > 4:128910/1‑141 (MQ=255) tCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTtaataa < 2:580491/141‑1 (MQ=255) cACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAAc > 2:866889/1‑141 (MQ=255) ctctACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAAccc > 2:206569/1‑141 (MQ=255) ctctACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGa > 2:258078/1‑88 (MQ=255) ctctACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGa < 1:258078/88‑1 (MQ=255) tctACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCg > 1:929832/1‑141 (MQ=255) ctACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGa < 2:925571/141‑1 (MQ=255) ctACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGa > 4:83608/1‑141 (MQ=255) aaaTGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACGATCGTTGATAGATTGATGAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATATAACCTAGGTTTAATAACCCGACAgg > 1:918240/1‑141 (MQ=255) aaaTGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAgg < 2:118655/141‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAgg < 2:118724/141‑1 (MQ=255) aTGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTc < 2:618632/141‑1 (MQ=255) aTGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTc > 4:296135/1‑141 (MQ=255) tGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCg < 3:207556/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCg < 3:353731/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCg < 1:676186/141‑1 (MQ=255) gTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGt > 1:801913/1‑141 (MQ=255) ttttGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTc < 3:128060/141‑1 (MQ=255) ttttGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTc < 3:208643/141‑1 (MQ=255) tttGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCt < 1:240812/141‑1 (MQ=255) tttGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCt < 3:15302/141‑1 (MQ=255) tttGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCCATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCt < 3:215220/141‑1 (MQ=255) tGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCttt < 2:21117/141‑1 (MQ=255) tGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCttt < 3:152526/141‑1 (MQ=255) gAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTa < 2:87378/141‑1 (MQ=255) gAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTa > 1:729828/1‑141 (MQ=255) gAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTAATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTa < 3:167924/141‑1 (MQ=255) ttGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAAt > 4:25106/1‑141 (MQ=255) aTTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATTACATGCAGACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGc < 1:826862/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGc < 3:454767/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATAAAATTAATGAAATTGATACCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAAAATAAAGCGATTTATATACCACCTAGGTGTAATAACCCGACAGGGCGTTCTTTAACGaaaaaaa < 4:233381/141‑6 (MQ=255) ttttAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTCATTTTACAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCa < 3:409867/141‑1 (MQ=255) tAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCaaaa > 1:963746/1‑141 (MQ=255) aGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAg > 3:203171/1‑141 (MQ=255) aGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAg > 1:590122/1‑141 (MQ=255) tatTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGaaaaa < 3:83608/141‑1 (MQ=255) gATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAACGAAAAAtata > 2:711006/1‑141 (MQ=255) gATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTNCTTTAACGAATGNGCAAAAGAAAAAtata < 1:707633/141‑1 (MQ=255) aTGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATaa < 1:888172/141‑1 (MQ=255) ccTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACt > 2:892601/1‑141 (MQ=255) ataataAAATTAATGAAAGTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATAAAAAAAAAAAAAATATAATTACTtata < 2:540016/141‑1 (MQ=255) taataaAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATGAAGCGATTTATATAGAACCTCGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGAAAAAGAAAAATATAATTACTTATAg < 4:224600/141‑1 (MQ=255) aTCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCg > 1:147736/1‑141 (MQ=255) cAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGaa < 1:54210/141‑1 (MQ=255) aaaTTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGaaa > 2:443236/1‑141 (MQ=255) aTTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGa < 1:524348/141‑1 (MQ=255) ttAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGAc > 1:87683/1‑141 (MQ=255) ttAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAAAGAGAAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGAc < 2:752541/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGTACCTAGGTTTAATAACCCTATTGGTCGTTCTTTATCGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACat > 1:590458/1‑141 (MQ=255) gAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACataat > 3:328453/1‑141 (MQ=255) gAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACataat < 1:316824/141‑1 (MQ=255) aaaTTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATCGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACataata > 3:8043/1‑141 (MQ=255) aaaTTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACataata > 3:8229/1‑141 (MQ=255) aaTTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACATAatat > 4:105017/1‑141 (MQ=255) aTTGATACCATAATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACATAATAtt < 2:489493/141‑1 (MQ=255) | TCAACTTTTATCTATTGGGTTTTTAGGTCAAGATGCCATAATAATTTCGAATACACCATCATATATTCACTCTACAAATGTTTTTGAGCAATTGAATTTTAGACATATTGATGTTCCTTATAATCAAATTAATGAAATTGATACCATCATTGATAGATTTATTAATTTTAAAAATAAAGCGATTTATATAGAACCTAGGTTTAATAACCCGACAGGTCGTTCTTTAACGAATGAGCAAAAGAAAAATATAATTACTTATAGCGAAAGACATAATATT > USA300TCH1516_ALE/124411‑124687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |