| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,394,482 | T→A | 6.2% | D27V (GAT→GTT) | moaB ← | Molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,394,482 | 0 | T | A | 6.2% | 349.1 / 10.5 | 113 | D27V (GAT→GTT) | moaB | Molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/62); new base A (3/4); total (46/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AATATCTTCTTCTAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATAAATTCATTAGATG > USA300TCH1516_ALE/2394343‑2394618 | aaTATCTTCTTCTAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATc < 3:416347/141‑1 (MQ=255) atCTTCTTCTAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCaaa > 2:1044734/1‑141 (MQ=255) tcttcttctAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAg < 1:808695/141‑1 (MQ=255) cttcttctAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCATCGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTAACAAAGt < 2:190245/141‑1 (MQ=255) ttcttctAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCACACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGtc > 4:344963/1‑141 (MQ=255) cttctAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGtctc > 2:1066157/1‑141 (MQ=255) ttctAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTctct > 2:321194/1‑141 (MQ=255) ttctAACCACTTCTTCACCGGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAAGTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTctct < 2:466821/141‑1 (MQ=255) ctAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAg < 1:145016/141‑1 (MQ=255) aaCCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTa > 3:295560/1‑141 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ccTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTa > 1:618717/1‑141 (MQ=255) tGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACACTTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAATGTCTCTAGTATCTCATACCCTTAGt > 2:670676/1‑141 (MQ=255) tcgtGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACgg < 1:805212/141‑1 (MQ=255) tcgtGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACgg < 1:146087/141‑1 (MQ=255) cgtGATGTCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGgc < 4:318495/141‑1 (MQ=255) cgtGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGgc > 2:544159/1‑141 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1:27563/1‑141 (MQ=255) ttGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTGGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTAGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACaa > 2:1013687/1‑141 (MQ=255) tGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAAt < 1:321194/141‑1 (MQ=255) tGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAAt < 2:449998/141‑1 (MQ=255) tGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAAt < 2:83626/141‑1 (MQ=255) gACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATa < 1:930365/141‑1 (MQ=255) gACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATa > 1:60608/1‑141 (MQ=255) gACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATa < 4:114050/141‑1 (MQ=255) gACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATa < 3:54040/141‑1 (MQ=255) ccaccTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATaaa > 2:227325/1‑141 (MQ=255) ccaccTTTATCTGTAACAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATaaa < 1:83706/141‑1 (MQ=255) cTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTCACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTATTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATAAAttta > 4:348247/1‑139 (MQ=255) tttATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATAAATTCAt < 3:69687/141‑1 (MQ=255) tATCTGTCTCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTTCGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACATTCCTTTAGTCTTATCTTTTTGTATCCGAACAATAAATTCATTa < 4:425072/141‑1 (MQ=255) aTCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATAAATTCATTAg < 2:803962/141‑1 (MQ=255) cTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATAAATTCATTAGAt < 2:615486/141‑1 (MQ=255) tGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATCCCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTCTCTCTTTTTATCCTATTATTAAATTCATTAGAtg < 2:545905/141‑1 (MQ=255) | AATATCTTCTTCTAACCACTTCTTCACCTGCGTCGTGATGGCTACTTTTTCATCTTTCACAATTGTATAATGTGCGTCACTCACTTCAACGTCATCTGCTTGTAATAGTTGGCGCACGCATTGACCACCTTTATCTGTATCAAAGTCTCTAGTATCTGATACCGTTAGTACGGCTGCTTTAACTGTACGATTCAATTTAACGTTTTGATGTTCGCCCATAATATTACACTCCTTTTGTCTTATCTTTTTTTATCCAAACAATAAATTCATTAGATG > USA300TCH1516_ALE/2394343‑2394618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |