| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,413,260 | A→T | 5.2% | S494T (TCT→ACT) | nphR ← | Transcriptional activator NphR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,413,260 | 0 | A | T | 5.2% | 493.0 / 11.8 | 156 | S494T (TCT→ACT) | nphR | Transcriptional activator NphR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/76); new base T (4/4); total (75/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTA > USA300TCH1516_ALE/2413121‑2413400 | ccTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGaa > 2:215191/1‑141 (MQ=255) cGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAAcc < 4:231850/141‑1 (MQ=255) tAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtt < 1:560215/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 1:223276/141‑1 (MQ=255) 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aGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAg < 1:900899/141‑1 (MQ=255) gTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGt < 4:107368/141‑1 (MQ=255) gTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGt < 3:44196/141‑1 (MQ=255) ttCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTc > 3:214285/1‑141 (MQ=255) cAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTa > 1:629564/1‑141 (MQ=255) aGAAACCGTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTAt > 1:859697/1‑141 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CCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTA > USA300TCH1516_ALE/2413121‑2413400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |