| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,413,194 | A→C | 5.6% | S516A (TCG→GCG) ‡ | nphR ← | Transcriptional activator NphR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,413,194 | 0 | A | C | 5.6% | 368.4 / 14.2 | 125 | S516A (TCG→GCG) ‡ | nphR | Transcriptional activator NphR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/62); new base C (4/3); total (59/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACAT > USA300TCH1516_ALE/2413055‑2413333 | tGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGAtt > 3:268634/1‑141 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa > 2:808231/1‑141 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:15428/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:653469/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAAt > 3:201932/1‑141 (MQ=255) aCTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAAtt < 2:14392/141‑1 (MQ=255) ttCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGa > 1:890978/1‑141 (MQ=255) tCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGAc > 1:442281/1‑141 (MQ=255) cATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACa < 3:423759/141‑1 (MQ=255) aTGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACAt < 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(MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca > 1:691303/1‑141 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca < 2:221974/141‑1 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca < 2:339211/141‑1 (MQ=255) gATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACat < 1:544495/141‑1 (MQ=255) gATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACat < 1:129539/141‑1 (MQ=255) | ATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACAT > USA300TCH1516_ALE/2413055‑2413333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |